| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,389,601 | G→T | 6.4% | intergenic (+252/‑68) | dld2 → / → PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,389,601 | 0 | G | T | 6.4% | 222.2 / 2.8 | 73 | intergenic (+252/‑68) | dld2/PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/35); new base T (3/2); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGGTGTTCGCCGCCGATGACCTCTG > NC_002947/5389458‑5389748 | gcgGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAAcccc < 2:1049196/150‑1 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGaa > 1:1282610/1‑145 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGaa < 2:1282610/145‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGTAACCCCCGc > 1:857222/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTCCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATcc < 2:1190380/150‑1 (MQ=255) cctcttcTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCTCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATccc < 1:708620/144‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATccc > 2:1086157/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATcccc < 2:727903/150‑1 (MQ=255) cGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCAATCGAGCCCTCTCCGATcccc < 2:887481/150‑1 (MQ=255) 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cacaGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAATCCCACCTTCCAGAGGCCCCAgagga < 1:863389/150‑1 (MQ=255) acaGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCACAGCCGGGGCCATCCCTACCTCAATATCGCCCCGCCACCAACCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAATCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAAGCCCCAgacgag > 2:57047/1‑150 (MQ=255) acaGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATcccc > 2:370831/1‑106 (MQ=255) acaGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATcccc < 1:370831/106‑1 (MQ=255) acaGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAgaggag > 1:146762/1‑150 (MQ=255) ccgTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATccccc > 2:878625/1‑99 (MQ=255) ccgTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATccccc < 1:878625/99‑1 (MQ=255) aTGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGCTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGaaa < 2:1620112/150‑1 (MQ=255) gcgGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGccc > 2:881436/1‑111 (MQ=255) gcgGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGccc < 1:881436/111‑1 (MQ=255) cgGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTAc > 1:415139/1‑150 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAACGCCGATGCCCTCCATACCTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCCCGATGACTCCCTGCAATCCCTCGCGGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACtt > 2:1421079/1‑150 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACttt > 2:893608/1‑150 (MQ=255) ccGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCg > 2:17244/1‑143 (MQ=255) ccGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCg < 1:17244/143‑1 (MQ=255) cGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCCCCTTCCAGAAGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCAATTTCGGCCGTGtt > 2:711698/1‑150 (MQ=255) cGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGtt > 2:1397872/1‑150 (MQ=255) cAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTcgc < 2:1120709/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAgagga > 1:1034408/1‑109 (MQ=255) aCGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAgagga < 2:1034408/109‑1 (MQ=255) gCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGACACCCACCCCATCACAACGACGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGgcc > 1:285287/1‑150 (MQ=255) aTCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCctt > 1:813245/1‑149 (MQ=255) tCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGTAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCctgc > 2:601400/1‑150 (MQ=255) tCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGccc > 2:472723/1‑90 (MQ=255) tCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGccc < 1:472723/90‑1 (MQ=255) tCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTAc > 2:217842/1‑115 (MQ=255) tCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTAc < 1:217842/115‑1 (MQ=255) tCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCctgc < 2:1635198/150‑1 (MQ=255) cccTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCctgct < 2:409528/150‑1 (MQ=255) ccTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCCCCctgctg > 1:842291/1‑150 (MQ=255) cTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAg < 1:513888/68‑1 (MQ=255) cTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAg > 2:513888/1‑68 (MQ=255) cTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTgg < 1:893608/150‑1 (MQ=255) atatCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCg < 2:824888/150‑1 (MQ=255) atCGCCCCGCCACCTTCCCGATGGAACCCCCGCCAAGCCCCCGCAGTCCACCTTACACGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGgt < 2:391661/150‑1 (MQ=255) atCGCCCCGCCACCATCCCGATGTAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGgt < 1:601400/150‑1 (MQ=255) atCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGgt < 1:574189/150‑1 (MQ=255) ccccGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGGTGTTc < 2:1409207/150‑1 (MQ=255) gCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGAAGACACCCATGaa > 2:1358688/1‑88 (MQ=255) gCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGAAGACACCCATGaa < 1:1358688/88‑1 (MQ=255) caTCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGGTGTTCGCCGCCGAt < 2:854465/150‑1 (MQ=255) cccGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGgcc > 2:642412/1‑111 (MQ=255) cccGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGgcc < 1:642412/111‑1 (MQ=255) cGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGt < 1:386243/82‑1 (MQ=255) cGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGt > 2:386243/1‑82 (MQ=255) cGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTTGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGGTGTTCGCCGCCGATGACct > 1:891305/1‑150 (MQ=255) aTGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAgg < 1:946082/54‑1 (MQ=255) aTGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAgg > 2:946082/1‑54 (MQ=255) tGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGGTGTTCGCCGCCGATGACCTCTg > 1:887080/1‑150 (MQ=255) | GCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCACTTTCGGCCCTGTTCGCGGCCGCCACCCTGCTGGCTTCGCCGGTGTTCGCCGCCGATGACCTCTG > NC_002947/5389458‑5389748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |