Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,064,681 | G→C | 7.3% | S169S (TCG→TCC) ‡ | PP_2676 → | substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,064,681 | 0 | G | C | 7.3% | 171.0 / 4.8 | 55 | S169S (TCG→TCC) ‡ | PP_2676 | substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base C (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
ACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCATG > NC_002947/3064536‑3064828 | aCCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTgg > 2:966389/1‑150 (MQ=255) ccTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGc > 1:453326/1‑150 (MQ=255) tgatgaTGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCa > 1:698391/1‑150 (MQ=255) tgatgaTGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAAAGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCa > 1:61498/1‑150 (MQ=255) gatgatGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAg > 1:363704/1‑150 (MQ=255) tgatgCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAgtg < 1:1419325/150‑1 (MQ=255) tgCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTcg < 1:1057666/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgtcgacgg < 2:698391/150‑7 (MQ=255) gCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCCCTGTAGCGGTagt > 2:507440/1‑148 (MQ=255) cTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTcc > 1:233859/1‑150 (MQ=255) aTCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCACCGACCTGGAGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGTTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGTGTTGGATGGTGGTCTACGATCGTGGTGGTGTGGCCTCGGTTGTCGTTGTCGCGGGATTCCagcagc < 2:16564/150‑1 (MQ=255) tCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAgcagca > 2:1579813/1‑150 (MQ=255) gcgcCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATc < 2:845195/150‑1 (MQ=255) ccTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTa < 1:1579813/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCca > 1:212180/1‑134 (MQ=255) gcgcAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCca < 2:212180/134‑1 (MQ=255) gcAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCca < 1:153361/132‑1 (MQ=255) gcAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCca > 2:153361/1‑132 (MQ=255) gcAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgtcgac < 2:653583/122‑5 (MQ=255) gcAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgtcgac > 1:653583/1‑118 (MQ=255) gcAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTgg > 1:590248/1‑150 (MQ=255) aCGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACa > 1:1114908/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCgg < 1:520156/134‑1 (MQ=255) gAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCgg > 2:520156/1‑134 (MQ=255) gCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGt > 2:478792/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTg < 1:278640/150‑1 (MQ=255) cTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTGGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTg < 2:488303/150‑1 (MQ=255) cTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTc > 1:1290556/1‑150 (MQ=255) ggtggtGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGgt < 1:507440/150‑1 (MQ=255) aTGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATcc < 2:611617/95‑1 (MQ=255) aTGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATcc < 2:611533/95‑1 (MQ=255) aTGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATcc > 1:611617/1‑95 (MQ=255) aTGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATcc > 1:611533/1‑95 (MQ=255) tGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACg < 2:453326/150‑1 (MQ=255) agcagGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGTCATGCTCAGCGCCa > 1:160508/1‑150 (MQ=255) cagGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACa < 1:163575/97‑1 (MQ=255) cagGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACa > 2:163575/1‑97 (MQ=255) agGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCCTCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGa < 2:748424/150‑1 (MQ=255) agGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGa < 1:966389/150‑1 (MQ=255) gAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGAcc < 2:1114908/150‑1 (MQ=255) cGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATGGTATGGGGGATGCGTCGGAGTGTTTGCCGTCGGTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCGAGGACccac > 1:529882/1‑150 (MQ=255) ggTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGCCGTTCTACCCGACTTCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCATGACCCACCATTGccc < 2:61498/150‑1 (MQ=255) gCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACACCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGc > 1:94197/1‑150 (MQ=255) ccTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGc < 1:1536110/80‑1 (MQ=255) ccTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGc > 2:1536110/1‑80 (MQ=255) cTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCg < 2:342183/103‑1 (MQ=255) cTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCg > 1:342183/1‑103 (MQ=255) tACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTg > 1:1459135/1‑150 (MQ=255) tACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTg > 1:1232344/1‑150 (MQ=255) cGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTgca < 2:1459135/150‑1 (MQ=255) cGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAgg < 1:1123107/148‑1 (MQ=255) cGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAgg > 2:1123107/1‑148 (MQ=255) tGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTg > 2:442055/1‑150 (MQ=255) ccTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCa < 2:363704/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCATg > 1:593466/1‑150 (MQ=255) | ACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATCGCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTTCTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCATG > NC_002947/3064536‑3064828 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |