Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,416,940 | A→C | 10.2% | H61P (CAC→CCC) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,416,940 | 0 | A | C | 10.2% | 172.1 / 9.0 | 63 | H61P (CAC→CCC) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/25); new base C (3/4); total (34/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAGTAACCG > NC_002947/1416796‑1417089 | aCGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGc > 1:826003/1‑150 (MQ=255) cGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATgggg < 1:186063/150‑1 (MQ=255) cGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGAGTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCGCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATgggg < 2:143039/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGc < 1:1491672/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGc < 1:1246083/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCCCATGCACGTGGTCGGcat < 1:1031037/149‑3 (MQ=255) gCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCCCATGCACGTGGTCGGcat > 2:1031037/1‑147 (MQ=255) gtgACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCAc < 2:826003/150‑1 (MQ=255) acacGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATgggg > 2:756770/1‑132 (MQ=255) acacGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATgggg < 1:756770/132‑1 (MQ=255) acacGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgc < 1:1166670/150‑1 (MQ=255) acacGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgc > 1:922963/1‑150 (MQ=255) acGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgcgc > 2:1469500/1‑150 (MQ=255) gTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTa > 2:141514/1‑150 (MQ=255) ctagTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGCGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGTTAACCCACGATCGTGCCGACCCTGTGCATGCGTTCGGCTTGCTGTCACGGCTCTACAATGTa < 2:639248/147‑1 (MQ=255) ggTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTAcc > 1:317172/1‑150 (MQ=255) gCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCa > 1:1544929/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg > 2:914974/1‑150 (MQ=255) tGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGc > 2:39662/1‑139 (MQ=255) tGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGc < 1:39662/139‑1 (MQ=255) aaCCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcg < 1:562833/150‑1 (MQ=255) aCCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCGCGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcgc > 1:367426/1‑150 (MQ=255) ctgctCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCt < 2:981326/83‑1 (MQ=255) ctgctCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCt > 1:981326/1‑83 (MQ=255) ctCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGACACTTTGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAg < 2:1379429/150‑1 (MQ=255) tttCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAGCATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCg > 1:162897/1‑150 (MQ=255) ttCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCgg < 1:1138899/150‑1 (MQ=255) cagctcagctCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTtc > 1:1644393/1‑150 (MQ=255) cagctcagctCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTtc < 1:1469500/150‑1 (MQ=255) gctcagctcaGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAGCATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTtctc < 2:162897/150‑1 (MQ=255) agctcagTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCgt > 1:428145/1‑150 (MQ=255) ctcagTGCAGTGCTTGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCgtgt > 2:242062/1‑150 (MQ=255) cagtgcagtgCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTgg < 2:1544929/150‑1 (MQ=255) agtgcagtgcTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCt < 1:1272592/56‑1 (MQ=255) agtgcagtgcTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCt > 2:1272592/1‑56 (MQ=255) 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1:1278421/1‑74 (MQ=255) cACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCa > 1:1278424/1‑74 (MQ=255) aCCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCGAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCAGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATc > 1:926739/1‑150 (MQ=255) aCCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTg < 1:403379/144‑1 (MQ=255) aCCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTg > 2:403379/1‑144 (MQ=255) aCCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATc > 2:475710/1‑150 (MQ=255) ccACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCgg > 1:489639/1‑150 (MQ=255) cACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGc > 1:1545878/1‑150 (MQ=255) aCGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCa > 2:1482367/1‑150 (MQ=255) gAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGc < 2:1644393/150‑1 (MQ=255) aTGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTgg > 1:1572653/1‑150 (MQ=255) agCCGACCCCATGCACGTGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCg < 1:1355134/139‑1 (MQ=255) agCCGACCCCATGCACGTGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCg > 2:1355134/2‑140 (MQ=255) gCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGaa < 2:1615238/150‑1 (MQ=255) gCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGaa < 1:475710/150‑1 (MQ=255) ccGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAg > 2:1478/1‑150 (MQ=255) cGACCCCATGCACGTGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCt > 1:327814/1‑129 (MQ=255) cGACCCCATGCACGTGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCt < 2:327814/129‑1 (MQ=255) gACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAGTa > 1:236779/1‑150 (MQ=255) aCCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGc < 1:500192/129‑1 (MQ=255) aCCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGc > 2:500192/1‑129 (MQ=255) ccACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAGTAAc < 2:317172/150‑1 (MQ=255) aCGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAGTAACCg > 2:1152584/1‑150 (MQ=255) | ACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAGTAACCG > NC_002947/1416796‑1417089 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |