| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,320,275 | A→G | 6.5% | L821P (CTC→CCC) | PP_1154 ← | sensory box protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,320,275 | 0 | A | G | 6.5% | 176.5 / 2.1 | 61 | L821P (CTC→CCC) | PP_1154 | sensory box protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/28); new base G (2/2); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
GTCTGTTTAGGAGCAAGGCCGGGTCTACAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTCGATCTTGATGCTGTCGAAC > NC_002947/1320127‑1320424 | gTCTGTTTAGGAGCAAGGCCGGGTCTACAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAg > 1:1627621/1‑150 (MQ=255) tGTTTAGGAGCAAGGCCGGGTCTACAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTg < 1:1113264/150‑1 (MQ=255) tttAGGAGCAAGGCCGGGTCTACAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGAt < 2:445557/150‑1 (MQ=255) aGGAGCAAGGCCGGGTCTACAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGtt > 1:1315390/1‑150 (MQ=255) ggAGCAAGGCCGGGTCTACAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTc > 1:1123533/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGGTCTACAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTc < 2:728373/150‑1 (MQ=255) aCAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCgg < 1:896737/150‑1 (MQ=255) aaaGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGct < 2:521725/150‑1 (MQ=255) tgtTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGcc > 2:180054/1‑150 (MQ=255) gAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCAtcgcc > 1:493199/1‑150 (MQ=255) aGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGctgtca < 2:472434/132‑1 (MQ=255) aGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGctgtca > 1:472434/1‑132 (MQ=255) gggTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCAtcgcctc > 2:770127/1‑150 (MQ=255) gCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGt < 1:968839/150‑1 (MQ=255) caacaaCGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCGGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAgggt > 2:468790/1‑148 (MQ=255) aacaacGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCt > 2:1113665/1‑101 (MQ=255) aacaacGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCt < 1:1113665/101‑1 (MQ=255) tacGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATg > 1:471273/2‑92 (MQ=255) aacGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATg < 2:471273/92‑1 (MQ=255) aacGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTtgatg > 2:1460493/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGctgtcactgt < 2:559550/116‑1 (MQ=255) ccGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCg > 1:805988/1‑99 (MQ=255) ccGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCg < 2:805988/99‑1 (MQ=255) ccGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGc > 1:791644/1‑114 (MQ=255) ccGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGc < 2:791644/114‑1 (MQ=255) ccGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGatgatg > 1:579846/1‑141 (MQ=255) ccGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGatgatg < 2:579846/141‑1 (MQ=255) cGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCAtcgcctc < 1:962878/124‑1 (MQ=255) cGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCAtcgcctc > 2:962878/1‑124 (MQ=255) gcTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGAacaacaac > 1:1300239/1‑148 (MQ=255) tGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAgcgc > 2:879626/1‑150 (MQ=255) gTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGa > 2:1542208/1‑140 (MQ=255) gTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGa < 1:1542208/140‑1 (MQ=255) ccAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGTACCACAGCGCGGt < 1:524834/150‑1 (MQ=255) aGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCg > 1:1006327/1‑150 (MQ=255) tCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgt < 1:770127/150‑1 (MQ=255) cAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgtt < 1:879626/150‑1 (MQ=255) gTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGctgtcac < 2:351252/81‑1 (MQ=255) gTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGctgtcac > 1:351252/1‑81 (MQ=255) gTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgttgtt < 2:1274137/150‑1 (MQ=255) gTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgttgta < 2:1123533/150‑2 (MQ=255) tAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgttgttg > 2:620085/1‑150 (MQ=255) tAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgttgttg < 1:180054/150‑1 (MQ=255) ttGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgttgttg > 2:975627/1‑142 (MQ=255) ttGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgttgttg < 1:975627/142‑1 (MQ=255) ttGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGcc < 2:493199/150‑1 (MQ=255) cACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAAATGATTTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCt > 1:723482/1‑150 (MQ=255) gTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgttgtt > 2:1355739/1‑123 (MQ=255) gTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCgttgtt < 1:1355739/123‑1 (MQ=255) gTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTc > 1:291601/1‑150 (MQ=255) cAGCGACTTGGGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTCGATCTTGAt < 2:1438313/150‑1 (MQ=255) cAGCGACTTGGGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTCGATCTTGAt < 2:1438265/150‑1 (MQ=255) cAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTCGATCTTGAt < 2:1315390/150‑1 (MQ=255) cAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTCGATCTTGAt > 2:824158/1‑150 (MQ=255) cTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGAGCTTGTCGATCTTGATGCTGTc > 1:793726/1‑150 (MQ=255) aGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTCGATCTTGATGCTGTCGAAc < 2:728969/150‑1 (MQ=255) aGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTCGATCTTGATGCTGTCGAAc > 1:728969/1‑150 (MQ=255) | GTCTGTTTAGGAGCAAGGCCGGGTCTACAAAGGCTGTGCAGTGTTTTGGGAGGGTTGGTGCAACAACGCCGTCAACCCGGCGCTGTCCAGGGGCTTGCTCAGGTAATAGCCTTGCACTTCATGGCAGCGGTCCTTTTCCAGCGACTTGAGTTGATGTTCGCTTTCCACGCCTTCGGCTGTCACTGTCAGCCCCATCGCCTCGCCCAGGTTGATGATGGCCTGGACCACAGCGCGGTCGCTGCCGCCGTTGTTGTTCAGGCCGCTGATGAAGCGCTTGTCGATCTTGATGCTGTCGAAC > NC_002947/1320127‑1320424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |