| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,996,941 | G→T | 10.0% | P89H (CCT→CAT) | PP_3525 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,996,941 | 0 | G | T | 10.0% | 185.7 / 8.0 | 60 | P89H (CCT→CAT) | PP_3525 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/27); new base T (3/3); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
TGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGCGTGTCGGCACCAAGGCTGT > NC_002947/3996792‑3997085 | tgACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTTATCAGCGCAg < 2:1302830/150‑1 (MQ=255)tgACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAg < 1:642588/150‑1 (MQ=255) gCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATgc > 2:823143/1‑150 (MQ=255) aCGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATgcgc < 1:394756/150‑1 (MQ=255) ctgctgCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCATGCCTGCGCTGatc < 2:417850/150‑3 (MQ=255) cAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGc < 2:356303/150‑1 (MQ=255) aGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGcc > 2:696092/1‑150 (MQ=255) gCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCACATACCGGTCGAGCAGCA‑CCGGTTGGTGTGAATGGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGa > 1:199121/1‑150 (MQ=255) cAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGaa < 1:410402/150‑1 (MQ=255) cAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGaa < 1:700552/150‑1 (MQ=255) ttgactggCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAAt > 2:481737/8‑150 (MQ=255) aaCCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGCCTGGCCACTCGCCCATCGCGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCGTGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCCGGGCAGAGAGGCGCTGAATGTCGGCCACGAAt > 2:1614275/1‑150 (MQ=255) aCTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAg < 2:489656/150‑1 (MQ=255) cTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGcgcg > 1:1014406/1‑150 (MQ=255) ggCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTg > 1:1017636/1‑150 (MQ=255) cctcctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCtt > 2:613412/1‑150 (MQ=255) ctcctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTc > 2:1267272/1‑150 (MQ=255) ctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCat < 2:1124653/150‑2 (MQ=255) ctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAg > 2:96811/1‑150 (MQ=255) ctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAg < 1:481737/150‑1 (MQ=255) tGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCgg > 1:447633/1‑121 (MQ=255) tGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCgg < 2:447633/121‑1 (MQ=255) ccGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAg < 2:744394/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAg > 1:335046/1‑135 (MQ=255) gCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAg < 2:335046/135‑1 (MQ=255) cACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGc < 1:613412/150‑1 (MQ=255) cACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGc < 1:96811/150‑1 (MQ=255) aCTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGcc > 1:1387480/1‑150 (MQ=255) cATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTgccg > 2:12835/1‑150 (MQ=255) aCGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCtt < 1:696092/150‑1 (MQ=255) cGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTg < 1:735221/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGTGCGTGCTTCCAGGTAg < 1:1156548/119‑1 (MQ=255) ggTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGTGCGTGCTTCCAGGTAg > 2:1156548/1‑119 (MQ=255) ccGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCtt < 1:855929/144‑1 (MQ=255) ccGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCtt > 2:855929/1‑144 (MQ=255) ggTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGt < 1:1057035/150‑1 (MQ=255) gTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCg > 2:393688/1‑70 (MQ=255) gTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCg < 1:393688/70‑1 (MQ=255) gTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTc < 1:12835/150‑1 (MQ=255) gT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATc < 2:1017636/150‑1 (MQ=255) tCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATcgcgc < 2:1350359/150‑1 (MQ=255) gcgcATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCgcgcgc > 2:825215/1‑150 (MQ=255) ccGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGATTTCAGATAGCCCTTGGGCTGCTCGGACGAAGCCCCGGCAACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTa > 1:773322/1‑150 (MQ=255) gACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGGGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAAt > 2:145987/1‑150 (MQ=255) aCCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATc < 2:1525450/150‑1 (MQ=255) cgcgAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATa > 1:662189/1‑53 (MQ=255) cgcgAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATa < 2:662189/53‑1 (MQ=255) cgcgAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTg > 1:939075/1‑150 (MQ=255) gcgAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGTCACTGTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGc < 1:1614275/150‑1 (MQ=255) gcgAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGc > 2:1336398/1‑150 (MQ=255) gcgAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGc < 1:1459304/150‑1 (MQ=255) gAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGCgt > 2:1299318/1‑150 (MQ=255) cAGTTTGCTGATCAGGGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGCGTGTc < 2:454122/150‑1 (MQ=255) gTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCata < 1:153626/119‑1 (MQ=255) gTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCata > 2:153626/1‑119 (MQ=255) tGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGCGTGTCGGCACCaa > 1:1124764/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGCATGCCTGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCa > 1:841511/2‑109 (MQ=255) ttCAGCGCATGCCTGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCa < 2:841511/108‑1 (MQ=255) ttCAGCGCATGCCTGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGCGTGTCGGCACCAAgg > 1:1623972/2‑150 (MQ=255) tCAGCGCATGCCTGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATcg < 1:239131/113‑1 (MQ=255) tCAGCGCATGCCTGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATcg > 2:239131/1‑113 (MQ=255) gcgcAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGCGTGTCGGCACCAAGGCTGt > 1:542685/1‑150 (MQ=255) | TGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGT‑AATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTAGCCCTTGGGCTGCTCGGCCAGTGCCGCCTTGACCAGCTTGGCACCGTCCATATCGCGCGCCACCAGTAAAATCTGCGTGTCGGCACCAAGGCTGT > NC_002947/3996792‑3997085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |