Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,187,643 | C→A | 7.7% | R406R (CGG→AGG) | actP‑II → | acetate permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,187,643 | 0 | C | A | 7.7% | 167.8 / 2.8 | 52 | R406R (CGG→AGG) | actP‑II | acetate permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/25); new base A (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 |
CCTGCTGCTGGGTTTCTTGTCTGCAGTGACCTTCGCCACCATCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCTTTGGTATTGCCGCTTCGGCCAACTTCCCGGTGCTGTTCCTGT > NC_002947/3187495‑3187784 | ccTGCTGCTGGGTTTCTTGTCTGCAGTGACCTTCGCCACCATCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCg > 2:788583/1‑150 (MQ=255) ctgctgctgGGTTTCTTGTCTGCAGTGACCTTCGCCACCATCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCgg < 2:129756/150‑1 (MQ=255) tgctgctgGGTTTCTTGTCTGCAGTGACCTTCGCCACCATCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCggg < 2:354880/150‑1 (MQ=255) 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1:1294513/117‑1 (MQ=255) aTCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGcc < 1:304770/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCg > 1:482777/1‑109 (MQ=255) tCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCg < 2:482777/109‑1 (MQ=255) tCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTgg > 2:931174/1‑139 (MQ=255) tCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTgg < 1:931174/139‑1 (MQ=255) tgtgGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCtt < 2:787188/150‑1 (MQ=255) 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aTG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGACGTAGATGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCTTTg < 1:1319607/150‑1 (MQ=255) gggT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGGGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGACATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCTTTGGTATTg > 1:543736/1‑150 (MQ=255) aTCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCttt < 1:1486533/138‑1 (MQ=255) aTCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCttt > 2:1486533/1‑138 (MQ=255) cATGAAGGGCGCGGCCAGCGCGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCTTTGGTATTGCCGCTTc < 2:165451/150‑1 (MQ=255) aTGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTg < 2:230840/39‑1 (MQ=255) aTGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTg > 1:230840/1‑39 (MQ=255) gAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCTTTGGTATTGCCGCTTCGGc < 2:867344/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGc > 2:387902/1‑110 (MQ=255) gcgcAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGc < 1:387902/110‑1 (MQ=255) aGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCTTTGGTATTGCCGCTTCGGCCAACTTCCCGGTGCTGTTCCTGt < 2:1556996/150‑1 (MQ=255) | CCTGCTGCTGGGTTTCTTGTCTGCAGTGACCTTCGCCACCATCCTGGCTGTGGTTTCAGGCCTGGCTCTGGCCGGGGCGTCCGCCATCGCCCATGACCTGTATG‑CGCGGGT‑GATCATGAAGGGCGCGGCCAGCGAGGCGCAGGAGCTGCGGGTGACCAAGTTGGCTACCCTGAGCCTTGGGTTGGTGGCCATAGCCTTGGGCATCCTGTTCGAAAATATCAACGTGGCTTTCATGGTTGCGCTGGCCTTTGGTATTGCCGCTTCGGCCAACTTCCCGGTGCTGTTCCTGT > NC_002947/3187495‑3187784 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |