Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 32,567 | G→T | 7.5% | A56S (GCA→TCA) | PP_5422 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 32,567 | 0 | G | T | 7.5% | 167.6 / 2.1 | 53 | A56S (GCA→TCA) | PP_5422 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/23); new base T (2/2); total (28/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
TTGGACATGTAATAGATTGTAAGATAATTATTCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGCGGCTACATTACAAATTTGT > NC_002947/32421‑32716 | ttGGACATGTAATAGATTGTAAGATAATTATTCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCaa < 2:1286797/150‑1 (MQ=255) ttGGACATGTAATAGATTGTAAGATAATTATTCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCaa < 2:867685/150‑1 (MQ=255) aCATGTAATAGATTGTAAGATAATTATTCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTa < 2:13340/150‑1 (MQ=255) aTAGATTGTAAGATAATTATTCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCg > 2:255735/1‑150 (MQ=255) ttGTAAGATAATTATTCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAAtg > 2:1543153/1‑150 (MQ=255) aTAATTATTCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTg > 2:702251/1‑150 (MQ=255) ttCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGc < 2:1478374/150‑1 (MQ=255) gagagaATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCgg > 1:147025/1‑149 (MQ=255) 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aGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGa < 2:931145/115‑1 (MQ=255) aGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGa > 1:931145/1‑115 (MQ=255) aaaGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCa > 2:1080735/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTg < 2:195085/132‑1 (MQ=255) ggCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTg > 1:195085/1‑132 (MQ=255) gcTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGcccc > 1:539347/1‑150 (MQ=255) tGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTc < 1:1271619/129‑1 (MQ=255) tGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTc > 2:1271619/1‑129 (MQ=255) ggCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTAt > 2:1131313/1‑150 (MQ=255) gCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAg < 1:1080735/150‑1 (MQ=255) gCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAg < 2:539347/150‑1 (MQ=255) cATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGTCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAgg < 1:244619/150‑1 (MQ=255) gTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTc > 1:391663/1‑106 (MQ=255) gTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTc < 2:391663/106‑1 (MQ=255) gTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAgggg > 2:106574/1‑146 (MQ=255) gTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAgggg < 1:106574/146‑1 (MQ=255) gTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGa < 1:255735/150‑1 (MQ=255) cGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATg > 1:608028/1‑150 (MQ=255) gcgcCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTg > 2:800475/1‑150 (MQ=255) cTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCa < 1:1507425/89‑1 (MQ=255) cTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCa > 2:1507425/1‑89 (MQ=255) gATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAAt < 1:1131313/150‑1 (MQ=255) ccAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCtt < 2:608028/150‑1 (MQ=255) cAAGGCCAGTACCAGTCCTTTCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATcc < 1:349379/107‑1 (MQ=255) cAAGGCCAGTACCAGTCCTTTCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATcc < 1:349249/107‑1 (MQ=255) cAAGGCCAGTACCAGTCCTTTCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATcc > 2:349379/1‑107 (MQ=255) cAAGGCCAGTACCAGTCCTTTCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATcc > 2:349249/1‑107 (MQ=255) aaGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGc > 2:1564324/1‑150 (MQ=255) aaGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGc > 1:435029/1‑150 (MQ=255) ccAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGCGGCt > 1:1401734/1‑150 (MQ=255) ccAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGCGGCt > 1:931053/1‑150 (MQ=255) cAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAgg > 1:744122/1‑90 (MQ=255) cAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAgg < 2:744122/90‑1 (MQ=255) aCCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTa > 2:34365/1‑101 (MQ=255) aCCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTa < 1:34365/101‑1 (MQ=255) ccAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAgg > 2:1584530/1‑60 (MQ=255) ccAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAgg < 1:1584530/60‑1 (MQ=255) cTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGCGGCTACATTACAAAtt > 1:1386488/1‑150 (MQ=255) cTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGCGGCTACATTACAAAtt > 2:1154605/1‑150 (MQ=255) ttGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACt < 1:879721/119‑1 (MQ=255) ttGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACt > 2:879721/1‑119 (MQ=255) gCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCTAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGCGGCTCCATTACAAATTTGt > 2:230271/1‑150 (MQ=255) | TTGGACATGTAATAGATTGTAAGATAATTATTCGAGAGAATATCGAGCCGCCACGTGAACTAATTTGCAGAAAGGCGCTGCGGTTTGCGGCCGTGCATGGGGTCTGCCTGCGTGGCGCCCTCGATCCAAGGCCAGTACCAGTCCTTGCAAGCTAACGACCGAAATGCTGCCTGTCCTGGCCGATTCCACCTGCCAGGCGAATCTGTCATACACCGCCGCAGGCCCCAGAATCCGCTATGCTTAGGGGTGGAGCCTGCATGACTGTCAGAAATCTTGCGGCTACATTACAAATTTGT > NC_002947/32421‑32716 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |