| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,110,085 | C→G | 6.4% | N621K (AAC→AAG) | PP_3616 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,110,085 | 0 | C | G | 6.4% | 179.5 / 4.6 | 62 | N621K (AAC→AAG) | PP_3616 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/33); new base G (2/2); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
TTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATACACCCTGGGGTTCGCTTCATCTGTGTTCGG > NC_002947/4109943‑4110234 | ttACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTg < 1:1464283/150‑1 (MQ=32) cGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCAGCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGt < 2:889690/150‑1 (MQ=17) aCCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCa > 2:716503/1‑150 (MQ=31) 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aTCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTacaac > 1:1040016/1‑150 (MQ=32) tctcGGATAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTacaaca > 2:602404/1‑150 (MQ=17) ggTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCgg < 1:284784/100‑1 (MQ=34) ggTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCgg > 2:284784/1‑100 (MQ=34) gCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCagaaga > 1:1268128/1‑150 (MQ=35) gCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCagaaga < 2:1040016/150‑1 (MQ=35) 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caccgccggaggtgagtAACCCAAGGAAGTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGc > 2:1455195‑M1/18‑122 (MQ=255) accgccggaggtgagtAACCCAAGGAAGTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGa > 2:1609045‑M1/17‑103 (MQ=255) accgccggaggtgagtAACCCAAGGAAGTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGa < 1:1609045‑M1/87‑1 (MQ=255) accacTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATACACCCTg > 2:1577703/1‑150 (MQ=35) gcgTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATACACCCTGGGGTTCGc > 1:1386341/1‑150 (MQ=35) gTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATACACCCTGGGGTTCGCtt > 1:1058588/1‑150 (MQ=35) 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cTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCTTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATACACCCTGGGGTTCGCTTCATCTGTGTTCgg < 1:34593/150‑1 (MQ=38) | TTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATACACCCTGGGGTTCGCTTCATCTGTGTTCGG > NC_002947/4109943‑4110234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |