| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,921,591 | T→A | 19.5% | intergenic (+24/+37) | PP_1720 → / ← PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,921,591 | 0 | T | A | 19.5% | 147.3 / 37.0 | 72 | intergenic (+24/+37) | PP_1720/PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/30); new base A (7/7); total (35/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
GTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTC > NC_002947/1921447‑1921739 | gTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAccc > 1:1640566/1‑150 (MQ=255) ttGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcg > 2:476707/1‑150 (MQ=255) cgccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:58615/150‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGAAg < 1:1138114/150‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGAAg > 2:1138114/1‑150 (MQ=255) cgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGAAggg < 2:1357582/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGccag < 2:1640566/150‑3 (MQ=255) gTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTCCCCGCGAAGGGGCCGGcaa > 1:1145643/1‑149 (MQ=255) 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< 1:927875/150‑1 (MQ=255) cGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAAc < 1:495841/150‑1 (MQ=255) tGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCtt < 2:801469/150‑1 (MQ=255) tGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCtt < 1:359376/150‑1 (MQ=255) ggAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTc < 1:427871/150‑1 (MQ=255) gAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGcc < 1:1582791/127‑1 (MQ=255) 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tGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAgggg < 2:117441/97‑1 (MQ=255) tGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAgggg > 1:117441/1‑97 (MQ=255) ggAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTc > 2:336008/1‑120 (MQ=255) ggAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTc < 1:336008/120‑1 (MQ=255) gagaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGAt > 1:453058/1‑150 (MQ=255) gaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTcagctcc > 2:755417/1‑123 (MQ=255) gaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTcagctcc < 1:755417/123‑1 (MQ=255) ccacccaGGCGTCAGGCAACATGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTGAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGGAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAATCCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCg < 2:499726/150‑1 (MQ=255) ccaaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCg < 2:1526699/150‑1 (MQ=255) caaccaGGTGTCGGGCAAGGTTGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTCGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCgg < 1:251887/150‑1 (MQ=255) caaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGtt > 1:152742/1‑76 (MQ=255) caaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGtt < 2:152742/76‑1 (MQ=255) aaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGTGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCATTCCAGCCCCTAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGTTCTCgtc > 2:1456181/1‑148 (MQ=255) aaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCtt > 1:812838/1‑112 (MQ=255) aaccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCtt < 2:812838/112‑1 (MQ=255) ccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAGGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATa < 1:700973/102‑1 (MQ=255) ccaGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATa > 2:700973/1‑102 (MQ=255) tCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATaaaa > 1:770541/1‑98 (MQ=255) tCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATaaaa < 2:770541/98‑1 (MQ=255) ggCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATTAAGACCTTCAGCTCCAGCTCAGAATCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCaa > 1:1252269/1‑150 (MQ=255) aGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACt < 1:530535/150‑1 (MQ=255) tggtgatggtgaTCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCg > 1:402617/1‑150 (MQ=255) tgatggtgatCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTcc < 2:402617/150‑1 (MQ=255) atggtgatCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCgg > 2:234361/1‑150 (MQ=255) gACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGGTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAgggg < 1:762814/56‑1 (MQ=255) gACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGGTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAgggg > 2:762814/1‑56 (MQ=255) ccTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATg > 2:140074/1‑150 (MQ=255) ccTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATg < 1:234361/150‑1 (MQ=255) cTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATATCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGc > 2:1495877/1‑150 (MQ=255) agtcTGGTGTAAGCGGGGCTAACCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCCAAAGAGCGTCCGGGTTCACCACATGCgg < 1:1456181/147‑1 (MQ=255) ccTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGt > 1:651172/1‑150 (MQ=255) gCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACAt > 1:635720/1‑134 (MQ=255) gCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACAt < 2:635720/134‑1 (MQ=255) ggggCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGt < 1:511893/138‑1 (MQ=255) ggggCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGt > 2:511893/1‑138 (MQ=255) cggCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTcacc > 2:316447/2‑123 (MQ=255) cggCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTcacc < 1:316447/122‑1 (MQ=255) ccccTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCaacaacaac < 1:140074/150‑1 (MQ=255) cccTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCAt < 1:402441/78‑1 (MQ=38) cccTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCAt > 2:402441/1‑78 (MQ=38) cccTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGCTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCCCAACAACAACg > 2:729565/1‑150 (MQ=255) ccTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 1:618552/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCg < 1:1600056/83‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCg > 2:1600056/1‑83 (MQ=255) cgcgGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGACCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCATCCGGGTTCACCGCAGGGGATGGATGCGCTGGCAACAACGGCGGCAAg < 2:1252269/150‑1 (MQ=255) ggTTTACCCGCTAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCAt < 1:1046347/150‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTTGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCAACTCATGCGGGTGATCTACTCTCAACAACAACGGCAAGTCAtt > 1:1504111/1‑150 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTca > 1:117068/1‑107 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTca < 2:117068/107‑1 (MQ=255) tttACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTc < 2:453058/150‑1 (MQ=255) | GTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTC > NC_002947/1921447‑1921739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |