Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 646,275 | T→A | 11.2% | intergenic (‑178/‑106) | PP_0556 ← / → acoR | acetoin catabolism protein/acetoin catabolism regulatory protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 646,275 | 0 | T | A | 11.2% | 148.7 / 8.7 | 54 | intergenic (‑178/‑106) | PP_0556/acoR | acetoin catabolism protein/acetoin catabolism regulatory protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/24); new base A (3/3); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 |
AGGAGCAAGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTGCGTCAGCAG > NC_002947/646128‑646424 | aGGAGCAAGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGc < 1:80323/150‑1 (MQ=255) aGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTCGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCaa < 2:327012/150‑1 (MQ=255) gTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAagccagc < 1:917898/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCgg > 1:119598/1‑150 (MQ=255) tGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAag < 1:757613/122‑1 (MQ=255) tGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAag > 2:757613/1‑122 (MQ=255) ggCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGACTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCAt < 2:1135743/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATg > 1:357092/1‑150 (MQ=255) cGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGcc > 1:128744/1‑150 (MQ=255) gggCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCAGCGTCTCagt < 2:504241/112‑3 (MQ=255) gggCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCAGCGTCTCagt > 1:504241/1‑110 (MQ=255) agagGGCGCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAgg < 2:660078/150‑1 (MQ=255) gagGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGgc > 1:827636/1‑150 (MQ=255) gggCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTACCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGgcgc < 2:1508020/150‑1 (MQ=255) tctGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGc > 1:898031/1‑122 (MQ=255) tctGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGc < 2:898031/122‑1 (MQ=255) tctGGTCGTGTTCGGGCAGGATTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTaa > 2:558500/1‑150 (MQ=255) gTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTa > 2:72162/1‑145 (MQ=255) gTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTa < 1:72162/145‑1 (MQ=255) cGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGAAGCCCAGACCTATCGTCTTCCCTTCTTTGCCGAGCCACCTAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCg < 1:366690/150‑1 (MQ=255) cGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAAc < 2:827636/150‑1 (MQ=255) gctttCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCTAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATaaaa > 2:1603073/3‑150 (MQ=255) gTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATaaa > 2:98932/1‑139 (MQ=255) gTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCATGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATaaa < 1:98932/139‑1 (MQ=255) gggTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGaa > 2:924299/1‑150 (MQ=255) cGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAg < 1:1120822/150‑1 (MQ=255) gagaCGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCt > 2:159554/1‑108 (MQ=255) gagaCGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCAGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCt < 1:159554/108‑1 (MQ=255) agaCGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAggg < 1:924299/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGa < 1:1615775/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACa > 2:531866/1‑122 (MQ=255) tGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACa < 1:531866/122‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATa < 2:288972/114‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATa > 1:288972/1‑114 (MQ=255) ccAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTg > 2:1646198/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGgc > 2:1409762/1‑90 (MQ=255) aGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGgc < 1:1409762/90‑1 (MQ=255) cgcCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGAGGCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGGTAAATTGTCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAACGCTTGCcgc < 2:557704/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTTGCCTAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTcc < 1:1603073/150‑1 (MQ=255) cTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTccc > 2:1347599/1‑150 (MQ=255) gCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGa < 1:558500/150‑1 (MQ=255) ttGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGt > 2:716770/1‑40 (MQ=255) ttGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGt < 1:716770/40‑1 (MQ=255) ccGAGACACTGAGACGCGGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCAGACGGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGCGAACCGGAGGGCCTGAATGCTCGCCGCGAACTCCCGAGCCCAt < 2:357092/150‑1 (MQ=255) cgggaCACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCAtg > 1:1642723/4‑150 (MQ=255) gagaCACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCAtgt > 1:422818/1‑150 (MQ=255) gcttGAGACGCAGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCcgc > 2:506553/4‑128 (MQ=255) gcttGAGACGCAGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCcgc < 1:506553/125‑1 (MQ=255) cttGAGACGCAGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATg < 2:519869/71‑1 (MQ=255) cttGAGACGCAGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATg > 1:519869/3‑73 (MQ=255) tGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTGc > 2:270694/1‑150 (MQ=255) gagaCGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGt > 2:859974/1‑92 (MQ=255) gagaCGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGt < 1:859974/92‑1 (MQ=255) aCGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTGCGTca > 1:307457/1‑150 (MQ=255) tGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTGCGTcagcag > 2:802223/1‑150 (MQ=255) | AGGAGCAAGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCGGGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTGCGTCAGCAG > NC_002947/646128‑646424 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |