| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,035,754 | C→T | 10.4% | A102T (GCC→ACC) | PP_5477 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,035,754 | 0 | C | T | 10.4% | 97.4 / 3.5 | 39 | A102T (GCC→ACC) | PP_5477 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/17); new base T (2/2); total (20/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
GCGGCGCTTGCCCGGCGTTAGGGGCTATAACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAGGTCTTTCATTTCTGCTGCGCTGAAC > NC_002947/2035625‑2035902 | gcggcgCTTGCCCGGCGTTAGGGGCTATAACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCAc < 1:411914/150‑1 (MQ=255) ggcgCTTGCCCGGCGTTAGGGGCTATAACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGACCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTc < 1:298661/150‑1 (MQ=255) ccGGCGTTAGGGGCTATAACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGAcc > 2:1279112/1‑150 (MQ=255) cTATAACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGTACCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGt > 1:955184/1‑150 (MQ=255) cTATAACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGTACCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGt > 1:954847/1‑150 (MQ=255) tataACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGtt < 2:1443267/150‑1 (MQ=255) tataACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCGGACGAGGTTGGTCGGGTAATCGCGATGTCGACATGGCAGCGTAAGATCACGCCGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCACGTGTTGGCGGtt > 1:1191888/1‑150 (MQ=255) aGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCt < 2:1349287/150‑1 (MQ=255) gTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAAtgt > 2:987046/1‑99 (MQ=255) gTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAAtgt < 1:987046/99‑1 (MQ=255) gATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTg < 1:704094/150‑1 (MQ=255) tGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGt < 1:1279112/150‑1 (MQ=255) tGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGt > 1:1345709/1‑150 (MQ=255) ggggCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTa > 1:378232/1‑76 (MQ=255) ggggCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTa < 2:378232/76‑1 (MQ=255) gCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACctc > 1:414047/1‑99 (MQ=255) gCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACctc < 2:414047/99‑1 (MQ=255) 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gACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGa > 2:229878/1‑150 (MQ=255) tAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAgg > 1:1482568/1‑150 (MQ=255) tGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAGGTCtt < 1:666440/150‑1 (MQ=255) aCTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCACGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAGGTCTTTCAttt > 2:13073/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAGGTCTTTCAttt > 2:821996/1‑148 (MQ=255) tCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAGGTCTTTCAttt < 1:821996/148‑1 (MQ=255) gATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAGGTCTTTCATTTCTGCTgcg > 1:507741/1‑150 (MQ=255) tCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGc > 2:1439631/1‑114 (MQ=255) tCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGc < 1:1439631/114‑1 (MQ=255) gCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAGGTCTTTCATTTCTGCTGCGCTGAAc > 1:545270/1‑150 (MQ=255) | GCGGCGCTTGCCCGGCGTTAGGGGCTATAACGAACGTCATATTTTAGTGAGCGATGTCCATGGGGCCTGACGAGGTGGGTCGGATAATCGCGATGTCGACATGGTAATTGGCAAACTCGGTGGATCGGGCATCCGTACGCAATGTGGCACTCAAGACGACCTCTTGCTGACGGTTGATATCGGTCAAGAAATTCTGAAATTGGTGCTCTTTCACAATGATCAGGACCACGCAGTTTGCACCTTGTGAAAGAAGGTCTTTCATTTCTGCTGCGCTGAAC > NC_002947/2035625‑2035902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |