Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 352,543 | T→C | 7.3% | L93P (CTG→CCG) | hisF → | imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 352,543 | 0 | T | C | 7.3% | 155.0 / 2.6 | 55 | L93P (CTG→CCG) | hisF | imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/25); new base C (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.63e-01 |
GCCGACGAAATCACCTTTCTCGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCC > NC_002947/352398‑352690 | gCCGACGAAATCAACTTCCTCGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCAACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTc < 2:1334282/150‑1 (MQ=255) gacgaAATCACCTTTCTCGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAAc > 1:1112724/1‑150 (MQ=255) cgaAATCACCGTTCTCGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGc < 1:491974/150‑1 (MQ=255) aaTCACCTTTCTCGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCgg > 2:1411772/1‑150 (MQ=255) cACCTTTCTCGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGc > 1:247578/1‑150 (MQ=255) ttgctcGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGAc > 2:682001/4‑150 (MQ=255) tcGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGa < 1:485944/145‑1 (MQ=255) tcGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGa > 2:485944/1‑145 (MQ=255) gACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGtc < 1:1242989/150‑1 (MQ=255) cgatgacGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACaa < 1:129220/138‑1 (MQ=255) cgatgacGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACaa > 2:129220/7‑144 (MQ=255) tCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGa < 1:61356/150‑1 (MQ=255) cagcGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCCGt > 2:1642926/4‑133 (MQ=255) cACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGGGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCCGt < 1:1642926/133‑1 (MQ=255) ccGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCa > 1:740546/1‑150 (MQ=255) ggCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGgtgt < 1:1411772/150‑1 (MQ=255) gcgACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCa > 2:1495433/1‑150 (MQ=255) cgACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCTACGACGGTGCCGACAAGGCCGCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCaa < 2:323175/150‑1 (MQ=255) cgACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCGGCGGTGttgat < 1:798100/150‑4 (MQ=255) caccacGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAAccc > 2:1198292/1‑150 (MQ=255) caccacGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCCGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAAccc > 2:1217186/1‑150 (MQ=255) cacGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTTGAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCaga > 1:608594/1‑150 (MQ=255) cTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGttt < 1:1198292/150‑1 (MQ=255) gCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTTTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGt < 2:746585/150‑1 (MQ=255) gcATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGcggcgg > 1:28137/1‑150 (MQ=255) cATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGa < 2:1268537/150‑1 (MQ=255) aTGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGAc > 2:1569426/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTc < 1:268915/74‑1 (MQ=255) tGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTc > 2:268915/1‑74 (MQ=255) ccagGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGGCCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCgg > 2:939280/1‑150 (MQ=255) gtgtTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCg < 2:28137/150‑1 (MQ=255) ttCATCCCGCTGACGGGTGGGGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACGTCCGCGACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCCCGATCACCACCGCCGCGGTGTGCACCCCAGAGTTTGTCGGCGAGGCGGCGGACCGTTTCGGGGCGCAg > 2:204869/1‑150 (MQ=255) aTCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGc > 1:637534/1‑150 (MQ=255) tCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCa > 1:613943/1‑150 (MQ=255) gCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGt > 1:1127790/1‑150 (MQ=255) cTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGtt < 1:801405/150‑1 (MQ=255) cTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCCGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGtt < 1:1217186/150‑1 (MQ=255) ggtggCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCACCGCCGGTGCCGACAATGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCTGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGAt < 2:473154/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAgtg > 2:1020688/1‑150 (MQ=255) cGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCcgcg < 1:656350/64‑1 (MQ=255) cGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCcgcg > 2:656350/1‑64 (MQ=255) cGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTc < 1:939280/150‑1 (MQ=255) cGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTc < 1:1020688/150‑1 (MQ=255) gACATCCGCAACCCGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCaga > 1:329233/1‑71 (MQ=255) gACATCCGCAACCCGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCaga < 2:329233/71‑1 (MQ=255) aCATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAg > 1:1445089/1‑150 (MQ=255) aCATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGGCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAg < 2:740546/150‑1 (MQ=255) cATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGAGCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAgg > 1:1270912/1‑150 (MQ=255) aTCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGt < 1:1569426/150‑1 (MQ=255) aTCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGt > 2:523111/1‑150 (MQ=255) cGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGaa < 1:523111/150‑1 (MQ=255) cGCAACCTGCCCAACGCCGGTGCCGACAAGGCCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGaa < 2:247578/150‑1 (MQ=255) gCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCgg < 2:1398076/139‑1 (MQ=255) gCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCgg > 1:1398076/1‑139 (MQ=255) ccTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGGCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGcgcc > 1:240450/1‑150 (MQ=255) tGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATg > 1:1596317/1‑117 (MQ=255) tGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATg < 2:1596317/117‑1 (MQ=255) | GCCGACGAAATCACCTTTCTCGACATCACCGCCAGCGTCGATGGGCGCGACACCACGCTGCATACCGTCGAGCGCATGGCCAGCCAGGTGTTCATCCCGCTGACGGTTGGTGGTGGCGTGCGGACCGTGCAGGACATCCGCAACCTGCTCAACGCCGGTGCCGACAAGGTCTCGATCAACACCGCCGCGGTGTTCAACCCAGAGTTTGTCGGTGAGGCGGCGGACCGTTTCGGTTCGCAGTGCATCGTTGTCGCCATCGATGCCAAGAAAGTGTCCGGGCCAGGTGAAGCGCC > NC_002947/352398‑352690 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |