Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 564,396 | T→C | 8.9% | intergenic (+45/‑128) | rplQ → / → katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 564,396 | 0 | T | C | 8.9% | 135.5 / 2.9 | 45 | intergenic (+45/‑128) | rplQ/katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/25); new base C (2/2); total (18/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
TGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCT > NC_002947/564248‑564537 | tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtttttt < 1:496969/150‑1 (MQ=255) gcgcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCTCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTg > 2:1380854/1‑150 (MQ=255) tGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACa > 1:65640/1‑150 (MQ=255) gAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACAt < 2:65640/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTAt < 1:1110116/150‑1 (MQ=255) ggCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCTGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTg < 2:491399/150‑1 (MQ=255) gCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTa < 2:333224/140‑1 (MQ=255) gCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTa > 1:333224/1‑140 (MQ=255) gCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGa < 1:620204/150‑1 (MQ=255) gACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATg < 1:885373/150‑1 (MQ=255) aaCGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATTTaa < 2:405972/150‑1 (MQ=255) aaCGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATCGTTTATTTCGATTGATGTaa < 2:920102/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTcc < 1:1047062/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTcc < 1:1193210/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCAGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTcc < 1:1209449/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCt < 2:685856/150‑1 (MQ=255) tGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTa > 2:1207657/1‑150 (MQ=255) gATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCtt < 1:1207657/150‑1 (MQ=255) tCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGc > 1:941797/1‑150 (MQ=255) tGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctct < 2:1315148/150‑1 (MQ=255) cTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctctct > 1:896797/1‑150 (MQ=255) tAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACa > 2:539123/1‑150 (MQ=255) tAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTGta < 1:838473/66‑2 (MQ=17) tAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTGta > 2:838473/1‑65 (MQ=17) tAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTGta > 2:838744/1‑65 (MQ=17) tAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTGta < 1:838744/66‑2 (MQ=17) gctgctGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGa < 2:896797/150‑1 (MQ=255) tAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTaa < 2:1015665/110‑1 (MQ=255) tAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTaa > 1:1015665/1‑110 (MQ=255) tAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGc < 1:539123/150‑1 (MQ=255) ttCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGaa > 1:163155/1‑150 (MQ=255) tctgCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCg > 1:971508/1‑150 (MQ=255) cTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctct > 1:1182092/1‑115 (MQ=255) cTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGCTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATActctct < 2:1182092/115‑1 (MQ=255) aacaaaaaaCCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGaa < 1:1094786/135‑1 (MQ=255) aaCAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGaa > 2:1094786/2‑140 (MQ=255) gAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCCCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGgaga < 2:941797/150‑1 (MQ=255) aaaaCCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAAt > 1:574004/1‑144 (MQ=255) aaaaCCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAAt < 2:574004/144‑1 (MQ=255) aaCCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGagag < 2:945171/148‑1 (MQ=255) aaCCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGagag > 1:945171/1‑148 (MQ=255) aaCCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGcc > 1:1633294/1‑150 (MQ=255) ggC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGa < 1:914371/150‑1 (MQ=255) gCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGAtt < 2:163155/150‑1 (MQ=255) cccGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTAATGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTCAATAATGTTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATtc > 1:1334345/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATtct < 2:1633294/150‑1 (MQ=255) | TGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCT > NC_002947/564248‑564537 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |