| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 605,124 | G→A | 6.8% | R145H (CGC→CAC) | thiL → | thiamin monophosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 605,124 | 0 | G | A | 6.8% | 302.0 / 8.4 | 102 | R145H (CGC→CAC) | thiL | thiamin monophosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/48); new base A (4/3); total (51/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCCCTGACTGGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAG‑GCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGC > NC_002947/604977‑605270 | gCCCTGACTGGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAG‑GCCTTGcgcc < 2:1122375/150‑1 (MQ=255) cccTGACTGGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAG‑GCCTTGcgccg > 2:304116/1‑150 (MQ=255) ccTGACTGGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCCCGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAG‑GCCTTGcgccgc > 1:848498/1‑150 (MQ=255) 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ggCCAG‑GCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTTGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTgg < 1:298293/150‑1 (MQ=255) gCCAG‑GCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGt > 2:1211016/1‑150 (MQ=255) ccAG‑GCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTc > 1:1145516/1‑150 (MQ=255) cAG‑GCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATc > 1:189830/1‑37 (MQ=255) cAG‑GCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATc < 2:189830/37‑1 (MQ=255) aG‑GCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAc < 2:68897/150‑1 (MQ=255) g‑gCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAcc < 2:1017595/150‑1 (MQ=255) g‑gCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAcc < 1:112628/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGc > 1:958803/1‑72 (MQ=255) cTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGc < 2:958803/72‑1 (MQ=255) cTTGCACCGCTGCGGCGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCcgc < 2:799172/111‑1 (MQ=255) cTTGCACCGCTGCGGCGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCcgc > 1:799172/1‑111 (MQ=255) ttGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGc < 2:478973/76‑1 (MQ=255) ttGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGc > 1:478973/1‑76 (MQ=255) ttGCACCGCTGCGGCGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATg > 2:1485286/1‑150 (MQ=255) ttGCACCGCTGCGGCGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATg > 2:1484578/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGc < 2:925433/150‑1 (MQ=255) | GCCCTGACTGGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAG‑GCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGC > NC_002947/604977‑605270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |