Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,096,455 | G→A | 6.8% | T120I (ACC→ATC) | argT ← | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,096,455 | 0 | G | A | 6.8% | 169.6 / 2.6 | 59 | T120I (ACC→ATC) | argT | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/25); new base A (2/2); total (32/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 |
AGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTC > NC_002947/5096311‑5096597 | aGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGTTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCg > 2:1134542/1‑150 (MQ=255) aGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCg > 1:810086/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAcc > 2:997604/1‑150 (MQ=255) accgtggTGCCTTACGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAcc > 2:1408524/6‑150 (MQ=255) tCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCa < 1:1054694/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGgcg > 2:1495535/1‑150 (MQ=255) accacGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAgg > 1:216470/1‑150 (MQ=255) accacGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAg > 2:195886/1‑149 (MQ=255) accacGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAg < 1:195886/149‑1 (MQ=255) cacGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGATGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAgg > 2:1159519/1‑148 (MQ=255) cacGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGATGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAgg < 1:1159519/148‑1 (MQ=255) acGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGATGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGgtag > 1:138643/1‑150 (MQ=255) cccTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTg < 1:993142/150‑1 (MQ=255) cTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGt < 1:33302/150‑1 (MQ=255) cgcCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGt < 1:1408524/150‑1 (MQ=255) cccAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTcg > 1:253529/1‑150 (MQ=255) ttCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCg < 2:1447634/91‑1 (MQ=255) ttCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCg > 1:1447634/1‑91 (MQ=255) ccTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGActtct > 2:418521/1‑150 (MQ=255) ccTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGATGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGActtct < 2:138643/150‑1 (MQ=255) ttGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGGTCGActtcacc > 2:149116/1‑147 (MQ=255) ggCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCg < 1:1495535/150‑1 (MQ=255) cGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGGTCGActtcaccaagc < 1:149116/150‑8 (MQ=255) cGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGt > 1:1389551/1‑150 (MQ=255) gAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTc > 1:480499/1‑150 (MQ=255) gTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGAt < 1:1134542/150‑1 (MQ=255) tGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATc < 2:216470/150‑1 (MQ=255) caTGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGa > 2:1264481/2‑150 (MQ=255) tGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACa > 1:1091350/1‑150 (MQ=255) aGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATgg < 1:421398/150‑1 (MQ=255) ccGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACAt > 2:1453376/1‑146 (MQ=255) ccGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACAt < 1:1453376/146‑1 (MQ=255) cACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGa > 1:451417/1‑101 (MQ=255) cACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGa < 2:451417/101‑1 (MQ=255) gCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGc > 1:1467218/1‑116 (MQ=255) gCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGc < 2:1467218/116‑1 (MQ=255) gCCGATCTTCTTGCCTTGCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCAGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGCCCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGc < 1:997604/150‑1 (MQ=255) ttGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTg > 1:473163/1‑150 (MQ=255) tttCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCAc > 2:1409941/1‑150 (MQ=255) aGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTc > 2:1314050/1‑150 (MQ=255) gTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCa > 2:525607/1‑150 (MQ=255) gTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCa < 1:148767/150‑1 (MQ=255) ttCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTcgac > 1:259153/1‑84 (MQ=255) ttCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTcgac < 2:259153/84‑1 (MQ=255) gTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAgcgc > 1:79057/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACa > 1:523053/1‑118 (MQ=255) tCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACa < 2:523053/118‑1 (MQ=255) tCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGcc > 2:67236/1‑150 (MQ=255) ggCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGa < 2:253529/150‑1 (MQ=255) tGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCa > 2:1568540/1‑150 (MQ=255) tGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATAACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCa > 1:1310678/1‑150 (MQ=255) gTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGgtagt > 1:548689/1‑53 (MQ=255) gTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGgtagt < 2:548689/53‑1 (MQ=255) gcGCTGACGGTGGTGCCGTGCTTCGTGACCAGGGGCGGGGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGAGTTCTTGTGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCGGCGCCGGGATCAgg < 2:810086/149‑1 (MQ=255) gCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCt > 1:808866/1‑122 (MQ=255) gCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCt < 2:808866/122‑1 (MQ=255) tGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCTCCGGAGTGAGGTAGTAGCGCTTTGTGAAGTCGACCGACTTCTTGAGGTTACCCATCTTCTCGCGGCACCGCAGTGGGGTTTTGAGCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGt < 1:1265271/150‑1 (MQ=255) gACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTc < 1:525607/150‑1 (MQ=255) gACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTc < 2:1091350/150‑1 (MQ=255) | AGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTC > NC_002947/5096311‑5096597 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |