Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,475,749 | G→T | 7.1% | I221I (ATC→ATA) | dusA ← | tRNA dihydrouridine synthase DusA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,475,749 | 0 | G | T | 7.1% | 175.2 / 3.0 | 56 | I221I (ATC→ATA) | dusA | tRNA dihydrouridine synthase DusA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/23); new base T (2/2); total (31/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
ATGCCTCGCTACGGCTGACCACCGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGAATCGCGATGCGTGCATGCACGGTAAAACTCCGG > NC_002947/2475601‑2475896 | aTGCCTCGCTACGGCTGACCACCGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGa > 2:1488944/1‑150 (MQ=255) tGCCTCGCTACGGCTGACCACCGGCGCATCGCTGCTAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTAGTCCAGGGTCTTGAt < 1:1550320/150‑1 (MQ=255) tCGCTACGGCTGACCACCGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGTCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCccg > 2:1296291/1‑150 (MQ=255) tCGCTACGGCTGACCACCGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCccg > 2:1440052/1‑150 (MQ=255) cGCTACGGCTGACCACCGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCccgc < 1:1440052/150‑1 (MQ=255) ggCTGACCACCGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGttta > 2:93745/1‑148 (MQ=255) caccGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACACCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGAt > 2:48889/1‑150 (MQ=255) accGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGa > 2:579240/1‑142 (MQ=255) accGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGa < 1:579240/142‑1 (MQ=255) accGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGAtc > 2:1632572/1‑150 (MQ=255) aTCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTc < 2:489041/150‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTc < 2:823006/150‑1 (MQ=255) cTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCggg < 2:402814/150‑1 (MQ=255) aaaCAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGACTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTc > 2:1511582/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTcc < 1:1488944/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGTTCCGGGAAGTCCCTCtt < 2:409829/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCctct < 1:1597423/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCctct > 2:1597423/1‑149 (MQ=255) cTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGACTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCaa < 1:1511582/150‑1 (MQ=255) gTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAActg > 2:863559/1‑150 (MQ=255) tCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCctc > 2:238052/1‑141 (MQ=255) tCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCctc < 1:238052/141‑1 (MQ=255) ctaCCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAActgcg > 2:275232/3‑150 (MQ=255) aCCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTTATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAActgcgct > 1:293574/1‑150 (MQ=255) aCCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTCTATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAActgcgct > 1:293705/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGt > 2:141336/1‑150 (MQ=255) cagATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATa > 1:1075306/1‑150 (MQ=255) aGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAg < 1:141336/150‑1 (MQ=255) gggTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCccgc < 2:1594340/85‑1 (MQ=255) gggTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCccgc > 1:1594340/1‑85 (MQ=255) tgtgATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAgcggcg < 2:895568/150‑1 (MQ=255) aCGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCCTCCACTTTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAAtct > 1:457331/1‑150 (MQ=255) gCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTcg > 1:909630/1‑150 (MQ=255) gCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTcg > 2:540092/1‑150 (MQ=255) cTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTcc < 1:177732/88‑1 (MQ=255) cTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTcc > 2:177732/1‑88 (MQ=255) cTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTcgcg < 1:93745/150‑1 (MQ=255) cTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTcgcg < 1:863559/150‑1 (MQ=255) tCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCGCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCGCGCgg > 2:165097/1‑150 (MQ=255) gcCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAATTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTtct < 1:1632572/150‑1 (MQ=255) ccAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCtt > 2:1400427/1‑150 (MQ=255) aGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTc > 1:556102/1‑150 (MQ=255) aTCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGc > 1:338541/1‑150 (MQ=255) aCGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGAc > 2:168903/1‑150 (MQ=255) gCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAg < 2:1129721/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTcc > 1:166467/1‑150 (MQ=255) aGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCa < 1:712497/150‑1 (MQ=255) gTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGa > 1:527157/1‑150 (MQ=255) tttCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTTATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGaa < 2:293574/150‑1 (MQ=255) tttCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTCTATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGaa < 2:293705/150‑1 (MQ=255) aaGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGAATcgc > 2:123485/1‑150 (MQ=255) gtgCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCACGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGAATCGCGATGc > 1:851854/1‑150 (MQ=255) cTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGAATCGCGATGCGtgc < 1:1296291/150‑1 (MQ=255) ggTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGAATCGCGATGCGTGCATGCACGGTaa < 1:95430/146‑1 (MQ=255) ggTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGAATCGCGATGCGTGCATGCACGGTaa > 2:95430/1‑146 (MQ=255) ttGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGAATCGCGATGCGTGCATGCACGGTAAAACTCCgg < 2:527157/150‑1 (MQ=255) | ATGCCTCGCTACGGCTGACCACCGGCGCATCGCTGCCAAACAGTTGCTGGTCCACCTCGGCCAGCAGATAAGGGTTGTGATACGCCTCGCGCCCCAGCATCACGCCATCGAAGGTTTCAAGGTGTGCCTGGCATTCGTCCAGGGTCTTGATCCCGCCGTTGAGCACGATCTCCAGGTCCGGGAAGTCCCTCTTCAACTGCGCTGCGATGTCATAGCGCAGCGGCGGAATCTCGCGGTTCTCTTTCGGCGACAGCCCTTCCAGAATCGCGATGCGTGCATGCACGGTAAAACTCCGG > NC_002947/2475601‑2475896 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |