| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,012,721 | C→T | 6.4% | C171C (TGC→TGT) | mvaB → | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,012,721 | 0 | C | T | 6.4% | 182.1 / 2.8 | 62 | C171C (TGC→TGT) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/30); new base T (2/2); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
CCATCATGGACGCTGCGCGCAGCCACGGCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTA > NC_002947/4012585‑4012867 | ccATCATGGACGCTGCGCGCAGCCACGGCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGc > 2:1033240/1‑150 (MQ=255) atcatGGACGCTGCGCGCAGCCACGGCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTg > 2:1569225/1‑150 (MQ=255) atGGACGCTGCGCGCAGCCACGGCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTTGGCCCTGTGGCTCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGt < 2:807812/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCAGCCACGGCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCAt > 2:1161306/1‑150 (MQ=255) tgcgcgtgcgcgGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTCCGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTCACACCATCGGCACCGGTACCGCAg < 2:1565775/150‑1 (MQ=255) gtgcgcgGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGTGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGac < 1:1569225/150‑1 (MQ=255) tgcgcgGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGaca < 2:474730/150‑1 (MQ=255) gTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCAGACg > 1:151130/1‑150 (MQ=255) tgtgTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCGGGCGACACCCGACGCCt > 1:21661/1‑150 (MQ=255) 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cccTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAggtg < 1:706575/139‑1 (MQ=255) cccTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAggcg > 2:706575/1‑137 (MQ=255) ccTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGTACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg > 1:1290046/1‑150 (MQ=255) ccTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg < 2:189724/150‑1 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGTTACGAGGTCTCGCTGGGTGa < 1:1218852/88‑1 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGTTACGAGGTCTCGCTGGGTGa > 2:1218905/1‑88 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGTTACGAGGTCTCGCTGGGTGa > 2:1218852/1‑88 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGTTACGAGGTCTCGCTGGGTGa < 1:1218905/88‑1 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATc > 2:92982/1‑95 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATc < 1:92982/95‑1 (MQ=255) ttACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGt > 1:1093393/1‑150 (MQ=255) tACGAGGGCACGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCAGCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTa < 2:86900/150‑1 (MQ=255) gAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcg > 2:744238/1‑150 (MQ=255) ggCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATc > 2:180762/1‑87 (MQ=255) ggCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATc < 1:180762/87‑1 (MQ=255) ggCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcgcgc < 2:1512145/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCgg < 1:1532496/89‑1 (MQ=255) gTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCgg > 2:1532496/1‑89 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCa < 1:754499/132‑1 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCa > 2:754499/1‑132 (MQ=255) 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(MQ=255) cccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGAc > 2:1349319/1‑89 (MQ=255) gTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCa > 1:10347/1‑125 (MQ=255) gTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCa < 2:10347/125‑1 (MQ=255) gCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCNGGGTGANACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTAc > 1:825996/1‑150 (MQ=255) cctgcgcTCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACAGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACg < 1:239032/147‑1 (MQ=255) ccGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACgg > 2:581773/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACgg > 1:484606/1‑150 (MQ=255) gcCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAg < 2:999967/150‑1 (MQ=255) ccTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTgg > 1:812540/1‑119 (MQ=255) ccTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTgg < 2:812540/119‑1 (MQ=255) ccTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGc > 1:1125602/1‑150 (MQ=255) gCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCtt < 2:636195/150‑1 (MQ=255) 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gctgctACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCt > 2:1091403/1‑150 (MQ=255) ctgctACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTa < 2:1093393/150‑1 (MQ=255) | CCATCATGGACGCTGCGCGCAGCCACGGCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTA > NC_002947/4012585‑4012867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |