| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,569,002 | T→C | 5.7% | A150A (GCA→GCG) | tsaE ← | ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,569,002 | 0 | T | C | 5.7% | 215.5 / 2.1 | 70 | A150A (GCA→GCG) | tsaE | ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/30); new base C (2/2); total (37/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
TCCGGTGCGCGCCACAGGCGCATGCTCTTGACTTGAGTGACGGCCAGAGCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGTCAGGTCAGGCTTTGGCAAAACGCCCGCACCCTTTTGTGGCCATTCGAACAGGCACAGCGGGTCGCC > NC_002947/5568857‑5569151 | tCCGGTGCGCGCCACAGGCGCATGCTCTTGACTTGAGTGACGGCCAGAGCCTCAACGATCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACGCCACTTACGGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCa > 1:1461064/1‑150 (MQ=255) cGGTGCGCGCCACAGGCGCATGCTCTTGACTTGAGTGACGGCCAGAGCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACg > 1:815067/1‑150 (MQ=255) ggTGCGCGCCACAGGCGCATGCTCTTGACTTGAGTGACGGCCAGAGCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGc > 2:1202166/1‑150 (MQ=255) 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ccAGAGCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCag < 1:1006534/150‑1 (MQ=255) agagCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCagcg > 1:323796/1‑150 (MQ=255) gagCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCagcga < 2:323796/150‑1 (MQ=255) agCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCagcgag < 2:309748/150‑1 (MQ=255) gCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGCGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCagcgagc < 1:388744/150‑1 (MQ=255) cTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGt > 1:961424/1‑150 (MQ=255) cACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCt > 2:38360/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCtt > 1:827059/1‑150 (MQ=255) cGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGtt > 2:1622789/1‑128 (MQ=255) cGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGtt < 1:1622789/128‑1 (MQ=255) gcCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCagcga < 1:1409700/120‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATggtcag < 1:1202166/150‑1 (MQ=255) gATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGCGCCACGCa > 2:150694/1‑71 (MQ=255) gATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGCGCCACGCa < 1:150694/71‑1 (MQ=255) ggCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTgggg > 2:534923/1‑128 (MQ=255) ggCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTgggg < 1:534923/128‑1 (MQ=255) cGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGtcaggtcagg < 1:38360/150‑1 (MQ=255) 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ctaccCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATgg < 2:1042757/110‑1 (MQ=255) ctaccCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATgg > 1:1042757/1‑110 (MQ=255) ctaccCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGTCAGGTCAGGCTTTGGCAAAACGCCCGCACCCtt > 1:713958/1‑150 (MQ=255) taccCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATggtcag < 2:748335/119‑1 (MQ=255) taccCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATggtcag > 1:748335/1‑119 (MQ=255) accCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGtt > 1:92654/1‑76 (MQ=255) accCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGtt < 2:92654/76‑1 (MQ=255) accCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGTCAGGTCAGGCTTTGGCAAAACGCCCGCACCCtttt < 2:827059/150‑1 (MQ=255) ccACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGTCAGGTCAGGCTTTGGCAAAACGCCCGCACCCTTTtgtg > 1:788635/1‑150 (MQ=255) ccACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGTCAGGTCAGGCTTTGGCAAAACGCCCGCACCCTTTtgtg < 1:1584054/150‑1 (MQ=255) aCTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATggtca > 2:1546924/1‑112 (MQ=255) aCTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATggtca < 1:1546924/112‑1 (MQ=255) tGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGTCAGGTCAGGCTTTGGCAAAACGCCCGCACCCTTTTGTGGCCATTCg > 1:1189069/1‑150 (MQ=255) 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tGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGTCAGGTCAGGCTTTGGCAAAACGCCCGCACCCTTTTGTGGCCATTCGAACAGGCACAGCGGGTCGcc < 2:1038530/150‑1 (MQ=255) | TCCGGTGCGCGCCACAGGCGCATGCTCTTGACTTGAGTGACGGCCAGAGCCTCAACGGTCACCGTTGTCAGCAGCAGCCCAACGATGGCGACCAGTGCGCGTATGCGCATACCTACCCCACTTACTGTTTATAGTGTTCGGCCAGTGCCACGCACCAGGCCTCGCCGCGAGCCCCCTGCGGCGAAAGGTTCAGCGAGCGTCCACTCGCTTGGGGGCTTATGGTAATGGTCAGGTCAGGCTTTGGCAAAACGCCCGCACCCTTTTGTGGCCATTCGAACAGGCACAGCGGGTCGCC > NC_002947/5568857‑5569151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |