Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 697,253 | G→A | 6.7% | intergenic (+177/‑574) | mmsA‑I → / → PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 697,253 | 0 | G | A | 6.7% | 216.4 / 4.9 | 74 | intergenic (+177/‑574) | mmsA‑I/PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/38); new base A (3/2); total (34/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
AGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAACGGAACGACAAACTCCTTG > NC_002947/697105‑697399 | aGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTTTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCTGCGCTCGGTCTCACAGgcgc < 2:742365/150‑1 (MQ=255) aGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCACGCGGCGCTCGGTCTCACAGgcgc > 1:1152945/1‑150 (MQ=255) gCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTg > 1:915963/1‑150 (MQ=255) tCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGaaa < 2:1043788/150‑1 (MQ=255) cccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTgcaagg > 2:566399/1‑145 (MQ=21) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTg > 1:1002456/1‑150 (MQ=255) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTgcaagg < 2:1292817/149‑6 (MQ=25) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTGcaagg > 1:1292817/1‑147 (MQ=25) ccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTgcaaggg < 1:566399/150‑7 (MQ=21) tgcttttGGGGGTTGGTTTGTGGTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTgg < 2:1327235/147‑1 (MQ=255) gTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGc < 1:1634024/150‑1 (MQ=255) gTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCGCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGc < 2:578214/150‑1 (MQ=255) tttttGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCg > 2:1167175/1‑150 (MQ=255) gggggTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGctgccaa > 1:316304/1‑144 (MQ=255) tgCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGa < 1:1298021/150‑1 (MQ=255) ttGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACgg < 2:915963/150‑1 (MQ=255) ggaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTc < 1:1167175/150‑1 (MQ=255) gaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTcc > 1:183276/1‑150 (MQ=255) aaCTGTTTTGAGAGGGTGTTGCCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCCTTTccc < 2:841906/150‑1 (MQ=255) cTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCt > 1:503043/1‑150 (MQ=255) tGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCtt > 1:218506/1‑150 (MQ=255) gTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTta > 1:1318351/1‑150 (MQ=255) gTTTTGAGACGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACCACCCTTGCAGTGGCTGTGAGATGGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTta > 2:144299/1‑150 (MQ=255) agagGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTc < 2:183276/150‑1 (MQ=255) gagGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCa < 1:940529/150‑1 (MQ=255) gagGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCa < 1:934337/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCa > 1:525263/1‑147 (MQ=255) ggTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCa < 2:525263/147‑1 (MQ=255) gtgtTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACttt > 1:512395/1‑150 (MQ=255) ggCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGa < 2:1002456/150‑1 (MQ=255) cTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGTAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGaaa > 1:862468/1‑150 (MQ=255) cTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGaaa > 1:763860/1‑150 (MQ=255) cTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGaaa > 2:1075830/1‑150 (MQ=255) gaTGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAg < 2:512395/150‑1 (MQ=255) aTGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAgg > 1:751958/1‑150 (MQ=255) gtgtCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGtt < 2:751958/150‑1 (MQ=255) tgtCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGc < 1:37187/99‑1 (MQ=255) tgtCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGc > 2:37187/1‑99 (MQ=255) tCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGTACGCGAGCCTGGTGCGCGGCGCTCTGTCTCACAGGCGCTGACAGTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGac < 1:772946/150‑1 (MQ=17) 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ggCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGTAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAACGGAACGACAAACTCCTTg < 1:53388/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAACGGAACGACAAACTCCTTg < 1:873171/150‑1 (MQ=255) | AGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAACGGAACGACAAACTCCTTG > NC_002947/697105‑697399 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |