| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,433,391 | G→T | 6.3% | R334R (CGG→AGG) | PP_1255 ← | cis‑4‑hydroxy‑D‑proline oxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,433,391 | 0 | G | T | 6.3% | 203.4 / 2.5 | 63 | R334R (CGG→AGG) | PP_1255 | cis‑4‑hydroxy‑D‑proline oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/29); new base T (2/2); total (32/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
GATGCCCAAACGCCAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAGGCGCTGGTGCTCA > NC_002947/1433250‑1433539 | gATGCCCAAACGCCAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACt > 2:172200/1‑150 (MQ=255) gCCCAAACGCCAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGcc < 1:1236929/150‑1 (MQ=255) ccAAACGCCAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCAc > 1:123755/1‑150 (MQ=255) aCGCCAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTg > 2:1181189/1‑136 (MQ=255) aCGCCAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTg < 1:1181189/136‑1 (MQ=255) ccAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCt < 1:55882/150‑1 (MQ=255) ccAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCt < 2:18131/150‑1 (MQ=255) aaCAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGc > 2:1499796/1‑150 (MQ=255) aCAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCa > 1:1273562/1‑150 (MQ=255) cAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTGGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCAt < 2:552510/150‑1 (MQ=255) ccGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTcgg < 2:495102/150‑1 (MQ=255) ccGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTcgg > 1:85803/1‑150 (MQ=255) cccATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTcggcgg > 2:1150095/1‑150 (MQ=255) gATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGANGGCCTGAAACCCNTCCACGNCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCaaa > 1:1409423/1‑150 (MQ=255) gATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCaaa < 2:85803/150‑1 (MQ=255) tCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACt < 2:739282/150‑1 (MQ=255) cGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCa < 1:571351/150‑1 (MQ=255) cGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCa > 1:1126126/1‑150 (MQ=255) cGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCa > 1:1126444/1‑150 (MQ=255) gggCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCAc > 2:1644372/1‑150 (MQ=255) ggCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACt < 2:1273562/150‑1 (MQ=255) ggCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGCGCACCTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACt < 1:1116307/150‑1 (MQ=255) cGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCt > 1:1243548/1‑108 (MQ=255) cGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCt < 2:1243548/108‑1 (MQ=255) cGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGgcgcca < 2:487439/150‑3 (MQ=255) gAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAg > 2:374440/1‑150 (MQ=255) ggCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCt < 2:123755/150‑1 (MQ=255) gCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCtt < 1:172200/150‑1 (MQ=255) cTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCg > 1:1617719/1‑150 (MQ=255) cccATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACCGTCTGCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATg > 1:750752/1‑150 (MQ=255) cccAACCACGGCGTTGCCCCTTCGACCCTCAAGTCGTGCTGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATg < 2:18230/150‑1 (MQ=255) cATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGACCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATggg > 1:197242/1‑150 (MQ=255) aCGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGTCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCa > 2:344274/1‑150 (MQ=255) aCGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCa > 2:1618941/1‑150 (MQ=255) gCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAAc < 2:1617719/150‑1 (MQ=255) ccccTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCACGCCTTCGGCCCCGGGTGTCCTGATGAACt > 2:1583757/1‑150 (MQ=255) cTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGcc < 1:1382778/59‑1 (MQ=255) cTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGcc > 2:1382778/1‑59 (MQ=255) cTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTgc < 1:1157396/150‑1 (MQ=255) tCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCTGTGc > 2:898397/1‑45 (MQ=255) tCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCTGTGc > 2:898507/1‑45 (MQ=255) tCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCTGTGc < 1:898397/45‑1 (MQ=255) tCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCTGTGc < 1:898507/45‑1 (MQ=255) gACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTc > 1:1225248/1‑150 (MQ=255) cGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCaa < 2:1225248/150‑1 (MQ=255) cGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCaa < 1:374440/150‑1 (MQ=255) cTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGc < 1:1150095/150‑1 (MQ=255) cTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGc > 1:1469254/1‑150 (MQ=255) tCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCGAACTCCACTGTGc < 1:1237231/96‑1 (MQ=255) tCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCGAACTCCACTGTGc > 2:1237231/1‑96 (MQ=255) tCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGgt > 1:1289581/1‑125 (MQ=255) tCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGgt < 2:1289581/125‑1 (MQ=255) tCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTg > 1:333579/1‑150 (MQ=255) cGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGa < 2:197242/150‑1 (MQ=255) cGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCa > 2:108068/1‑150 (MQ=255) ccccTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAg > 1:1477759/1‑150 (MQ=255) ccccTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAg > 1:1477705/1‑150 (MQ=255) ccccTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAg < 2:1477759/150‑1 (MQ=255) ccccTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAg < 2:1477705/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAGgc > 2:87138/1‑150 (MQ=255) tCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAGGCGCTGGt > 2:1532277/1‑150 (MQ=255) cAACCGGGGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAGGCGCTGGTg < 1:1386151/150‑1 (MQ=255) cGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAGGCGCTGGTGCTCa < 2:1629582/150‑1 (MQ=255) | GATGCCCAAACGCCAACAGCACCCGCCCATCGCACACCCTGTCGATCACGGGCAATGAGTCCGGTAACGAAGGCCTGAAACCCATCCACGGCGTTGCCCCTTCGACGCTCAAGTCGTGCCGGAACAACCCCTTGCTCAACCGGTGCAACTGCCACGCCCGCTGCATGCTCGGCGGTGCCTGCAGCCCGGCAAACTCCACTGTGCCCGCCAGGCGCAAGCCTTCGGCCATGGGTGTCATGATGAACTTGCGCTCAAGCGAGGTGACTGCAAACGGCAGGCGCTGGTGCTCA > NC_002947/1433250‑1433539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |