| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,151,973 | A→G | 6.1% | Q231R (CAG→CGG) ‡ | edd → | phosphogluconate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,151,973 | 0 | A | G | 6.1% | 256.4 / 4.3 | 83 | Q231R (CAG→CGG) ‡ | edd | phosphogluconate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/36); new base G (2/3); total (43/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGC > NC_002947/1151826‑1152118 | tttCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGt > 1:748219/1‑150 (MQ=255)tttCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGt < 1:37462/150‑1 (MQ=255) tCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCTGCAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGATGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTg < 1:1343647/150‑1 (MQ=255) cGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACtggttggt > 2:50283/1‑150 (MQ=255) gCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGa < 2:253862/150‑1 (MQ=255) gCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGa > 1:253862/1‑150 (MQ=255) aTCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATg < 2:99028/150‑1 (MQ=255) tctcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACTGGTTGGTGTTgg < 1:50283/150‑1 (MQ=255) tctcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACAGCCAACACCAACCAGTTGGTGATgg > 1:187684/1‑150 (MQ=255) ccAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAg > 2:145580/1‑150 (MQ=255) caacaaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACTGGTTGGTGTTgg < 2:1491530/146‑1 (MQ=255) caacaaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACTGGTTGGTGTTgg > 1:1491530/1‑146 (MQ=255) aaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGTCGCCAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATg < 1:100412/150‑1 (MQ=255) aaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATg < 2:78077/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATggg < 1:145580/150‑1 (MQ=255) gAAGGCCGCTGTCCGCCAGCGCTATGCTGAAGGCAAGGCCAGGCGCGAAGAGCTGTTGGAGTACGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCt > 2:811033/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTg < 1:1457744/150‑1 (MQ=255) aGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGc > 2:247254/1‑150 (MQ=255) 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cAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCtcgttc > 1:1407096/1‑133 (MQ=255) ccGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAg > 2:57233/1‑98 (MQ=255) ccGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAg < 1:57233/98‑1 (MQ=255) cgcgAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGAt < 1:1237995/92‑1 (MQ=255) cgcgAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGAt > 2:1237995/1‑92 (MQ=255) gAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACAGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCCCCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCga < 2:187684/150‑2 (MQ=255) agCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCAGAGCGCCACAGTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACg > 2:543488/1‑150 (MQ=255) 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gagaTGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTAAACGCCGCTTCGTGACGCACTCAccgccg < 2:558408/148‑1 (MQ=255) agaTGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGaa < 1:1516255/74‑1 (MQ=255) agaTGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGaa > 2:1516255/1‑74 (MQ=255) aTTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTgcgc < 2:748219/150‑1 (MQ=255) tACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGcagcag > 1:1257724/1‑150 (MQ=255) ccACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGt > 1:188464/1‑150 (MQ=255) caGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGAt > 2:762717/1‑54 (MQ=255) 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accaaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACAcgccgc < 1:1434945/73‑1 (MQ=255) accaaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAg > 2:753824/1‑126 (MQ=255) accaaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAg < 1:753824/126‑1 (MQ=255) accaaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTg > 1:684906/1‑150 (MQ=255) ccaaccgGTTGGTAACTGGAGTGCGGGGTCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTGCGTCAGCCCGTACCCGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTgg < 2:719142/150‑1 (MQ=255) aacctGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGCCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCTGGGCCAGCGGCAGCTTCATGGCGATGGGc < 2:405302/150‑1 (MQ=255) aaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGc > 2:1240574/1‑150 (MQ=255) | TTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGC > NC_002947/1151826‑1152118 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |