| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,905,511 | G→A | 7.5% | R575H (CGC→CAC) | nirB → | nitrite reductase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,905,511 | 0 | G | A | 7.5% | 149.2 / 3.1 | 53 | R575H (CGC→CAC) | nirB | nitrite reductase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/20); new base A (2/2); total (31/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
TGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGATCTGGGGCGAAC > NC_002947/1905363‑1905660 | tgtgACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCgcgc > 1:1092521/1‑150 (MQ=255) gtgACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCa < 1:151911/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCgg > 1:903339/1‑150 (MQ=255) tGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCggt > 2:1045618/1‑150 (MQ=255) gCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCggtg < 2:903339/150‑1 (MQ=255) aaGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCggtggt < 2:498100/150‑1 (MQ=255) aGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAATCAGCCGAGCACGGGCCGGGCGTTGGTGCCGCTGCTGGACACCCACGACACTTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCAGGGCGGTCCCGttgttg > 1:934942/1‑150 (MQ=255) gTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAAcc < 1:717991/150‑1 (MQ=255) cAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGa > 2:257345/1‑150 (MQ=255) ttCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGCGGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGc > 1:836441/1‑150 (MQ=255) ccTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCtcatcg > 1:1161834/1‑150 (MQ=255) ggAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGGGAAAAAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGcc > 1:1094779/1‑150 (MQ=255) gAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCa > 1:565859/1‑150 (MQ=255) aaCCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAg < 1:257345/150‑1 (MQ=255) aCCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAgg > 1:1294417/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCACATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGt > 1:1521472/1‑150 (MQ=255) aGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTgg < 2:1294417/150‑1 (MQ=255) gATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCaa > 2:658845/1‑150 (MQ=255) tGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAAt < 2:1161834/150‑1 (MQ=255) gACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATAc < 1:1045618/150‑1 (MQ=255) gACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCACATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATAc < 2:1521472/150‑1 (MQ=255) aCCCGGCGCTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTAGTGAAGCGAAGACCTGGTCGTGAAAGAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAAGACg > 1:1191036/1‑150 (MQ=255) ccGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCggtg > 1:1539111/1‑94 (MQ=255) ccGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCggtg < 2:1539111/94‑1 (MQ=255) ttGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGTAATACTACCTGTac < 2:808425/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAAcccc < 1:450565/96‑1 (MQ=255) gCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAAcccc > 2:450565/1‑96 (MQ=255) cAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAAccc < 2:1415681/88‑1 (MQ=255) cAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAAccc > 1:1415681/1‑88 (MQ=255) gACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCtcatcg < 1:59674/100‑1 (MQ=255) gACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCtcatcg > 2:59674/1‑100 (MQ=255) gACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCtcatc > 2:1322390/1‑99 (MQ=255) gACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCtcatc < 1:1322390/99‑1 (MQ=255) gACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCGCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGCAAAACGACCCGCACACCAAGATTCCCGGt > 2:36170/1‑150 (MQ=255) aCGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCggtggt > 2:330484/1‑68 (MQ=255) aCGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCggtggt < 1:330484/68‑1 (MQ=255) ccTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCg > 1:1229563/1‑150 (MQ=255) ccTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCg > 2:585424/1‑150 (MQ=255) ccTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCACATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCg > 1:518383/1‑150 (MQ=255) cTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGa > 1:925860/1‑150 (MQ=255) ttCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGAc > 2:1565542/1‑150 (MQ=255) tCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGAcc > 1:1431393/1‑150 (MQ=255) aaCATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGt < 2:946004/109‑1 (MQ=255) aaCATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGt > 1:946004/1‑109 (MQ=255) aaaCGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCa < 1:585424/150‑1 (MQ=255) gCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCg < 2:719255/132‑1 (MQ=255) gCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCg > 1:719255/1‑132 (MQ=255) cTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGc < 2:1382034/50‑1 (MQ=255) cTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGc > 1:1382034/1‑50 (MQ=255) cTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGcc > 1:95879/1‑150 (MQ=255) cGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGa < 2:934942/150‑1 (MQ=255) ggtggtGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGAt > 2:830278/1‑150 (MQ=255) tgCCGCACATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGATCTggg < 2:518383/150‑1 (MQ=255) gCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGATCTgggg > 1:181168/1‑150 (MQ=255) gcgcATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCt < 1:70826/72‑1 (MQ=255) gcgcATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCt > 2:70826/1‑72 (MQ=255) gcgcATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGATCTGGGGCGa > 1:34887/1‑150 (MQ=255) cgcATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGATCTGGGGCGaa < 1:830278/150‑1 (MQ=255) cgcATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGATCTGGGGCGaa < 2:1431393/150‑1 (MQ=255) gcATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGATCTGGGGCGAAc < 2:1092521/150‑1 (MQ=255) | TGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAGGACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGTGGCCAGCGCATCGACCTGTTCGGCGCCCAGTTGCACGAGCTGCCGCTGATCTGGGGCGAAC > NC_002947/1905363‑1905660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |