| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,376,751 | T→C | 9.8% | intergenic (+69/‑136) | PP_2083 → / → PP_2084 | lipase/ribonuclease activity regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,376,751 | 0 | T | C | 9.8% | 187.0 / 8.0 | 70 | intergenic (+69/‑136) | PP_2083/PP_2084 | lipase/ribonuclease activity regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/37); new base C (4/3); total (29/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
TGGTGGAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTA > NC_002947/2376603‑2376897 | tggtggAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCtgtg < 2:525439/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAAc < 1:1555461/150‑1 (MQ=255) gaactggctgCACAACCCGCTGCTGCAGGTACATGCGTCCACTGTCGTGGCGGAACCTGTGTCTGCCAGCTTAGTTTGCTGTACCTGACACGGCCTCTTCGAGGGCAAACCCGCTCCTACACTGGAGAACGCGGGGTCCTGTGCAG‑GAAc > 2:365783/4‑150 (MQ=255) gctggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACgg < 1:1608492/150‑1 (MQ=255) gctggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACgg < 1:1389596/150‑1 (MQ=255) gctggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACgg < 1:794970/150‑1 (MQ=255) ctggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGTAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACggg < 2:949245/150‑1 (MQ=255) ctggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACggg < 2:949250/150‑1 (MQ=255) ctggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACggg < 2:1243922/150‑1 (MQ=255) ggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAGCCCGCCACTAAACTCGATACCGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTc < 1:450532/150‑1 (MQ=255) acaACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTcatgcat < 2:395738/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAg > 2:664779/1‑150 (MQ=255) ccGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAg < 2:266531/150‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGc < 2:1187613/150‑1 (MQ=255) gcCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCgaga > 1:424636/1‑150 (MQ=255) cGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGCGTTTGCGTTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGACCCCGCTCCTACACTGGATAACGCGTGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACa < 1:919382/150‑1 (MQ=255) ggTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAg < 1:965585/150‑1 (MQ=255) gTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCCCGTTCCTGCACAG‑GAACgcgc > 2:360821/1‑123 (MQ=39) gTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCCCGTTCCTGCACAG‑GAACgcgc < 1:360821/126‑4 (MQ=39) gCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAAt < 1:799233/150‑1 (MQ=255) gTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATAc < 2:238896/150‑1 (MQ=255) tCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCGCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACa > 2:918024/1‑150 (MQ=255) tGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGCTAAGGCGCGTTACTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGCAGGGCCGACACAGGCTGAATACAAATgg > 2:259387/1‑149 (MQ=255) gTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGAc < 2:353131/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCgaga > 1:650863/1‑128 (MQ=255) gTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCgaga < 2:650863/128‑1 (MQ=255) gCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGACTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCg < 1:848500/150‑1 (MQ=255) ggAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTcat > 1:1523403/1‑106 (MQ=255) ggAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTcat < 2:1523403/106‑1 (MQ=255) gAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGc < 1:328188/144‑1 (MQ=255) 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tgcctgccAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCtgtg < 1:1000129/84‑1 (MQ=255) gccAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTAc < 1:664779/150‑1 (MQ=255) cTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAg > 1:260609/1‑150 (MQ=255) tGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGc < 2:1279983/150‑1 (MQ=255) tGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGCACAG‑GAACgc > 2:1012754/1‑72 (MQ=25) tGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGCACAG‑GAACgc < 1:1012754/73‑2 (MQ=25) gTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAAt > 2:1112065/1‑110 (MQ=255) gTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAAt < 1:1112065/110‑1 (MQ=255) gTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGgtg > 1:801900/1‑150 (MQ=255) cTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAAc > 2:1580402/1‑66 (MQ=255) cTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAAc < 1:1580402/66‑1 (MQ=255) cTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGGCAGGATGAATACAAATGACTGCCCGTTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCCAGGTGTCGc > 2:1163362/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCga > 2:1643363/1‑75 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCga < 1:1643363/75‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGc > 1:601213/1‑150 (MQ=255) aaCGCGGTCCTACCCGGGAGAACGCGCGGTGCTGGGCAG‑GGACGGGGCATGCAGGGAAGGGCCGAGACAGGATGAAGAGAAATGACGGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGtt < 1:540983/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGtt < 2:1606824/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTc < 2:500320/146‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTc > 1:500320/1‑146 (MQ=255) cccGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGa < 2:1149184/83‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGa > 1:1149184/1‑83 (MQ=255) cccGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTtgt < 1:1483719/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTtgt > 2:1060545/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGtga < 1:1163362/150‑1 (MQ=255) cTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGtgact > 2:33795/1‑150 (MQ=255) tCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGcc > 1:547546/1‑107 (MQ=255) 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cccgTTCCTGCACAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTg > 2:1429343/3‑107 (MQ=255) ttCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgcagca > 2:397924/1‑150 (MQ=255) ccTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGa > 2:1578779/1‑70 (MQ=255) ccTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGa < 1:1578779/70‑1 (MQ=255) cTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCGCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTa > 1:921662/1‑150 (MQ=255) | TGGTGGAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAG‑GAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTA > NC_002947/2376603‑2376897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |