Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 944,192 | C→G | 7.7% | S478T (AGC→ACC) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 944,192 | 0 | C | G | 7.7% | 159.9 / 4.7 | 52 | S478T (AGC→ACC) | PP_0806 | surface adhesion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/24); new base G (2/2); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
CACACGGCTGCCAGCCGGCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCC > NC_002947/944044‑944340 | cacaCGGCTGCCAGCCGGCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCt < 2:164675/150‑1 (MQ=35) acacGGCTGCCAGCCGGCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGGGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTc > 2:879158/1‑150 (MQ=25) acGGCTGCCAGCCGGCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTTGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCaa < 1:1180241/150‑1 (MQ=21) acGGCTGCCAGCCGGCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCTCTTGGGTCGGTCTGCAGCAGGCTCaa < 1:222007/150‑1 (MQ=25) acGGCTGCCAGCCGGCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGGCGGTCTGCACCAGGCTCaa > 2:1080169/1‑150 (MQ=25) gCCAGCCGGCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTc < 1:763738/150‑1 (MQ=35) ggCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGc < 1:392345/150‑1 (MQ=35) tACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCgg < 1:1080169/150‑1 (MQ=35) tGAGGGTAGTGCCGTCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTgggg < 2:441850/150‑1 (MQ=255) gAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGc > 2:245015/1‑150 (MQ=35) gtgCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCg > 1:1419143/1‑150 (MQ=39) gCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCCGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAg > 2:1095033/1‑150 (MQ=255) ggCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCCGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGtt < 1:1095033/150‑1 (MQ=255) aGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGCCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCa > 1:299684/1‑150 (MQ=255) aTTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCAcc < 1:777755/150‑1 (MQ=38) gCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGc < 2:1073901/108‑1 (MQ=38) gCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGc > 1:1073901/1‑108 (MQ=38) gCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCAc < 1:1644859/150‑1 (MQ=38) tCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCaa > 1:976190/1‑88 (MQ=39) 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tCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGtt < 1:899195/107‑1 (MQ=40) tCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATcg > 1:327828/1‑150 (MQ=255) tAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGa < 1:879158/150‑1 (MQ=255) ccACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGa > 2:1131601/1‑72 (MQ=255) ccACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGa < 1:1131601/72‑1 (MQ=255) ccACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAg > 1:1389537/1‑150 (MQ=255) aTTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTgg < 1:244420/57‑1 (MQ=38) 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tcTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCa > 2:346195/1‑150 (MQ=255) tcTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCa > 2:394768/1‑150 (MQ=255) cAGGGTCAACTGCTCGCCCGGCTGCGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACAACACCCGTGCCGATCAcggcgccactgttgaggtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggtgttgtg > 1:1359512‑M2/1‑86 (MQ=255) cAGGGTCAACTGCTCGCCCGGCTGCGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACAACACCCGTGCCGATCAcggcgccactgttgaggtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggtgttgtg < 2:1359512‑M2/144‑59 (MQ=255) cAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAg < 2:299684/150‑1 (MQ=255) cAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAg > 2:159098/1‑150 (MQ=255) cAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAg < 2:1063046/150‑1 (MQ=255) gCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGcc < 2:1389537/150‑1 (MQ=255) | CACACGGCTGCCAGCCGGCGCGGTACCGGTGAGGGTGGTGCCATCAGCATCGATGGCCAGATTGCTCGGGCTGTCGGGCGCGGTGGTCAGTGGTACATCGTACTCGGTAGCCACTGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCCACGACACCCGTGCCGATCACAGTGCCATTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCC > NC_002947/944044‑944340 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |