| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,214,436 | C→A | 10.5% | G187V (GGG→GTG) | PP_3696 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,214,436 | 0 | C | A | 10.5% | 142.3 / 4.1 | 47 | G187V (GGG→GTG) | PP_3696 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/22); new base A (2/3); total (22/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
TGAGGATCTCAACAAGGCTCTTCAGGGCTCGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTT > NC_002947/4214287‑4214585 | tGAGGATCTCAACAAGGCTCTTCAGGGCTCGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTcc < 1:51510/150‑1 (MQ=255) gAGGATCTCAACAAGGCTCTTCAGGGCTCGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTccc < 2:994251/150‑1 (MQ=255) tctcAACAAGGCTCTTCAGGGCTCGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACAAAGCGCAGATACTTCCCTGACt > 1:102492/1‑150 (MQ=255) ctcAACAAGGCTCTTCAGGGCTCGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTg > 1:1539528/1‑150 (MQ=255) gCTCTTCAGGGCTCGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGAc > 1:1134749/1‑150 (MQ=255) gCTCGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAAc > 1:1044238/1‑150 (MQ=255) gggTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACgtg < 2:1240346/149‑1 (MQ=255) cGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACgtg < 2:1044238/150‑1 (MQ=255) tttCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACccgcc > 1:1156607/1‑132 (MQ=255) tttCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACccgcc < 2:1156607/132‑1 (MQ=255) gCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGgtc < 2:980887/147‑1 (MQ=255) gCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGgtc > 1:980887/1‑147 (MQ=255) aaCGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGGCCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAAt > 2:1264600/1‑150 (MQ=255) aCGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAgg < 1:1310702/141‑1 (MQ=255) aCGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAgg > 2:1310702/1‑141 (MQ=255) gtcTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTc > 2:1153252/1‑150 (MQ=255) cGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCTGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGc < 2:1134749/150‑1 (MQ=255) aGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGGCTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGt < 2:552398/150‑1 (MQ=255) ccGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTa < 2:1539528/150‑1 (MQ=255) aTGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACct > 1:1157275/1‑150 (MQ=255) aTGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACct < 2:1157275/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGa < 1:792335/150‑1 (MQ=255) cTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTa < 1:729501/150‑1 (MQ=255) agcagcCTGCAGAGGACGAAGGATGTCTTCCTCTACCTCCCCAATTACCAAGCGACGTTTGGT‑ATTGCCTGCGGAGTTGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCt < 1:1264600/150‑1 (MQ=255) tGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCt < 2:688307/60‑1 (MQ=255) tGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCt > 1:688307/1‑60 (MQ=255) gCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCt > 1:5729/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGaca < 2:102492/150‑1 (MQ=255) aGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATc < 1:1534338/122‑1 (MQ=255) aGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATc > 2:1534338/1‑122 (MQ=255) aGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCACTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACgt > 1:904818/1‑74 (MQ=255) aGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCACTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACgt > 1:904540/1‑74 (MQ=255) aGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCACTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACgt < 2:904540/74‑1 (MQ=255) aGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCACTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACgt < 2:904818/74‑1 (MQ=255) ttGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTg > 2:73803/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAg < 1:1153252/150‑1 (MQ=255) gTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAg > 2:515527/1‑150 (MQ=255) ttACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGt < 2:5729/150‑1 (MQ=255) aCCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTc < 2:616007/67‑1 (MQ=255) aCCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTc > 1:616007/1‑67 (MQ=255) ccAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGc < 2:1288681/110‑1 (MQ=255) ccAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGc > 1:1288681/1‑110 (MQ=255) cAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAg < 2:886402/150‑1 (MQ=255) aaGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGAt > 2:1615297/1‑95 (MQ=255) aaGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGAt < 1:1615297/95‑1 (MQ=255) gcgcAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGa < 2:643561/109‑1 (MQ=255) gcgcAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGa > 1:643561/1‑109 (MQ=255) cAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGa < 1:981945/143‑1 (MQ=255) cAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGa > 2:981945/1‑143 (MQ=255) ccTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCttt < 1:515527/150‑1 (MQ=255) | TGAGGATCTCAACAAGGCTCTTCAGGGCTCGGTAATGGGTTTCGCCAACGTCGTCTGAGAAGCGAGCCGATGTAAGCTTGCGCTGAGCAGCCTGCAGAGCACGCAGGCTGTCATGCACGACCTTGCCAGTTACCAAGCGCAGATACTTCCCTGACTG‑GAATTCGACCCGCCGCAACGTGGTGTTCAGGTCGTCAATTCGCTCCTGGATCTGCGTTACCTCTTGATCGATGTAGCTCAACAGCTGAGTGACACCGTCGTCAGAGGATCGGTTGAGGTAGTTGAGGAACCTCTCCACCTTT > NC_002947/4214287‑4214585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |