| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,033,158 | C→A | 6.8% | A251E (GCA→GAA) | PP_3555 → | transmembrane sensor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,033,158 | 0 | C | A | 6.8% | 186.3 / 2.6 | 59 | A251E (GCA→GAA) | PP_3555 | transmembrane sensor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/29); new base A (2/2); total (28/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
GAAGGTCACCCTGGTGGAAGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTGG > NC_002947/4033009‑4033307 | gAAGGTCACCCTGGTGGAAGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGc > 1:972880/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGGAAGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAg > 1:638048/1‑150 (MQ=255) tggtggAAGGTTCAGTGCTGGTGTTCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCg < 2:1581427/150‑1 (MQ=255) tggtggAAGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCg > 2:768874/1‑150 (MQ=255) ggAAGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCaa < 2:128861/150‑1 (MQ=255) gAAGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGTGCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAg > 2:1221590/1‑150 (MQ=255) gAAGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAg > 1:1582136/1‑150 (MQ=255) aaGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGTGCCCCGAGACGATGAGGGCAACAGCTTGGCATGGCGCAGCGGCAAGc > 1:1184714/1‑150 (MQ=255) aaGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAACGCAGCCACCAGGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGc > 2:544182/1‑150 (MQ=255) aaGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGc < 2:972880/150‑1 (MQ=255) aGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCt < 1:768874/150‑1 (MQ=255) gTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTgg > 1:1388261/1‑150 (MQ=255) ttCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGt < 2:704777/150‑1 (MQ=255) aGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGTCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCt < 2:109049/150‑1 (MQ=255) tgtCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAAcc < 2:1582136/150‑1 (MQ=255) tGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGgc < 1:326160/150‑1 (MQ=255) tGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGgc < 2:1150690/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCt > 1:128207/1‑150 (MQ=255) gCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCCAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCgg < 1:516869/150‑1 (MQ=255) tACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTg > 2:91391/1‑150 (MQ=255) aCCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGTCGGTGa < 1:1221590/150‑1 (MQ=255) aCCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGt < 2:1375880/148‑1 (MQ=255) aCCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGt > 1:1375880/1‑148 (MQ=255) tGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCg < 1:1421978/150‑1 (MQ=255) gCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCt > 1:945929/1‑150 (MQ=255) ccTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGc > 2:160239/1‑97 (MQ=255) ccTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGc < 1:160239/97‑1 (MQ=255) aTGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGAATGGCGCAGCGGCAAg > 1:19058/1‑90 (MQ=255) aTGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGAATGGCGCAGCGGCAAg > 1:18912/1‑90 (MQ=255) aTGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGAATGGCGCAGCGGCAAg < 2:18912/90‑1 (MQ=255) aTGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGAATGGCGCAGCGGCAAg < 2:19058/90‑1 (MQ=255) tGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCg > 2:238526/1‑84 (MQ=255) tGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCg < 1:238526/84‑1 (MQ=255) aGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGt > 2:1125698/1‑127 (MQ=255) aGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGt < 1:1125698/127‑1 (MQ=255) aCCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTTAAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTAc < 1:820717/150‑1 (MQ=255) acaAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTgg > 1:977453/1‑150 (MQ=255) cGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGc < 1:91391/150‑1 (MQ=255) aCTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGATCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCa < 2:330296/150‑1 (MQ=255) aGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCgc < 2:1337511/126‑1 (MQ=255) aGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCgc > 1:1337511/1‑126 (MQ=255) ccGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGa > 2:649054/1‑83 (MQ=255) ccGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGa < 1:649054/83‑1 (MQ=255) gCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCGTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGCCGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCg > 2:510731/1‑150 (MQ=255) gCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCg > 2:719976/1‑150 (MQ=255) tGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTc < 2:1205341/150‑1 (MQ=255) ggAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCAATTGCGATAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCg < 1:1179685/150‑1 (MQ=255) gCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCAt > 1:474457/1‑150 (MQ=255) gCAAAGCGACGACTATGGCAAAAGTTTAGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCAt > 1:1455629/1‑150 (MQ=255) aaaGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGgc < 2:1382670/76‑1 (MQ=255) aaaGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGgc > 1:1382670/1‑76 (MQ=255) aaaGCGAAGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCGGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCa < 2:196483/150‑1 (MQ=255) aaGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAg < 2:128207/150‑1 (MQ=255) aGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGc > 2:445830/1‑150 (MQ=255) cgacTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCAt < 2:977453/150‑1 (MQ=255) cTATGGCAACAGCTTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTa < 2:1184714/150‑1 (MQ=255) cAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAacac > 2:180331/1‑150 (MQ=255) cAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAacac > 1:678396/1‑150 (MQ=255) aGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCgg < 2:466793/150‑1 (MQ=255) ccTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACACCACCCgaga > 2:700522/1‑150 (MQ=255) cATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTgg < 1:180331/150‑1 (MQ=255) | GAAGGTCACCCTGGTGGAAGGTTCAGTGCTGGTGTCCAGTGAGGGCAGTGCCGGTGGCTACCGCCTTGGCCCTGGCATGCAGGCCAGCTACCACAAGGGCGACTTCGAGCCGCAGCTGGAGCAAAGCGACGACTATGGCAACAGCCTGGCATGGCGCAGCGGCAAGCTGGTGCTCGACAACCTGAGCCTGGAACAGGCGCTGCCGGTGATCAACCGCTACCTCGACGCCCCGCTGCTACTGGCCGATGCCAGCACCGGCCGCATTCGCATCAGCGGCATCTACAACACCCGGGAAGTGG > NC_002947/4033009‑4033307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |