Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,158,373 | G→T | 9.1% | L113L (CTG→CTT) | PP_3661 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,158,373 | 0 | G | T | 9.1% | 133.6 / 4.0 | 44 | L113L (CTG→CTT) | PP_3661 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/23); new base T (2/2); total (19/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 |
CTGCGTGACGGCGTACCGGCAAGCTGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGG > NC_002947/4158224‑4158506 | cTGCGTGACGGCGTACCGGCAAGATGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACCGATGGCGGGGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTg < 1:1264074/150‑1 (MQ=255) gCGTGACGGCGTACCGGCAAGCTGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGt < 1:395106/150‑1 (MQ=255) cGTGACGGCGTACCGGCAAGCTGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTa < 1:973210/150‑1 (MQ=255) cGTGACGGCGTACCGGCAAGCTGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTa < 2:797463/150‑1 (MQ=255) cGGCGTACCGGCAAGCTGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCAc < 1:1086869/150‑1 (MQ=255) aaGCTGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCccgct > 1:1509174/1‑150 (MQ=255) tGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATc > 1:559918/1‑150 (MQ=255) aggcaTCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCtgtg < 2:934061/150‑1 (MQ=255) tCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCtgtggtgtg < 1:410404/150‑1 (MQ=255) tttttCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCAt < 1:990745/150‑1 (MQ=255) tCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGaaa > 1:956697/1‑150 (MQ=255) cTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAgtgt < 1:1102658/150‑1 (MQ=255) cTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAgtgt < 1:76189/150‑1 (MQ=255) cgcgGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTc < 2:559918/150‑1 (MQ=255) gCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCt < 1:1384864/124‑1 (MQ=255) gCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCt > 2:1384864/1‑124 (MQ=255) gTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGa > 2:335141/1‑150 (MQ=255) ttACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGc > 2:446143/1‑129 (MQ=255) ttACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGc < 1:446143/129‑1 (MQ=255) ttACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGAc > 2:489939/1‑150 (MQ=255) cGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACcgc < 2:956697/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCCGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGAccgccgc < 2:1509174/150‑1 (MQ=255) cTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGAccgccgcc < 1:222659/150‑1 (MQ=255) gggTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCa < 1:188925/150‑1 (MQ=255) gTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAgc > 1:53718/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCCTATCATCTCCATGTGGGAAGTCTGCACTACCCGGCCTGGCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATc > 1:850384/1‑150 (MQ=255) ggAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTgcgg < 1:335141/150‑1 (MQ=255) gAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCtgtggt > 1:884805/1‑79 (MQ=255) gAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCtgtggt < 2:884805/79‑1 (MQ=255) gAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTgcggc > 1:1371727/1‑150 (MQ=255) ttGCCAAAGTCGGATGGTCGGGGCTTAACGGGTCATTGCTGGTAGACACCTTTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGcgccg > 2:61065/1‑150 (MQ=255) ccGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGaaa < 1:1401360/83‑1 (MQ=255) ccGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGaaa > 2:1401360/1‑83 (MQ=255) ggTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCAt < 1:489939/150‑1 (MQ=255) ggCTTATCGTGTCGGTGCTTGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCt < 2:1479205/97‑1 (MQ=255) ggCTTATCGTGTCGGTGCTTGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCt > 1:1479205/1‑97 (MQ=255) ggCTTATCGTGTCGGTGCTTGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCt > 1:1479551/1‑97 (MQ=255) ggCTTATCGTGTCGGTGCTTGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCt < 2:1479551/97‑1 (MQ=255) ggCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAAt > 2:1106588/1‑150 (MQ=255) gCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATc < 1:328525/150‑1 (MQ=255) ttATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCgg > 2:1313987/1‑150 (MQ=255) aTCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCt < 2:1070797/44‑1 (MQ=255) aTCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCt > 1:1070797/1‑44 (MQ=255) tGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTg > 2:1442727/1‑77 (MQ=255) tGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTg < 1:1442727/77‑1 (MQ=255) | CTGCGTGACGGCGTACCGGCAAGCTGGGCGGCAGGCATCAATTTTTCCGCTCGCGGCCTGTTACGCATTGCTGTGGCATTTTTTGGCCTGCGGGTAAGCCTGCAGGAAATTGCCGAAGTCGGCTGGTCGGGGCTTATCGTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGG > NC_002947/4158224‑4158506 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |