| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,483,626 | A→T | 10.3% | Q31L (CAG→CTG) | purH → | bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,483,626 | 0 | A | T | 10.3% | 113.9 / 5.6 | 39 | Q31L (CAG→CTG) | purH | bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/17); new base T (2/2); total (20/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
GACTCCCTGAACAGAGGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAATGATGGATGGCCGGGTCAAAACCC > NC_002947/5483478‑5483754 | gACTCCCTGAACAGAGGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTgcag > 2:639977/1‑150 (MQ=255) ccTGAACAGAGGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCTGCAGCt > 2:1242556/1‑150 (MQ=255) ccTGAACAGAGGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCt > 1:150414/1‑150 (MQ=255) cTGAACAGAGGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTc > 1:311271/1‑150 (MQ=255) aaCAGAGGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGgt < 1:663247/150‑1 (MQ=255) aCAGAGGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCTGCAGCTcacgg < 1:1242556/150‑5 (MQ=255) gagGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCg < 2:978860/150‑1 (MQ=255) cTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGCAATGACCGGCCAGTCTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGACCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑Ct < 1:927986/150‑1 (MQ=255) cTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACcggc < 1:948543/148‑1 (MQ=255) cTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACcggc > 2:948543/1‑148 (MQ=255) cACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTgcagca < 2:1517583/117‑1 (MQ=255) cACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTgcagca > 1:1517583/1‑117 (MQ=255) aaCCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCgag < 2:547200/116‑1 (MQ=255) aaCCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCgag > 1:547200/1‑116 (MQ=255) cGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGa > 1:1190165/1‑150 (MQ=255) gAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAg > 1:339099/1‑147 (MQ=255) gAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAg < 2:339099/147‑1 (MQ=255) aaaTGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACa < 1:3540/150‑1 (MQ=255) accgaccAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGc < 1:87076/150‑1 (MQ=255) accgaccAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGc < 1:1195335/150‑1 (MQ=255) ccgaccAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGAACAACGGCg > 2:1279286/1‑150 (MQ=255) cTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCgg < 1:639977/150‑1 (MQ=255) tACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGt > 2:194899/1‑150 (MQ=255) aCCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTg < 1:1048249/150‑1 (MQ=255) gCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAg > 1:1153905/1‑125 (MQ=255) gCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAg < 2:1153905/125‑1 (MQ=255) cttGCCAGTCCGCCGCGCCCTGTTCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGGCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACACCGGCGTAAACGCGGTGGAAGt < 2:426186/148‑1 (MQ=255) cgcgCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACAcc > 1:1221411/1‑150 (MQ=255) ccTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGATGCTACGTGTCGAGCTCATCCATTCA‑CGCCGCCATCTCCCCG‑TGGTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTAAGCCACTACACCGGCtt > 1:780389/1‑150 (MQ=255) tctcCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAgctgc < 1:580069/90‑1 (MQ=255) tctcCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAgctgc > 2:580069/1‑90 (MQ=255) cAAGAACGGTAACATCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAATGatggatgg > 2:515216/1‑150 (MQ=255) aGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAATGATGGATGGcc < 1:1064002/150‑1 (MQ=255) aCCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAatgatg < 2:896484/141‑1 (MQ=255) aCCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAatgatg > 1:896484/1‑141 (MQ=255) cGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAATGATGGATGGCCGGGt > 1:882294/1‑150 (MQ=255) gTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGc > 2:176012/1‑89 (MQ=255) gTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGc < 1:176012/89‑1 (MQ=255) cTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAATGATGGATGGCCGGGTCAAAAcc > 1:227658/1‑150 (MQ=255) tCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAATGATGGATGGCCGGGTCAAAAccc > 1:1396032/1‑150 (MQ=255) accgAGCTGCTGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCt > 1:994597/4‑106 (MQ=255) accgAGCTGCTGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCt < 2:994597/103‑1 (MQ=255) | GACTCCCTGAACAGAGGCGCCTTTTTTGCTGACTCCACCGCGTTATTGGAACCCGAAATGACCGACCAGACTACCCGCCTGCCAGTCCGCCGCGCCCTGATCAGCGTCTCCGACAAGACCGGTATCCTCGAATTCGCCCGTGAGCTGCAGCAGCTCGGTGTCGAGATC‑‑CTGTCCACCGGCGGCACCTACAAGCTGCTCAAGGACAACGGCGTAAACGCGGTGGAAGTGGCCGACTACACCGGCTTCGCCGAAATGATGGATGGCCGGGTCAAAACCC > NC_002947/5483478‑5483754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |