Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,695,552 | G→C | 8.8% | V63L (GTG→CTG) | PP_1491 → | CheW domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,695,552 | 0 | G | C | 8.8% | 173.6 / 8.3 | 57 | V63L (GTG→CTG) | PP_1491 | CheW domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/27); new base C (3/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 |
CTGCTGGAACCGCATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGCCGCACCAGCGCTCGCGGCTGCT > NC_002947/1695404‑1695697 | ctgctgGAACCGCATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGt < 1:1596554/150‑1 (MQ=255) ctgGAACCGCATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCa < 2:1214925/150‑1 (MQ=255) ctgGAACCGCATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCa < 2:663781/150‑1 (MQ=255) ctgGAACCGCATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGACACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCa > 1:1344517/1‑150 (MQ=255) tgGAACCGCATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGt < 1:790128/146‑1 (MQ=255) tgGAACCGCATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGt > 2:790128/1‑146 (MQ=255) cATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGc > 1:492275/1‑150 (MQ=255) cATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGc > 2:903438/1‑150 (MQ=255) gACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAACTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGt < 2:1183446/150‑1 (MQ=255) gACAAGCATTGCCCACTGCTGAAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCCACGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGAAGAGGTGCAGCCGGATGCGGAAAGCACCGGTctt > 2:157109/1‑148 (MQ=255) aaGCATTGCCCACTGCTGGCGCGGCATGTTCGTTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCg > 2:1015143/1‑150 (MQ=255) gCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGAt < 2:891653/150‑1 (MQ=255) cATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGAtg > 2:390601/1‑150 (MQ=255) cATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGAtg > 1:166619/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGAtgc > 1:374246/1‑150 (MQ=255) ttGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGAtgct < 2:374246/150‑1 (MQ=255) tGCCCACTGCTGGAGCGGCATGGTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGACACGCGTTTGCTCCACCGCTATGCGCTGGTTCAGTTGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGAtgctg < 1:903438/150‑1 (MQ=255) cACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGt < 2:492275/150‑1 (MQ=255) aCTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGtt < 2:1205420/150‑1 (MQ=255) tgctgGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTcc < 2:1344517/150‑1 (MQ=255) aaGCGGCATGTCCTTTGCGCCAATTGGGAGTTGTATGCCGCGCGGGCCACGCGTTTCCTCGACCCCTATGCGCTGGTGAAGACGAACCAGGCGGCAGCGGTGCAGCGGGATGGGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTg < 1:1143691/149‑1 (MQ=255) ttCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCg < 1:455505/114‑1 (MQ=255) ttCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCg > 2:455505/1‑114 (MQ=255) ttCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGaa > 2:201608/1‑146 (MQ=255) ttCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGaa < 1:201608/146‑1 (MQ=255) aTTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGtggc > 1:554504/1‑150 (MQ=255) ccGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGtggctggc > 1:1010445/1‑150 (MQ=255) cAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACCCCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGgctggcgct < 1:1232912/150‑1 (MQ=255) cAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGgctggcgct < 2:554504/150‑1 (MQ=255) aTTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGgctggcgctgg < 1:95057/150‑1 (MQ=255) ttGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGgctggcgctggc < 2:223398/150‑1 (MQ=255) gtgtATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCgcc > 2:668241/1‑150 (MQ=255) tATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCgcctgc < 1:390601/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCgcctg > 1:1395973/1‑145 (MQ=255) ccGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCgcctg < 2:1395973/145‑1 (MQ=255) ggCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAAt > 1:456021/1‑150 (MQ=255) gTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGt > 1:298995/1‑150 (MQ=255) gCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTc < 2:312686/92‑1 (MQ=255) gCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTc > 1:312686/1‑92 (MQ=255) cTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTATCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAg < 2:1010445/150‑1 (MQ=255) tCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCgcctgccac < 1:1361542/128‑3 (MQ=255) tCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCgcctgccac > 2:1361542/1‑126 (MQ=255) tCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGAGGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAgg > 1:298323/1‑150 (MQ=255) aCCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCCGGCTGCACCGCTGCAGcc > 1:1146583/1‑46 (MQ=21) aCCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCCGGCTGCACCGCTGCAGcc < 2:1146583/46‑1 (MQ=21) cGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTg > 2:735828/1‑150 (MQ=255) cGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTg > 1:545189/1‑150 (MQ=255) tATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGcat > 2:959383/1‑150 (MQ=255) cTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTg < 1:1452170/150‑1 (MQ=255) tGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGc > 2:233827/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGATCGCCATCTCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGcc < 1:1350459/150‑1 (MQ=255) cAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGACGCAc > 2:60149/1‑150 (MQ=255) ggAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGTGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGCCGCACCa < 2:545189/150‑1 (MQ=255) gcatccggCTGCACCGCTGCAGCCTGGTGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGAGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTACCGCACCAgcg > 2:306956/7‑150 (MQ=255) cggCTGCACCGCTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGCCGCACCAgc > 1:1559321/2‑144 (MQ=255) cggCTGCACCGCTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGCCGCACCAgc < 2:1559321/143‑1 (MQ=255) aGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGCCGCACCAGCGCTCGCGgctgct < 1:233827/150‑1 (MQ=255) | CTGCTGGAACCGCATTGGCGTGCGCGGCGACAAGCATTGCCCACTGCTGGAGCGGCATGTTCATTGCCGCAATTGCGAGGTGTATGCCGCTGCGGCCACGCGTTTGCTCGACCGCTATGCGCTGGTGCAGGAGCACCAGGCTGCAGCGGTGCAGCCGGATGCGGAAAACACCGGTCGTTCGATGCTGCTGTTCCGTCTGGGCGAAGAGTGGCTGGCGCTGGCTACCGCCTGCCTGGCCGAAATCGCCCCGTTGCAGGCGGTGCATTCATTGCCGCACCAGCGCTCGCGGCTGCT > NC_002947/1695404‑1695697 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |