| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,260,670 | C→G | 8.0% | R712R (CGG→CGC) | PP_3734 ← | ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,260,670 | 0 | C | G | 8.0% | 235.2 / 10.3 | 75 | R712R (CGG→CGC) | PP_3734 | ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/31); new base G (4/2); total (42/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 | |||||||||||
GACCAGGCACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGC > NC_002947/4260526‑4260818 | gACCAGGCACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCgcgc < 2:274535/150‑1 (MQ=255) aggcaccaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCGGTGCCGACATCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑gg > 2:386581/1‑150 (MQ=255) gcaccaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGcc > 1:397617/1‑150 (MQ=255) caggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAATCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCCAAGCGGTGCCAACCGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAgg < 1:793818/150‑1 (MQ=255) caggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAgg < 2:211386/150‑1 (MQ=255) aggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAggg > 2:1206015/1‑150 (MQ=255) gcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTc > 2:202629/1‑150 (MQ=255) cAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTcag > 1:1094540/1‑150 (MQ=255) 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1:800698/124‑1 (MQ=255) gCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGaaca > 1:1594505/1‑150 (MQ=255) gCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGaaca > 1:1401656/1‑150 (MQ=255) aaTCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGc < 2:1401656/150‑1 (MQ=255) gCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCca > 1:245312/1‑148 (MQ=255) gCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCca < 2:245312/148‑1 (MQ=255) ccAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCacac > 1:393395/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGAACAGATGCATGCGCCGCACGCTCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGTCacac > 1:199230/1‑150 (MQ=255) gcagTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCgg < 2:772126/150‑1 (MQ=255) cGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGtgggt > 1:413930/1‑123 (MQ=255) cGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTtgat < 2:413930/127‑1 (MQ=255) gTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCa > 1:1398843/1‑150 (MQ=255) tGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCaa > 1:625081/1‑150 (MQ=255) tGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCaa > 1:625826/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGt > 1:1283059/1‑150 (MQ=255) gAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCt < 2:538328/150‑1 (MQ=255) cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 2:1495772/150‑1 (MQ=255) cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGAACAACCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt > 1:284214/1‑150 (MQ=255) aTGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTg > 1:1613812/1‑150 (MQ=255) tGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCACGGGTAAGGCTGTTga > 1:646115/1‑150 (MQ=255) aGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga < 2:1594505/150‑1 (MQ=255) gtCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACg > 1:432/1‑112 (MQ=255) gtCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACg < 2:432/112‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAg > 2:563003/1‑116 (MQ=255) gaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCg < 2:59438/150‑1 (MQ=255) accagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCgg < 1:660773/150‑1 (MQ=255) accagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCACACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCgg < 1:147188/150‑1 (MQ=255) gTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGa > 1:315223/1‑150 (MQ=255) 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ccccAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCa < 1:388928/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCg > 1:1293490/1‑150 (MQ=255) gTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGc > 1:143927/1‑67 (MQ=255) gTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGc < 2:143927/67‑1 (MQ=255) gCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTc < 2:1094540/150‑1 (MQ=255) cccACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTGAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGGGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTAAAGACGTCGCGCGACCAGCGTTTCa > 2:377053/1‑150 (MQ=255) ccACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTg < 1:49887/124‑1 (MQ=255) ccACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTg > 2:49887/1‑124 (MQ=255) acaGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga < 2:852929/95‑1 (MQ=255) acaGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga > 1:852929/1‑95 (MQ=255) tGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTg < 2:1398843/150‑1 (MQ=255) acccTGGGCCAGGCGCGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga < 2:1622994/82‑1 (MQ=37) acccTGGGCCAGGCGAGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga > 1:1622994/4‑85 (MQ=255) aaCTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGt < 2:1571765/109‑1 (MQ=255) aaCTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGAGGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGt > 1:1571765/1‑109 (MQ=255) ccTGGGCCAGGCGCGGCTGGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCg > 1:878895/2‑150 (MQ=255) ccTGGGCCAGGCGCGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt > 2:526869/2‑79 (MQ=37) ccTGGGCCAGGCGCGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 1:526869/78‑1 (MQ=37) ccTGGGCCAGGCGCGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGa > 2:1516328/2‑150 (MQ=255) aCTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGa > 1:185586/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCAccc < 1:1073340/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCAccc > 1:1424820/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGc > 1:1201008/1‑150 (MQ=255) | GACCAGGCACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGC > NC_002947/4260526‑4260818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |