| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,305,159 | C→A | 7.2% | R352L (CGC→CTC) | PP_2906 ← | sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,305,159 | 0 | C | A | 7.2% | 204.5 / 2.5 | 65 | R352L (CGC→CTC) | PP_2906 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/32); new base A (2/3); total (30/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTTCGGGAATACCAGGCCCGCTATCCTCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGCTGGATGAAGCCCGCGCGGCGCTGGCGGT > NC_002947/3305011‑3305306 | tgctgcGGGAATACCAGGGCCGCTGTCCGCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCGGCTGCGGCAAGGCCTCGAACAGCAGTTcgcg < 1:1276844/150‑1 (MQ=255)tGCTTCGGGAATACCAGGCCCGCTATCCTCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTcgcg < 2:846164/150‑1 (MQ=255) ggAATACCAGGCCCGCTATCCTCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTCCCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCg > 1:760412/1‑150 (MQ=255) gcatagaaGGACCGCTCTCCTAGCTCGCTATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGt < 2:760412/143‑1 (MQ=255) cAGGCCCGCTATCCTCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACg > 1:50544/1‑150 (MQ=255) cAGGCCCGCTATCCTCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACg > 1:214874/1‑150 (MQ=255) aGGCCCGCTATCCTCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACTGCTGTTCGAggc < 2:1449031/137‑2 (MQ=255) aGGCCCGCTATCCTCGATCGCCATGTATACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGc > 1:808714/1‑150 (MQ=255) tATCCTCGCTCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCt < 1:63865/150‑1 (MQ=255) tCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTTGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCa > 1:134951/1‑150 (MQ=255) tCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACTGCTGTTCGAggccttgg < 1:45217/129‑7 (MQ=255) tCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACACTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACTGCTGTTCGAggccttgg > 2:45217/1‑123 (MQ=255) gATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAgg > 2:302838/1‑150 (MQ=255) cGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTg < 2:243035/150‑1 (MQ=255) ccATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGt > 1:842250/1‑150 (MQ=255) ccATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCCGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCCGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGt < 2:336396/150‑1 (MQ=255) cATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTg > 1:1154392/1‑150 (MQ=255) gtatACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCaa < 2:808714/147‑1 (MQ=255) tgtACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCCCCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGCAACGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAAt < 1:1275342/150‑1 (MQ=255) tACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTg > 1:826927/1‑150 (MQ=255) gccgcTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAg > 2:345341/1‑150 (MQ=255) gccgcTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGAGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAg > 2:1625098/1‑150 (MQ=255) tGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGaa < 1:791222/150‑1 (MQ=255) cATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTTGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATgc < 2:134951/150‑1 (MQ=255) cTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTg > 1:511927/1‑129 (MQ=255) cTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTg < 2:511927/129‑1 (MQ=255) gCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGtt < 2:129725/138‑1 (MQ=255) gCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGtt > 1:129725/1‑138 (MQ=255) cGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCgg < 2:394356/150‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCgg < 1:1144521/85‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCgg > 2:1144521/1‑85 (MQ=255) ggTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGc < 1:1387240/99‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGc > 2:1387240/1‑99 (MQ=255) gATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCaa < 1:1003148/150‑1 (MQ=255) gcgcACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATgg > 1:495847/1‑150 (MQ=255) gcACCCGACCACTCTCGTGCGTGAACTTGATCGCTTTACCCACAAGATTTGCCAAGTCCTCGTACAGCAGTCCGCGGTCGCCGTGCCATGGCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTGCTTTGCCGCCAGCCTCGGCCAATGGCa < 2:605222/150‑1 (MQ=255) 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cccTCGGGCGTGAGCTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCa < 2:598791/150‑1 (MQ=255) ccTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCAt > 2:1161951/1‑150 (MQ=255) cTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGCATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATg < 2:842250/150‑1 (MQ=255) cTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAg < 2:1047976/141‑1 (MQ=255) cTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAg > 1:1047976/1‑141 (MQ=255) tCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCt > 1:988688/1‑150 (MQ=255) cccACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGtt < 2:963704/130‑1 (MQ=255) cccACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGtt > 1:963704/1‑130 (MQ=255) caccaGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAg < 2:389920/126‑1 (MQ=255) caccaGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAg > 1:389920/1‑126 (MQ=255) caccaGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTc > 2:261864/1‑150 (MQ=255) accaGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGtt < 2:470455/67‑1 (MQ=255) accaGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGtt > 1:470455/1‑67 (MQ=255) accaGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCgg < 2:840965/146‑1 (MQ=255) accaGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCgg > 1:840965/1‑146 (MQ=255) aGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGAGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGc < 1:1625098/150‑1 (MQ=255) gATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGCt < 1:345341/150‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCTGGTCAAGCTGGa < 1:1161951/150‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGCTGGa < 2:214874/150‑1 (MQ=255) cAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCAt < 1:884166/110‑1 (MQ=255) cAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCAt > 2:884166/1‑110 (MQ=255) aaGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAATTCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGCTGGATGAAg < 1:1164646/150‑1 (MQ=255) gAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGCTGGATGAAGCCcgcgcg < 1:942218/150‑1 (MQ=255) gcagTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCAt < 1:619843/96‑1 (MQ=255) gcagTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCAt > 2:619843/1‑96 (MQ=255) ttCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCTCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGCTGGATGAAGCCCGCGCGGCGCTGGCg > 2:1581442/1‑150 (MQ=255) cgcgGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGCTGGATGAAGCCCGCGCGGCGCTGGCGGt < 2:1512495/150‑1 (MQ=255) | TGCTTCGGGAATACCAGGCCCGCTATCCTCGATCGCCATGTGTACGCCGCTGTCATCCTGCGTGGCGGTGATGCGCACCCGACCACCCTCGGGCGTGAACTTGATCGCGTTACCCACCAGATTCGCCAAGGCCTCGAACAGCAGTTCGCGGTCGCCGTGCAACGCCGGTAGCTGCGCAGGTTGGTGCAATTGCAGTTGAATGCCGCCATCCTCGGCCAATGGCAGGTAAAAATCATGCAGTTCTACCAGCAGCTCATGCGGGTCAAGCTGGATGAAGCCCGCGCGGCGCTGGCGGT > NC_002947/3305011‑3305306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |