Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,404,130 | G→C | 7.4% | A238A (GCG→GCC) | PP_2106 → | ammonium transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,404,130 | 0 | G | C | 7.4% | 167.9 / 4.1 | 54 | A238A (GCG→GCC) | PP_2106 | ammonium transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/24); new base C (2/2); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
GGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGC > NC_002947/2403985‑2404279 | ggCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAAAGTCATGGATGCCCACACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCCATCa > 2:213030/1‑150 (MQ=255) ccGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGtt > 2:205479/1‑150 (MQ=255) ccGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGtt < 1:424687/150‑1 (MQ=255) aTGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATgg < 1:98242/150‑1 (MQ=255) gCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGTCTGGTGGCCATCAACGAGTTGATCGCCac < 1:213030/150‑2 (MQ=255) cGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCAtg < 2:728440/150‑1 (MQ=255) tggtggCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGATGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCAtggtgg < 1:633573/150‑1 (MQ=255) gCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGc > 1:1385095/1‑150 (MQ=255) tGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCATGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCt < 1:1468214/150‑1 (MQ=255) cATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTAAACGTGATGAGTGCCAAGACCTTGCAGGGCGTAAGAGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCGATGGTGGGTGGAACGCTGTGAg > 2:259622/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGc > 1:394594/1‑150 (MQ=255) tCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCg > 1:1052306/1‑150 (MQ=255) gAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGtt > 1:1114048/1‑150 (MQ=255) cTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCgg > 1:1478901/1‑150 (MQ=255) cTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCgg > 2:304022/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGGGCTCCTGGATCCTCATCATCTGCTGGTTCGTCTTCAACTTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGCGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCTGGCGCaa < 1:259622/150‑1 (MQ=255) gcTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGa < 2:1385095/150‑1 (MQ=255) ggCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCCACGACCCg > 2:250476/1‑150 (MQ=255) tGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGtt > 1:1532714/1‑89 (MQ=255) tGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGtt < 2:1532714/89‑1 (MQ=255) gATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCt < 2:1478901/150‑1 (MQ=255) tcatcaTCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCGACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATa > 1:1590682/1‑150 (MQ=255) tcatcaTCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGgc < 2:1263449/126‑1 (MQ=255) tcatcaTCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGgc > 1:1263449/1‑126 (MQ=255) atcatcGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAAc < 1:682270/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTg > 1:754151/1‑111 (MQ=255) ggCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTg < 2:754151/111‑1 (MQ=255) gCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGc > 1:886519/1‑150 (MQ=255) cTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCt < 2:1590682/150‑1 (MQ=255) gTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATggtgggt < 2:857127/85‑1 (MQ=255) gTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATggtgggt > 1:857127/1‑85 (MQ=255) gCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGc < 2:1052306/150‑1 (MQ=255) cTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGAt > 2:834490/1‑66 (MQ=255) cTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGAt < 1:834490/66‑1 (MQ=255) ttCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGtt < 2:1511985/95‑1 (MQ=255) ttCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGtt > 1:1511985/1‑95 (MQ=255) ttCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCtg > 2:409485/1‑150 (MQ=255) ttCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCtg > 1:1566430/1‑150 (MQ=255) ttCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTAGGTACGCGTCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACAAGGGCTTTATGATTAATTTTTCGCCGGCCGGGCtg > 1:1593683/1‑150 (MQ=255) tGAGTCCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGAttt < 1:230227/150‑1 (MQ=255) ccAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAgg > 2:1219189/1‑150 (MQ=255) ccAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAgg > 2:622865/1‑150 (MQ=255) ccAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGT‑‑‑‑‑GCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCAAGCTGGTAGGGTTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTTCg > 2:616977/1‑150 (MQ=255) aCCTTGCAGGGCGGCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTAGTGGCGATTTGCGCAGGTTcc > 2:843166/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTg < 1:205479/150‑1 (MQ=255) cgatcTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTATACATACAGCCGCGCTTTCCTATCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCggt < 1:1265735/146‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATACCGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCggtgg < 1:250476/150‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCTGATCTGATGCAGCCggtgt < 2:1593683/150‑2 (MQ=255) gCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCggtgg < 2:58938/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGNGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCggtgggt < 1:1219189/150‑1 (MQ=255) gtggCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCggtgagatcg > 2:1265735/1‑144 (MQ=255) gtggCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTgcg > 2:1273892/1‑150 (MQ=255) atggCCATCAACGAGTTGATCGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGAttt < 2:1524502/114‑1 (MQ=255) atggCCATCAACGAGTTGATCGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGAttt > 1:1524502/2‑115 (MQ=255) gATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGc > 2:648358/1‑150 (MQ=255) gATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGc > 1:1260272/1‑150 (MQ=255) | GGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGCTCGTGGATCCTCATCATCGGCTGGTTCGGCTTCAACGTCATGAGTGCCCAGACCTTGCAGGGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGC > NC_002947/2403985‑2404279 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |