Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,829,798 | T→A | 9.5% | K479N (AAA→AAT) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,829,798 | 0 | T | A | 9.5% | 122.7 / 4.7 | 42 | K479N (AAA→AAT) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/16); new base A (2/2); total (24/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 |
CGGCGACGACCTGGCGCAGGGTCTTGATCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCACGAATGAAACCCAGGTCGCCGGTACGCAGCCA > NC_002947/4829665‑4829947 | cGGCGACGACCTGGCGCAGGGTCTTGATCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGa < 2:257294/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGGGTCTTGATCAGGTCCTGGGACACGCGTGCCCTTCGCACCTTTCTTCTGATCTCCACCGCTACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGTTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGa < 2:677086/150‑1 (MQ=255) cAGGGTCTTGATCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGc > 2:1231225/1‑150 (MQ=255) aGGGTCTTGATCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACCCCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCt < 1:179737/150‑1 (MQ=255) tCTTGATCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTTGACGGCGAACACCACCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCttttt > 1:1623649/1‑150 (MQ=255) taTCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCaa < 1:634046/149‑1 (MQ=255) gATCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCaa < 2:400013/150‑1 (MQ=255) tCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCGGGTGCTCGACGGCGACGACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTTGG‑CTTCACGCTGAAGCGATTTTTCCAAgc > 2:634046/1‑149 (MQ=255) cTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAG‑ACGTGCAGCTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCgg > 1:904495/1‑150 (MQ=255) gTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCCCCACCGCGACACCGATGCCCTCCGCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCt < 2:889740/150‑1 (MQ=255) ccTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCGCGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGGACAGGTTCTGTc > 1:759967/1‑150 (MQ=255) gCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGt < 2:1244357/133‑1 (MQ=255) gCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGt > 1:1244357/1‑133 (MQ=255) gATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTc > 1:541631/1‑150 (MQ=255) tcCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTc > 1:1470781/1‑150 (MQ=255) cACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAgg < 1:667758/91‑1 (MQ=255) cACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAgg > 2:667758/1‑91 (MQ=255) aCCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCGCGAGTGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGTTCCGCATGTGTTTCCgg > 2:309605/1‑150 (MQ=255) acCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCttt < 2:1022509/54‑1 (MQ=255) acCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCttt > 1:1022509/1‑54 (MQ=255) acCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCgca > 1:358298/1‑59 (MQ=255) acCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCgca < 2:358298/59‑1 (MQ=255) cGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTaa > 1:1617542/1‑150 (MQ=255) gCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGGCCGGTAACGaa < 2:1470781/150‑1 (MQ=255) cctcctCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCAc < 2:968529/115‑1 (MQ=255) cctcctCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCAc > 1:968529/1‑115 (MQ=255) cctcctCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGTATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAaca > 1:1237359/1‑150 (MQ=255) cctcctCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCa > 2:657325/1‑132 (MQ=255) cctcctCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCa < 1:657325/132‑1 (MQ=255) cctcctCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAaca > 1:1501245/1‑150 (MQ=255) ctcctcGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAacac > 2:777875/1‑150 (MQ=255) ctcctcGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCATTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCa > 1:960196/1‑131 (MQ=255) ctcctcGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCATTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCa > 1:960178/1‑131 (MQ=255) ctcctcGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCATTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCa < 2:960178/131‑1 (MQ=255) ctcctcGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCATTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCa < 2:960196/131‑1 (MQ=255) cTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCACGAAt > 2:1246044/1‑150 (MQ=255) cGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCa < 1:942777/143‑1 (MQ=255) cGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCa > 2:942777/1‑143 (MQ=255) cGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCACGAATGa > 1:807407/1‑150 (MQ=255) cGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCACGAATGAAACCCa < 2:1617542/150‑1 (MQ=255) gAACACCTCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCaa > 2:162778/1‑60 (MQ=255) gAACACCTCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCaa < 1:162778/60‑1 (MQ=255) gCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCACGAATGAAACCCAGGTCGCCg < 1:1231225/150‑1 (MQ=255) acGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCACGAATGAAACCCAGGTCGCCGGTACg > 2:708820/1‑150 (MQ=255) tttGCGCAGCACCTAGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCACGAATGAAACCCAGGTCGCCGGTACGCAGCCa < 2:529012/150‑1 (MQ=255) | CGGCGACGACCTGGCGCAGGGTCTTGATCAGGTCCTGGGGCTTGAGTGCCTTTTGCACGTTGCGGCTGATCTCCACCGCGACACCGATGCCCTCCTCGCCCTGGTGCTCGACGGCGAACACCGCCACACGGCCTTTGCGCAGCACCTGGA‑CTTCACGCTCGAGGGCTTTTTCCAAGTCCTGCGGGTACAGGTTCTGTCCGCGCACGATCAGCATGTCTTTCAGGCGCCCGGTAACGAACACCTCGCCCTCACGAATGAAACCCAGGTCGCCGGTACGCAGCCA > NC_002947/4829665‑4829947 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |