| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,958,146 | A→T | 6.0% | L200Q (CTG→CAG) | fliG ← | flagellar motor switch protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,958,146 | 0 | A | T | 6.0% | 206.8 / 4.6 | 67 | L200Q (CTG→CAG) | fliG | flagellar motor switch protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/34); new base T (2/2); total (31/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
GACGTCGGCCAGGTTGTTGAAGACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTTGTGGTCGAAGTTGCTCA > NC_002947/4957998‑4958290 | gACGTCGGCCAGGTTGTTGAAGACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAg > 2:1322650/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGGTTGTTGAAGACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGggtg < 1:163439/150‑1 (MQ=255) tgAAGACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCCCCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGt < 1:697612/150‑1 (MQ=255) gAAGACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGtt < 1:454952/150‑1 (MQ=255) gACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGa < 1:1245470/150‑1 (MQ=255) gACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGa < 2:1271388/150‑1 (MQ=255) gACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGa < 1:1417292/150‑1 (MQ=255) aaaCATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGggtggt < 1:7151/132‑1 (MQ=255) aaaCATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGggtggt > 2:7151/1‑132 (MQ=255) aaaCATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGACACCACCCTGggtggtatcaaa < 1:1269806/138‑7 (MQ=255) aaaCATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGACACCACCCTGggtggtatcaaa > 2:1269806/1‑132 (MQ=255) cATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGcc > 1:512950/1‑150 (MQ=255) ggTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCgaga < 2:11990/150‑1 (MQ=255) gTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGaa < 1:1458450/150‑1 (MQ=255) tGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAggg < 2:763819/109‑1 (MQ=255) tGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAggg > 1:763819/1‑109 (MQ=255) gCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGa < 2:512950/150‑1 (MQ=255) cTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAg < 1:1354952/150‑1 (MQ=255) tCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAgg > 1:561887/1‑150 (MQ=255) cGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAg < 1:1195537/124‑1 (MQ=255) cGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAg > 2:1195537/1‑124 (MQ=255) gACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATc > 2:1292546/1‑150 (MQ=255) gTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGtt < 2:146079/150‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAGGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTc > 2:210470/1‑150 (MQ=255) gTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTc < 1:1322650/150‑1 (MQ=255) gATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCtt > 1:1293303/1‑150 (MQ=255) tCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAgc < 2:354859/150‑1 (MQ=255) ggATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGcgccg > 1:326630/1‑150 (MQ=255) tCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAgg < 2:1462143/77‑1 (MQ=255) tCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAgg > 1:1462143/1‑77 (MQ=255) gcgTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGc > 2:952157/1‑150 (MQ=255) aTCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACg < 1:801058/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGgtgt > 2:173856/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTc < 2:888212/150‑1 (MQ=255) aCCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAg > 1:1088780/1‑75 (MQ=255) aCCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAg < 2:1088780/75‑1 (MQ=255) ccGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGcgcgcg > 2:209721/1‑65 (MQ=255) ccGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGcgcgcg < 1:209721/65‑1 (MQ=255) ccGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGtt > 1:1445057/1‑70 (MQ=255) ccGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGtt < 2:1445057/70‑1 (MQ=255) ggAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCa < 2:1173955/105‑1 (MQ=255) ggAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCa > 1:1173955/1‑105 (MQ=255) ttCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTcc > 2:1568009/1‑150 (MQ=255) ttCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTcc < 1:1568009/150‑1 (MQ=255) ttCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTcc > 1:270003/1‑150 (MQ=255) tCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAg < 2:649851/139‑1 (MQ=255) tCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAg > 1:649851/1‑139 (MQ=255) cATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAg < 1:1292546/150‑1 (MQ=255) atgTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCa > 1:930307/1‑94 (MQ=255) atgTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCa < 2:930307/94‑1 (MQ=255) gcagcaCGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTg < 1:131284/74‑1 (MQ=255) gcagcaCGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATATg > 2:131284/1‑74 (MQ=255) agcaCGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACAcgcg < 2:678768/123‑1 (MQ=255) agcaCGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACAcgcg > 1:678768/1‑123 (MQ=255) agcaCGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTtgtg < 2:561887/150‑1 (MQ=255) aCGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTTGTGGTc > 1:1097295/1‑150 (MQ=255) tttGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCa < 2:74877/137‑1 (MQ=255) tttGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCa > 1:74877/1‑137 (MQ=255) gcgcgcaccaccCTGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCtt > 1:732312/7‑141 (MQ=255) gcgcgcaccaccCTGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCtt < 2:732312/135‑1 (MQ=255) tACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTTGTGGTCGAAGTTGc > 2:1358327/1‑150 (MQ=255) accaccCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCgg < 1:1096684/84‑1 (MQ=255) accaccCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCgg > 2:1096684/1‑84 (MQ=255) accaccCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTTGTGGTCGAAGTTGCt < 1:173856/150‑1 (MQ=255) caccCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTtgt < 2:537178/135‑1 (MQ=255) caccCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTtgt > 1:537178/1‑135 (MQ=255) caccCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTTGTGGTCGAAGTTGCTCa > 1:1148259/1‑150 (MQ=255) | GACGTCGGCCAGGTTGTTGAAGACAAACATCAGGTCTTCGATCTGCTCCGACAGGTCGCTGTCGATTTCACGGATCGCGTCCATCAGTGCGCCTTCCACCGAGCTGTCGAGGAAGTTCATGATGTCGGCAGCACGTTTGATACCACCCAGGGTGGTGCGCGCGGCGTTGGAGTTGCCCGAGAACTGCTTCTCGAGGATCTGGTTCAGCTCCTTCAGCGCCGCCGGCTGCACGGTGTTCAGCGATGACACGCGCAGGACGATGTCCAGGCGCACCTTGTGGTCGAAGTTGCTCA > NC_002947/4957998‑4958290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |