| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,004,613 | G→A | 13.6% | intergenic (+60/+90) | PP_1787 → / ← PP_1788 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,004,613 | 0 | G | A | 13.6% | 143.0 / 14.3 | 59 | intergenic (+60/+90) | PP_1787/PP_1788 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/28); new base A (3/5); total (26/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
CGCCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGG > NC_002947/2004468‑2004749 | cgcCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGAttt < 1:200590/150‑1 (MQ=255) ttttgtCAAGTTTTCTACGTTCGCGGTCGAAAATTAATAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTCATGCTTAATAAGATATTTATATTCTACCTCCCCTTGACATCCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAAATCTGCAATa < 2:752498/145‑1 (MQ=255) ttttCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAAATCTGCAATAAg < 1:215205/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGGTCGTTATATTCTACGTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGGTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTAtt > 1:848904/1‑150 (MQ=255) aaGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTAtt < 1:1498441/150‑1 (MQ=255) aGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGAAGTGCGTCAAATGACTCTTAATGCTTAAGAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTAttt > 1:691965/1‑150 (MQ=255) gAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGc > 1:128796/1‑150 (MQ=255) tttAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATTACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATc < 1:257916/150‑1 (MQ=255) tttAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATc > 1:169654/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGttttt > 1:1074124/1‑90 (MQ=255) cTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTaa > 2:1273008/1‑150 (MQ=255) tCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAg < 2:1269341/150‑1 (MQ=255) tCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAg > 1:127549/1‑150 (MQ=255) gttGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTg > 1:536097/2‑150 (MQ=255) ttGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGtttttt > 1:726976/1‑85 (MQ=255) ttGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGtttttt < 2:726976/85‑1 (MQ=255) aTGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTtgt < 2:1610790/110‑1 (MQ=255) aTGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTtgt > 1:1610790/1‑110 (MQ=255) ccccGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGAtgt > 2:660429/1‑83 (MQ=255) ccccGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGAtgt < 1:660429/83‑1 (MQ=255) cccGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGAt > 1:975537/1‑150 (MQ=255) cGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTg < 2:848904/150‑1 (MQ=255) gAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTgg < 1:938499/150‑1 (MQ=255) cTTATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATgg < 2:1457788/146‑1 (MQ=255) cTTATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCCCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATgg > 1:1457788/1‑146 (MQ=255) aGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTAt < 2:313096/95‑1 (MQ=255) aGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTAt > 1:313096/1‑95 (MQ=255) | CGCCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGG > NC_002947/2004468‑2004749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |