| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,260,680 | C→G | 6.9% | G709A (GGC→GCC) | PP_3734 ← | ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,260,680 | 0 | C | G | 6.9% | 228.9 / 8.0 | 72 | G709A (GGC→GCC) | PP_3734 | ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/31); new base G (3/2); total (39/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
GCACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATCCAGG > NC_002947/4260532‑4260829 | gcaccaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGcc > 1:397617/1‑150 (MQ=255) caggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAATCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCCAAGCGGTGCCAACCGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAgg < 1:793818/150‑1 (MQ=255) caggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAgg < 2:211386/150‑1 (MQ=255) aggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAggg > 2:1206015/1‑150 (MQ=255) gcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTc > 2:202629/1‑150 (MQ=255) cAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTcag > 1:1094540/1‑150 (MQ=255) aCAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGt > 1:1495772/1‑150 (MQ=255) cccAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTtgat < 1:202629/150‑1 (MQ=255) ccAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTtgat < 1:1630326/149‑1 (MQ=255) ccAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTtgat > 2:1630326/1‑149 (MQ=255) gCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGaaca > 1:1401656/1‑150 (MQ=255) gCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGaaca > 1:1594505/1‑150 (MQ=255) aaTCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGc < 2:1401656/150‑1 (MQ=255) 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1:1283059/1‑150 (MQ=255) gAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCt < 2:538328/150‑1 (MQ=255) cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 2:1495772/150‑1 (MQ=255) cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGAACAACCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt > 1:284214/1‑150 (MQ=255) aTGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTg > 1:1613812/1‑150 (MQ=255) tGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCACGGGTAAGGCTGTTga > 1:646115/1‑150 (MQ=255) 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accagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCACACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCgg < 1:147188/150‑1 (MQ=255) gTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGa > 1:315223/1‑150 (MQ=255) ttGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGaa < 2:393395/150‑1 (MQ=255) cgcACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgtcggtc < 2:625826/150‑1 (MQ=255) cgcACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgtcggtc < 2:625081/150‑1 (MQ=255) aCCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGAc > 2:1073340/1‑150 (MQ=255) ccccAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCa > 2:388928/1‑150 (MQ=255) ccccAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCa < 1:388928/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCg > 1:1293490/1‑150 (MQ=255) gTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGc > 1:143927/1‑67 (MQ=255) gTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGc < 2:143927/67‑1 (MQ=255) gCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTc < 2:1094540/150‑1 (MQ=255) cccACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTGAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGGGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTAAAGACGTCGCGCGACCAGCGTTTCa > 2:377053/1‑150 (MQ=255) ccACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTg > 2:49887/1‑124 (MQ=255) ccACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTg < 1:49887/124‑1 (MQ=255) acaGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga < 2:852929/95‑1 (MQ=255) acaGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga > 1:852929/1‑95 (MQ=255) tGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTg < 2:1398843/150‑1 (MQ=255) acccTGGGCCAGGCGCGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga < 2:1622994/82‑1 (MQ=37) acccTGGGCCAGGCGAGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga > 1:1622994/4‑85 (MQ=255) aaCTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGt < 2:1571765/109‑1 (MQ=255) aaCTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGAGGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGt > 1:1571765/1‑109 (MQ=255) ccTGGGCCAGGCGCGGCTGGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCg > 1:878895/2‑150 (MQ=255) ccTGGGCCAGGCGCGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 1:526869/78‑1 (MQ=37) ccTGGGCCAGGCGCGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt > 2:526869/2‑79 (MQ=37) ccTGGGCCAGGCGCGGCT‑GGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGa > 2:1516328/2‑150 (MQ=255) aCTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGa > 1:185586/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCAccc < 1:1073340/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCAccc > 1:1424820/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGc > 1:1201008/1‑150 (MQ=255) cgcCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTc < 2:1613812/150‑1 (MQ=255) gcCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCATCTTGTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCa < 1:386581/150‑1 (MQ=255) cccAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATCCAgg < 2:1293490/150‑1 (MQ=255) cccAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATCCAgg < 2:1201008/150‑1 (MQ=255) | GCACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCT‑GGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATCCAGG > NC_002947/4260532‑4260829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |