| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 596,487 | T→G | 6.5% | D127A (GAC→GCC) | PP_0507 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 596,487 | 0 | T | G | 6.5% | 179.9 / 5.0 | 62 | D127A (GAC→GCC) | PP_0507 | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/31); new base G (2/2); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
TCGGCGATCACCAGTTCAGGCTGGCCGATCAGTGCGCGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCGGTCGCGG > NC_002947/596340‑596636 | tcgGCGATCACCAGTTCAGGCTGGCCGATCAGTGCGCGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCa > 1:1230001/1‑150 (MQ=255) aTCACCAGTTCAGGCTGGCCGATCAGTGCGCGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTg < 2:241634/150‑1 (MQ=255) tCACCAGTTCAGGCTGGCCGATCAGTGCGCGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGc > 1:1554557/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCAGGCTGGCCGATCAGTGCGCGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTTCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCAt < 1:1041018/150‑1 (MQ=255) cAGTTCAGGCTGGCCGATCAGTGCGCGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATg < 1:201044/150‑1 (MQ=255) gCCGATCAGTGCGCGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGGCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGgc > 1:1350933/1‑150 (MQ=255) gcgcGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTg < 2:529024/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGc < 2:963184/150‑1 (MQ=255) gcgggcggCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCg < 2:1230001/150‑1 (MQ=255) cgggcggCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCgg < 1:1359091/150‑1 (MQ=255) gACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCga < 1:897580/147‑1 (MQ=255) gACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCga > 2:897580/1‑147 (MQ=255) gACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGaa > 2:1510237/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCCGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCggcaggg < 2:862896/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTgcg < 2:658287/134‑1 (MQ=255) tgctgGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTgcg > 1:658287/1‑134 (MQ=255) gctgGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCggcagggca < 2:1350933/150‑1 (MQ=255) gCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTc > 1:1515234/1‑150 (MQ=255) 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ggcgggcgAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGa > 2:1343085/1‑150 (MQ=255) gCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGc > 1:1135730/1‑90 (MQ=255) gCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGc < 2:1135730/90‑1 (MQ=255) gCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGgcagca > 2:1047294/1‑150 (MQ=255) ggCAGGGTCGCCCAGGCCCGGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGtt < 2:1408401/150‑1 (MQ=255) ggCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGtt < 1:1510237/150‑1 (MQ=255) gCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTg > 1:1027939/1‑150 (MQ=255) cAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCCGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGa > 1:1032029/1‑150 (MQ=255) ggTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAAct > 2:684703/1‑150 (MQ=255) ccaggcccaggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTcctgggcgaccctgccatgctcgcccgccgcgccgacagcctgtcgatcggccagcagcagcgggtcgccgccgcccgcgcactgatcggccagcctgaactggtgatcgc < 2:1107677‑M2/150‑112 (MQ=255) ccaggcccaggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGa > 2:865834/1‑150 (MQ=255) ccaggcccaggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGa > 1:1520333/1‑150 (MQ=255) caggcccaggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAActgc < 1:258126/145‑1 (MQ=255) caggcccaggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAActgc > 2:258126/1‑145 (MQ=255) gcccaggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATg > 2:541654/1‑48 (MQ=255) gcccaggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATg < 1:541654/48‑1 (MQ=255) gcccaggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGat < 2:1520333/150‑1 (MQ=255) caggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGGcctgggcgaccctgccatgctcgcccgccgcgccgacagcctgtcgatcggccagcagcagcgggtcggcgccgcccgcgcactgatcggccagcctgaactggtgatcgccgacgaa < 2:999737‑M2/150‑119 (MQ=255) caggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGGcctgggcgaccctgccatgctcgcccgccgcgccgacagcctgtcgatcggccagcagcagcgggtccaccccgaccgcgcactgatcggccagccggaactggtgatcgccgacgaa < 2:999329‑M2/150‑119 (MQ=255) aggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATAc < 1:684703/150‑1 (MQ=255) aggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGGcctgggcgaccctgccatgctcgcccgccgcgccgacagcctgtcgatcggccagcagcagcgggtcgccgccgcccgcgcactgatcggccagcctgaactggtgatcgccgacgaac > 1:999737‑M2/1‑31 (MQ=255) aggTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGGcctgggcgaccctgccatgctcgcccgccgcgccgacagcctgtcgatcggccagcagcagcgggtcgccgccgcccgcgcactgatcggccagcctgaactggtgatcgccgacgaac > 1:999329‑M2/1‑31 (MQ=255) gTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTcctgggcgaccctgccatgctcgcccgccgcgccgacagcctgtcgatcggccagcagcagcgggtcgccgccgcccgcgcac < 2:462028‑M2/112‑84 (MQ=255) gTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTcctgggcgaccctgccatgctcgcccgccgcgccgacagcctgtcgatcggccagcagcagcgggtcgccgccgcccgcgcac > 1:462028‑M2/1‑29 (MQ=255) tGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCt > 2:220471/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCtgtgt > 2:799787/1‑150 (MQ=255) cagcGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATc < 1:1047294/150‑1 (MQ=255) cagcGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATc < 1:799787/150‑1 (MQ=255) cgggCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGAc < 1:90527/147‑1 (MQ=255) tGGCCGCCTGGTcctgggcgaccctgccatgctcgcccgccgcgccgacagcctgtcgatcggccagcagcagcgggtcgccgccgcccgcgcactgatcggccagcctgaactggtgatcgccgacgaaccgacctcggcactggatgc > 1:1107677‑M2/1‑12 (MQ=255) tGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGgc > 2:891003/1‑104 (MQ=255) tGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGgc < 1:891003/104‑1 (MQ=255) cgccTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCg < 2:492387/150‑1 (MQ=255) gccTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGc > 1:415293/1‑43 (MQ=255) gccTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGc < 2:415293/43‑1 (MQ=255) cTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCGGTc > 2:902643/1‑150 (MQ=255) cTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCGGTc < 2:1554557/150‑1 (MQ=255) tGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCGGTcg > 1:628814/1‑150 (MQ=255) gTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCGGTcgcg > 1:1084424/1‑150 (MQ=255) tCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCGGTCGCgg > 2:516810/1‑150 (MQ=255) tCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCGGTCGCgg < 2:1027939/150‑1 (MQ=255) | TCGGCGATCACCAGTTCAGGCTGGCCGATCAGTGCGCGGGCGGCGGCGACCCGCTGCTGCTGGCCGATCGACAGGCTGTCGGCGCGGCGGGCGAGCATGGCAGGGTCGCCCAGGCCCAGGTGGGTCAGCAGCGTGCTGGCCGCCTGGTCAACACTGCCATGGCGCTGCTCGGCGCGTGCCTTGCGGCTGCGCGAGAAGCGGCAGGGCAGTTCGACGTTTTCACGTACCGAGAGGAACGGCAGCAGGTTGAACTGCTGGAAGATATACCCTGTGTGATCGACCCGAAAGCGGTCGCGG > NC_002947/596340‑596636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |