| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,489,710 | A→C | 8.6% | L575R (CTG→CGG) | clpV ← | protein ClpV1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,489,710 | 0 | A | C | 8.6% | 162.8 / 6.9 | 59 | L575R (CTG→CGG) | clpV | protein ClpV1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/24); new base C (3/2); total (33/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
TCTTGCCGACGCCGCTGGGGCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCACGCGCGCCAGCTCGGCACGCAG > NC_002947/3489561‑3489858 | tCTTGCCGACGCCGCTGGGGCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCa > 1:524669/1‑150 (MQ=255) ttGCCGACGCCGCTGGGGCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAgg > 1:1249198/1‑150 (MQ=255) gCCGACGCCGCTGGGGCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGgcg < 1:625803/150‑1 (MQ=255) ccgcTGGGGCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACg < 2:248952/150‑1 (MQ=255) gcTGGGGCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGcttggt < 1:238699/150‑6 (MQ=255) gcTGGGGCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGt > 2:969478/1‑150 (MQ=255) ggCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGa < 2:223381/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATTCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGAt > 2:658861/1‑150 (MQ=255) agcagGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCa < 2:492045/150‑1 (MQ=255) gcagGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGACCGCCGACGCTGCACGGTATCGATTTCGTCAc > 1:413836/1‑150 (MQ=255) ggAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACgca > 1:423639/1‑150 (MQ=255) ccAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTg < 1:1298892/150‑1 (MQ=255) gTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGAt > 1:845503/1‑150 (MQ=255) ttCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCg < 1:46461/123‑1 (MQ=255) ttCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCg > 2:46461/1‑123 (MQ=255) gggTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCg > 1:1578793/1‑150 (MQ=255) gTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGt > 1:1469902/1‑150 (MQ=255) ttCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCa > 1:1314821/1‑150 (MQ=255) ccATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGc < 2:1370331/150‑1 (MQ=255) gcTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTc < 2:1184825/107‑1 (MQ=255) gcTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTc > 1:1184825/1‑107 (MQ=255) tCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACg < 2:1228058/91‑1 (MQ=255) tCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACg > 1:1228058/1‑91 (MQ=255) tCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGCGCCTGCCGGCCCTGcttg < 1:396983/91‑4 (MQ=255) tCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGCGCCTGCCGGCCCTGcttg < 2:1238767/91‑4 (MQ=255) tCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGCGCCTGCCGGCCCTGcttg > 2:396983/1‑88 (MQ=255) tCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGCGCCTGCCGGCCCTGcttg > 1:1238767/1‑88 (MQ=255) gggAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCt > 2:839392/1‑150 (MQ=255) ggAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTg > 1:571600/1‑150 (MQ=255) tCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGa < 1:263788/150‑1 (MQ=255) ttGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATg > 1:814300/1‑150 (MQ=255) gcTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGcgccgc > 1:354457/1‑150 (MQ=255) ttGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCGCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATgg > 2:844424/1‑142 (MQ=255) ttGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATgg < 1:844424/142‑1 (MQ=255) gCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTc > 2:1071585/1‑150 (MQ=255) gCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTc > 1:163709/1‑150 (MQ=255) cGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCGGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCggg > 2:1061775/1‑104 (MQ=255) cGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCggg < 1:1061775/104‑1 (MQ=255) cGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGa > 1:491709/1‑150 (MQ=255) aTCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGAcc < 1:1071585/150‑1 (MQ=255) aTGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGAt < 1:38198/69‑1 (MQ=255) aTGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGAt > 2:38198/1‑69 (MQ=255) cAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTg < 1:338615/150‑1 (MQ=255) gTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGt > 2:1415072/1‑131 (MQ=255) gTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGt < 1:1415072/131‑1 (MQ=255) gTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGc > 2:1497012/1‑98 (MQ=255) gTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGc < 1:1497012/98‑1 (MQ=255) gTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTgg > 2:570579/1‑150 (MQ=255) tCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCCGCGACCAGTGGc > 2:1274765/1‑150 (MQ=255) cgcgCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCa < 1:839392/150‑1 (MQ=255) aCCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGAt > 1:995685/1‑96 (MQ=255) aCCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGAt < 2:995685/96‑1 (MQ=255) aCCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCACgcgcgc > 1:684776/1‑150 (MQ=255) cAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCg > 2:1451145/1‑68 (MQ=255) cAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCg < 1:1451145/68‑1 (MQ=255) cAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCACGCGCGCCa < 2:568491/150‑1 (MQ=255) cAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCACGCGCGCCa > 1:345693/1‑150 (MQ=255) gggCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCACGCGCGCCAGCTCgg > 2:1274811/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCACGCGCGCCAGCTCGGCACGCa < 2:1578793/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCACGCGCGCCAGCTCGGCACGCAg < 2:1469902/150‑1 (MQ=255) | TCTTGCCGACGCCGCTGGGGCCGAGCAGCAGGAACACGCCAATCGGTTTGTTCGGGTCTTCCATGCGCGCTCGGGAAATCTTGATGCGCTTGCCGATCTCATGCAGGGCGTGGTCCTGGCCCAGCACGCGCTCACCAAGCAGGGCCGGCAGGCGCTGCACGGTATCGATTTCGTCACGCAGCATCTTGCCCAGCGGGATGCCGGTCCAGCCACTGATGACCTGGGCGATGGCGCCGCTGTCGACCAGCGCGTGGACCAGTGGCTGGTCGCCTTGCACGCGCGCCAGCTCGGCACGCAG > NC_002947/3489561‑3489858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |