Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,551,117 | C→T | 8.9% | Q76* (CAG→TAG) ‡ | PP_3135 → | glycosyl transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,551,117 | 0 | C | T | 8.9% | 123.7 / 3.1 | 45 | Q76* (CAG→TAG) ‡ | PP_3135 | glycosyl transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/18); new base T (2/2); total (25/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 |
AGCGGCTGGCCAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGC > NC_002947/3550986‑3551266 | agcgGCTGGCCAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCa > 2:1608424/1‑150 (MQ=255) cAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTa > 2:1367499/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCtt < 2:1245323/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCa > 2:536859/1‑116 (MQ=255) cTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCa < 1:536859/116‑1 (MQ=255) gACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAAt > 1:1339309/1‑150 (MQ=255) aCAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCAAGTGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGTGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATa > 1:860699/1‑150 (MQ=255) cTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTgg > 1:709839/1‑107 (MQ=255) cTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTgg < 2:709839/107‑1 (MQ=255) cTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGc > 2:27022/1‑150 (MQ=255) cgcgATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTc < 2:1614040/150‑1 (MQ=255) gATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGtt < 1:805568/150‑1 (MQ=255) tCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTgccgcc > 1:345401/1‑150 (MQ=255) tCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTgccgcc > 2:1317602/1‑150 (MQ=255) cAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCg > 1:1592368/1‑150 (MQ=255) aTGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑aa > 2:234184/1‑150 (MQ=255) ggCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACTGGTTGTTgg < 2:1201721/80‑1 (MQ=255) ggCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACTGGTTGTTgg > 1:1201721/1‑80 (MQ=255) cccAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑aaaaaa > 2:841015/1‑150 (MQ=255) gtgCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAgg > 1:1112014/1‑83 (MQ=255) gtgCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAgg < 2:1112014/83‑1 (MQ=255) ccccGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTa > 2:954857/1‑150 (MQ=255) cccGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACACCCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCACCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTAc > 1:1601914/1‑150 (MQ=255) gAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATg < 2:1131364/150‑1 (MQ=255) aCTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGa < 1:1224599/147‑1 (MQ=255) aCTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGa > 2:1224599/1‑147 (MQ=255) aCTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGc < 2:1339309/150‑1 (MQ=255) gctgctgAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCGGCCTCGCTGC‑AACCAGCGCTCGACTACATGGActcgca > 2:93474/1‑145 (MQ=255) aGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGAt > 2:54384/1‑90 (MQ=255) aGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGAt < 1:54384/90‑1 (MQ=255) aaacaaGCAGAACGTGGGTTTAGGCCGAGCCAACAACCAGTTATTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGCTGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGA‑AAAAAACGATCAACTACATGGACGCACACCAGGAGTg > 2:337758/2‑150 (MQ=255) acaaGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTgcg < 1:841015/150‑1 (MQ=255) aGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTgcggcg > 1:495918/1‑150 (MQ=255) gCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCTCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGt > 1:380544/1‑150 (MQ=255) aCGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTgg < 1:27022/150‑1 (MQ=255) tGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTgggg < 1:234184/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCt < 2:733584/93‑1 (MQ=255) tttCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCt > 1:733584/1‑93 (MQ=255) ccGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATCCCGATGACTTCGTTGCCATGGGTGGGCACC‑ATCAAATCCACTTCTACAGGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTCGTGGTGGTGccccgcca > 1:1427310/1‑146 (MQ=255) ccGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGa < 2:495918/150‑1 (MQ=255) gggCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTAAGTTGAGAATCCTTCCTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAgg < 1:604035/150‑1 (MQ=255) gcgCCAACAACTGGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACa > 2:1499642/3‑105 (MQ=255) gcgCCAACAACTGGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACa < 1:1499642/103‑1 (MQ=255) aacaacCAGTTGTTGGCGCAAATCCAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTcgc < 2:380544/150‑1 (MQ=255) acCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATg < 1:93474/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGt > 2:1604924/1‑129 (MQ=255) ccAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGt < 1:1604924/129‑1 (MQ=255) cAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGc > 2:1528778/1‑150 (MQ=255) | AGCGGCTGGCCAGTTACCTGGTGGTCGACAATGCCTCGCGCGATGACTCGGTGCAGCGCATGGCCCAGGTGTGCCCCGAGGCACTGCTGCTGAGCAACAAGCAGAACGTGGGTTTCGGCCGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGC‑AAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGC > NC_002947/3550986‑3551266 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |