Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,142,379 | A→G | 5.3% | Q691R (CAG→CGG) | PP_1897 → | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,142,379 | 0 | A | G | 5.3% | 305.1 / 2.5 | 104 | Q691R (CAG→CGG) | PP_1897 | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/46); new base G (4/2); total (56/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GGACACTGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATGGGGTAGTCGAGGGGGTTAGGGGGCAGCGGCGGTTCTGGCGGGTTCGAGGGGAGTGAGGCAGAG > NC_002947/2142230‑2142528 | ggACACTGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCCTCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACAGAGGCGTTCGTACGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACCACAGCTTAGGGCACCCGAACGTGCa > 2:655468/1‑150 (MQ=255) gACACTGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAg < 1:1038927/150‑1 (MQ=255) acacTGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAgg > 2:583816/1‑150 (MQ=255) cTGAAGTGCAGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTCCGGGCACCCGCACGTGCAggtgg < 2:254715/150‑1 (MQ=255) tGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAggtggt > 2:707380/1‑150 (MQ=255) tGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACAGCGGCGTTCGCTCTGGCGGCCGCGCCGCGCTGGGTAGTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAggtggt > 1:1018027/1‑150 (MQ=255) gAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTc > 2:241486/1‑150 (MQ=255) tGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGc < 1:583816/150‑1 (MQ=255) 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> 1:1637749/1‑150 (MQ=255) ggCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGggtggt < 2:6519/150‑1 (MQ=255) gccgcATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGAt < 1:1412972/150‑1 (MQ=255) cgcATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCAGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGc < 1:707380/150‑1 (MQ=255) gcATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCa > 1:133212/1‑150 (MQ=255) catcatGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCAt < 2:1285659/150‑1 (MQ=255) 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cACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTGCGGGCACCCCCCTGTGATCATGGTGGAGGACGACGTGCGGCATGGGGGGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCagt > 1:1012793/1‑148 (MQ=255) aCCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTg > 1:1533831/1‑150 (MQ=255) gTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGt < 1:1630273/150‑1 (MQ=255) ttCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGGATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTg > 1:766718/1‑150 (MQ=255) ttCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTg > 2:937056/1‑150 (MQ=255) 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ccgcaccgcGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATg > 2:1463016/1‑150 (MQ=255) cgcaccgcGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATgg > 1:397046/1‑150 (MQ=255) gcaccgcGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGa > 2:957378/1‑104 (MQ=255) gcaccgcGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGa < 1:957378/104‑1 (MQ=255) gcaccgcGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATggg < 1:816125/150‑1 (MQ=255) gcaccgcGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATggg < 1:959799/150‑1 (MQ=255) 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2:358208/145‑1 (MQ=255) gaccACCTGCACGTGCGGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATGGGGTAGTCGAGGGGGTTAGGGGGCAGCGGCGGTTCTGGCGGGTTCGa > 1:361203/4‑150 (MQ=255) ggCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCTGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATGGGGTAGTCGAGGGGGTTAGGGGGCAGCGGCGGTTCTGGCGGGTTCGAg > 1:128755/1‑150 (MQ=255) ggCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATGGGGTAGTCGAGGGGGTTAGGGGGCAGCGGCGGTTCTGGCGGGTTCGAg > 1:623023/1‑150 (MQ=255) gCACCGGCACGGGGAGGTGGTCGTGCGGTGTGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCTTGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGTTGGTGCGGCATGGGGTAGTCGGGGGGGTTAGGGGGCAGCGGCGGTTCTGGCGGGTTCGacc < 2:492727/150‑3 (MQ=255) gCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATGGGGTAGTCGAGGGGGTTAGGGGGCAGCGGCGGTTCTGGCGGGTTCGAga > 1:654261/1‑149 (MQ=255) 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GGACACTGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATGGGGTAGTCGAGGGGGTTAGGGGGCAGCGGCGGTTCTGGCGGGTTCGAGGGGAGTGAGGCAGAG > NC_002947/2142230‑2142528 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |