Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 591,085 | T→C | 6.1% | V110A (GTG→GCG) | PP_0501 → | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 591,085 | 0 | T | C | 6.1% | 191.7 / 2.2 | 66 | V110A (GTG→GCG) | PP_0501 | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/30); new base C (2/2); total (34/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.56e-01 |
TGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGACTTC > NC_002947/590936‑591233 | tGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGt > 2:283507/1‑150 (MQ=255) gCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTg > 1:1410051/1‑150 (MQ=255) aCTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATg < 2:1248394/142‑1 (MQ=255) aCTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATg > 1:1248394/1‑142 (MQ=255) cTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGcc > 2:78394/1‑150 (MQ=255) aGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCggg < 1:967073/150‑1 (MQ=255) tGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGct > 2:1278489/1‑150 (MQ=255) ggctggctGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCtt < 1:1329861/150‑1 (MQ=255) gctggctgCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTc > 2:497875/1‑150 (MQ=255) tggctgCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCggg > 2:376446/1‑140 (MQ=255) tggctgCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCggg < 1:376446/140‑1 (MQ=255) tggctgCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGc < 1:1278489/150‑1 (MQ=255) ctgCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTc < 1:78394/150‑1 (MQ=255) gCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCca < 1:1545971/150‑1 (MQ=255) gCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACTCCCCATAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCcagcgca < 1:778554/150‑1 (MQ=255) tgCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGgtgt < 1:262978/150‑1 (MQ=255) tgCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGgtgt > 2:1398354/1‑150 (MQ=255) cggTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATg < 1:497875/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATgg < 2:964026/150‑1 (MQ=255) 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ggCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTACTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGAt > 2:1092253/1‑150 (MQ=255) aTCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACg > 1:1346344/1‑122 (MQ=255) aTCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACg < 2:1346344/122‑1 (MQ=255) aTCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAggg > 1:153034/1‑139 (MQ=255) aTCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAggg < 2:153034/139‑1 (MQ=255) ggTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGctt > 2:960234/1‑79 (MQ=255) ggTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGctt < 1:960234/81‑3 (MQ=255) gTCGAAGACCCGGTGCGTCCCCACCACAGTGATTGCAGCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGTGTGTGCACGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGaa < 1:283507/150‑1 (MQ=255) tCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGt < 1:1255538/128‑1 (MQ=255) tCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGt > 2:1255538/1‑128 (MQ=255) ctctggTGGGTACGCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCCTCCGCCTGGTGCTCTTCGCTTCCACCGAAGAGCAG‑ACGTTTGACATTGGGGAAGGGGAATAGATTTCCGAAGACACGc > 1:1184967/5‑150 (MQ=255) ccGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACg < 1:492688/109‑1 (MQ=255) ccGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACg > 2:492688/1‑109 (MQ=255) ccGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCa > 2:1614658/1‑150 (MQ=255) gCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGgc > 2:1143592/1‑150 (MQ=255) tACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCAAGGCGTGCGACGGGTGCTCTTCCCCTACGGTGCAGGGGTGTACG‑TCAACGATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGcc > 2:183775/1‑150 (MQ=255) aCCCACCAGAGAAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTACTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GNANCNATGGTGAAGGGGAATNGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCg < 1:1092253/150‑1 (MQ=255) ccaccaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGTTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGtt < 2:1043038/150‑1 (MQ=255) ccaccaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGtt > 1:1043038/1‑150 (MQ=255) accaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTAc < 1:506029/95‑1 (MQ=255) accaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTAc > 2:506029/1‑95 (MQ=255) accaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGa > 2:334222/1‑150 (MQ=255) agagTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGAccc < 1:1398354/150‑1 (MQ=255) cTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGc > 1:1006550/1‑150 (MQ=255) aTCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTg > 2:238126/1‑150 (MQ=255) cTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTg > 2:599713/1‑150 (MQ=255) tCAACGTTTGCGAAGCCATTCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGACGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCggg > 2:1316907/1‑150 (MQ=255) tCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCcagcgcagcg < 2:1582537/65‑1 (MQ=255) tCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCcagcgcagcg > 1:1582537/1‑65 (MQ=255) tCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTgg < 1:334222/150‑1 (MQ=255) tCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTgg > 2:534117/1‑150 (MQ=255) aaCGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGcc > 2:1409532/1‑150 (MQ=255) ttGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGa < 1:656039/150‑1 (MQ=255) cacgCCATGCACGCGCATGGCTTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACACTg < 1:1643456/67‑1 (MQ=25) cacgCCATGCACGCGCATGGCTTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATg > 2:1643456/4‑70 (MQ=37) aaGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGt < 1:1614658/150‑1 (MQ=255) cATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAg < 1:1523785/71‑1 (MQ=255) cATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAg > 2:1523785/1‑71 (MQ=255) cATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGt > 1:242351/1‑123 (MQ=255) cATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGt < 2:242351/123‑1 (MQ=255) gcgTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGACt > 2:1090166/1‑150 (MQ=255) gTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGACTTc > 2:63653/1‑150 (MQ=255) | TGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACG‑GCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGACTTC > NC_002947/590936‑591233 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |