Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,141,212 | T→A | 7.7% | L44Q (CTG→CAG) | PP_3645 → | L‑proline amide hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,141,212 | 0 | T | A | 7.7% | 152.8 / 5.4 | 53 | L44Q (CTG→CAG) | PP_3645 | L‑proline amide hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/21); new base A (2/2); total (30/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 |
CCTTCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCG > NC_002947/4141063‑4141358 | ccTTCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTtggcct < 1:1461431/150‑1 (MQ=255) cTTCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTtggcctg < 1:1333269/150‑1 (MQ=255) aaGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCa < 2:487840/150‑1 (MQ=255) ggAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGACACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTCGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAAc > 2:424759/1‑150 (MQ=255) cTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAAAAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACcg > 1:1015672/1‑150 (MQ=255) tCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTTGCCGGGCCAAAGACTACcgc > 2:379072/1‑150 (MQ=255) tCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACcgc > 1:324865/1‑150 (MQ=255) tCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACcgc > 1:1159326/1‑150 (MQ=255) tCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACcgc < 1:944260/150‑1 (MQ=255) tCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCATGCCAACGaact > 2:1443270/1‑143 (MQ=255) tCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCATGCCAACGaact < 1:1443270/146‑4 (MQ=255) cAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGcc < 1:231010/150‑1 (MQ=255) gCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATg > 1:345977/1‑150 (MQ=255) cccTGACGGCACCAGCTAGCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGAAGTAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACgg < 1:101038/149‑1 (MQ=255) acCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACgg < 2:1023095/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACgg > 1:892848/1‑148 (MQ=255) cTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACgg < 2:892848/148‑1 (MQ=255) ccAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCcgcg > 1:187932/1‑150 (MQ=255) cAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAAc < 2:812955/100‑1 (MQ=255) cAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAAc > 1:812955/1‑100 (MQ=255) cTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGc < 1:1201491/114‑1 (MQ=255) cTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGc > 2:1201491/1‑114 (MQ=255) tATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAG‑TCGTTGGCCAGGCCAACGaact < 1:276503/100‑4 (MQ=255) tATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAG‑TCGTTGGCCAGGCCAACGaact > 2:276503/1‑97 (MQ=255) aTCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGACCCAGGCAATGTGGGGCGGGCAAAACGTTGTCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCgg > 1:609322/1‑150 (MQ=255) tGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCAGGGCGTGGGCCTGAACAACGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGCCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGgccg > 1:1330174/1‑150 (MQ=255) tGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAACGCCGCCTACCGGCCGCCGa > 2:208161/1‑150 (MQ=255) gTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGac > 1:1222680/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAAc < 1:110691/82‑1 (MQ=255) ccAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAAc > 2:110691/1‑82 (MQ=255) aGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGc > 2:1590703/1‑150 (MQ=255) ggCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTg > 2:309759/1‑150 (MQ=255) aaCCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCaaa < 1:300173/117‑1 (MQ=255) aaCCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCaaa > 2:300173/1‑117 (MQ=255) cccGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGc > 2:584364/1‑150 (MQ=255) gtggtgCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTAt > 1:1178776/1‑150 (MQ=255) cTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGAc < 2:1159326/150‑1 (MQ=255) tGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCAACCGTCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGAcc > 2:543281/1‑150 (MQ=255) aTCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCg > 1:1641344/1‑145 (MQ=255) aTCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCg < 2:1641344/145‑1 (MQ=255) aTCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAg > 2:311889/1‑150 (MQ=255) gCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCg < 1:309759/150‑1 (MQ=255) cTGAACAAGGAACTGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCATACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACCCCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CCCGCCGAACTGCtt < 2:1330174/150‑1 (MQ=255) gAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGa < 1:584364/150‑1 (MQ=255) cAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGacca > 2:436082/1‑150 (MQ=255) aaGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGaccac < 1:706002/150‑1 (MQ=255) gtgGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAAt < 2:609322/150‑1 (MQ=255) tgGGGCTGTCAGTTCGTTGGCCTTGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAAtt < 1:337121/150‑1 (MQ=255) ggTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACaa < 1:543281/150‑1 (MQ=255) ggTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACaa < 1:356409/150‑1 (MQ=255) aGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCa > 1:104432/1‑150 (MQ=255) gTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCAc > 1:1223893/1‑150 (MQ=255) ttCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGATATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCgg < 2:1346018/73‑1 (MQ=255) ttCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGATATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCgg > 1:1346018/1‑73 (MQ=255) ttGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGACCTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGtca > 2:372085/1‑148 (MQ=255) ggcctggccAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGCAAAACCGCTGGAAGGCTCTG‑CGACCANTGGNACCGAACTGCTTGGCNACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATc < 1:1104286/150‑1 (MQ=255) gcctggccAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCTACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCg > 1:933780/1‑150 (MQ=255) gcctggccAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCg > 1:538485/1‑150 (MQ=255) ctggccAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑c > 2:505521/1‑100 (MQ=255) ctggccAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑c < 1:505521/100‑1 (MQ=255) | CCTTCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACGACTACCGCGTCATCGCCTACGACATGCTCGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAG‑CTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCG > NC_002947/4141063‑4141358 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |