| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,728,546 | A→C | 6.2% | V57G (GTC→GGC) | sucD ← | succinyl‑CoA synthetase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,728,546 | 0 | A | C | 6.2% | 184.8 / 3.1 | 64 | V57G (GTC→GGC) | sucD | succinyl‑CoA synthetase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/34); new base C (2/2); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
CAGCATGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTACCCTGCGAGCCGGTGAAGCCCTGGCAGATGACTTTGGTATCT > NC_002947/4728398‑4728695 | cAGCATGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGCCGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGAATCCCGGAGCGAGTGTTTGCAGGACGGAGCCTGTAGGGAGATTACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGAc > 2:1005301/1‑150 (MQ=255)cAGCATGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGAc < 2:577472/150‑1 (MQ=255) aGCATGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACg > 2:369949/1‑150 (MQ=255) cATGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgt < 1:264818/150‑1 (MQ=255) aTGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgtg < 1:1005301/150‑1 (MQ=255) aTGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgtg < 1:369949/150‑1 (MQ=255) aTGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAAAGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgtg > 1:1552698/1‑150 (MQ=255) tGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgtgt < 2:182235/150‑1 (MQ=255) tGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgtgt < 2:1411078/150‑1 (MQ=255) tGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgtgt < 1:484119/150‑1 (MQ=255) gTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGtt < 1:1425101/150‑1 (MQ=255) gTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGtt < 1:677842/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTg > 2:1525855/1‑150 (MQ=255) tAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCg < 1:305904/150‑1 (MQ=255) aaTGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGCCGGTGTTCAACACCGTCaa < 2:769254/150‑2 (MQ=255) gCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGcc > 2:874932/1‑150 (MQ=255) cGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAggt < 1:864173/150‑1 (MQ=255) gTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAg < 2:479612/146‑1 (MQ=255) 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cAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTAcgc > 1:295154/1‑150 (MQ=255) aaaGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTAcgcc > 2:1068881/1‑150 (MQ=255) cAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGa < 2:850200/150‑1 (MQ=255) aGCTTCCAGGATCGACTCTTTGCAGAACGGACCCGCTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGATGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGAc < 1:227820/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAggtgggtg < 2:489766/115‑1 (MQ=255) ttCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAggtgggtg > 1:489766/1‑115 (MQ=255) 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gTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTa > 2:1540436/1‑150 (MQ=255) cTTTGCTGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGGTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCCTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAgg < 2:492931/150‑1 (MQ=255) aGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAggtgggtg > 2:1190989/1‑95 (MQ=255) aGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAggtgggtg < 1:1190989/95‑1 (MQ=255) cGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTg < 1:1232774/150‑1 (MQ=255) ggAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGt < 1:1068881/150‑1 (MQ=255) gAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATTGCCTGtt > 2:503539/1‑150 (MQ=255) cGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTATGCAATTGCCTGTTCggc < 2:145667/150‑2 (MQ=255) cGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGa < 2:464389/150‑1 (MQ=255) ggTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAg > 2:753796/1‑150 (MQ=255) gTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTggg < 1:1396874/101‑1 (MQ=255) gTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTggg > 2:1396874/1‑101 (MQ=255) gTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGt < 2:1552698/150‑1 (MQ=255) cGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGATGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGa < 1:361425/150‑1 (MQ=255) aGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCt < 2:1115111/135‑1 (MQ=255) aGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCt > 1:1115111/1‑135 (MQ=255) aCCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTAccc > 2:1030122/1‑150 (MQ=255) ccGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgt > 2:1358709/1‑43 (MQ=255) ccGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGgt < 1:1358709/43‑1 (MQ=255) gcgcCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGCCGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTAGTGCCACCCTTCCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTACCCTGCGAGCCGGTg > 1:1542296/1‑150 (MQ=255) tCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTACCCTGCGAGCCGGTGAAGCCCt < 1:874932/150‑1 (MQ=255) cGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAACGTACCTTGCGAGCCGGTGAAGCCCTg < 1:1525855/150‑1 (MQ=255) cACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTACCCTGCGAGCCGGTGAAGCCCTGGCAGAt < 1:1540436/150‑1 (MQ=255) cccTTTACGGTGTCGGACACGGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTACCCTGCGAGCCGGTGAAGCCCTGGCAGATGACTTTg < 2:506153/149‑1 (MQ=255) aCGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTACCCTGCGAGCCGGTGAAGCCCTGGCAGATGACTTTGGTATCt < 2:295154/150‑1 (MQ=255) | CAGCATGTCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTACCCTGCGAGCCGGTGAAGCCCTGGCAGATGACTTTGGTATCT > NC_002947/4728398‑4728695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |