New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1114899 | 55 (0.910) | 12 (0.240) | 11/220 | 3.9 | 20.2% | intergenic (‑88/+91) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase |
? | NC_002947 | = 1114925 | 50 (1.010) | intergenic (‑114/+65) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
GGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGAC > NC_002947/1114751‑1115047 | ggAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACaggag > 1:1332821/1‑150 (MQ=255) gAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACaggacg > 1:113892/1‑148 (MQ=255) aGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGt < 2:1332821/150‑1 (MQ=255) gTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTg < 2:1416093/150‑1 (MQ=255) tCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACaggacggcgc > 1:74938/1‑144 (MQ=255) cGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGgc < 1:1115684/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAg < 2:1326033/150‑1 (MQ=255) gCGGATGCGTGAGCGCAGGGCGGGGGGGTTCGGTGGCATTTCAGGGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGgcg > 2:1217947/1‑150 (MQ=37) gcgGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCtg > 1:646718/1‑150 (MQ=255) gggTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGA‑‑‑CGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGa < 2:74938/150‑1 (MQ=39) ggTGCAGGGAGGTTTTCGTCGTGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGAACTGAAAATTATGTTAAAGCGG‑GGCTGCGCAGCCCTTTTGAGACACAAGAT‑CGCCCCCTATTCATTCTGGTGGCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTgg < 1:718468/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGc < 2:646718/150‑1 (MQ=255) ggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTg > 2:1330768/1‑129 (MQ=255) ggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTg < 1:1330768/129‑1 (MQ=255) ggCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGgcg < 2:575567/111‑1 (MQ=255) ggCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGgcg > 1:575567/1‑111 (MQ=255) aGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTACTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACa < 1:1229318/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCgg > 1:940281/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCgg > 1:756751/1‑150 (MQ=255) ccTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCaa > 1:917407/1‑150 (MQ=255) cTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCGTGGGGTTGCTGCGCCGCCCTATTGGCACACAAGGC‑CTCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCTGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGGACAGCGGTCCCAAc < 2:651899/150‑1 (MQ=255) tataCGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACg > 2:125255/1‑150 (MQ=255) gAGCGGTT‑GCTTGAAGACCCTGGGGACGCTGCCCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGtctc < 2:940281/150‑1 (MQ=255) aGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGA‑ACAGCGCGCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGtctct < 1:1217947/150‑1 (MQ=38) gCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGtctctc < 2:1393416/150‑1 (MQ=255) gCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGTCGCCGTCCTGTGGGAGTGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGa > 1:479665/1‑150 (MQ=255) ttGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGAtt > 2:1225966/1‑150 (MQ=255) ttGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGAGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGCGCCGTACAGCGGCCCCAACGCTCCCTCTAGTGact > 1:1297060/1‑148 (MQ=255) tGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACg > 2:109851/1‑134 (MQ=255) tGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACg < 1:109851/134‑1 (MQ=255) aaGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACa > 2:1344000/1‑150 (MQ=255) ccTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCt < 1:1480966/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCt > 2:1480966/1‑150 (MQ=255) cTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTg > 1:13142/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACg < 2:529018/122‑1 (MQ=255) ggCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACg > 1:529018/1‑122 (MQ=255) gctgctGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATc > 1:296770/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCcg > 1:524168/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCcg > 1:123190/1‑150 (MQ=255) ctgcGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCcgcg < 2:524168/150‑1 (MQ=255) cTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTc > 1:832614/1‑150 (MQ=255) ttGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGt < 1:125255/150‑1 (MQ=255) aaGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGc > 1:1041907/1‑150 (MQ=255) aaGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGc > 1:62987/1‑150 (MQ=255) aaGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGc > 1:219705/1‑150 (MQ=255) tggC‑CGCTCGCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGcc < 2:1390125/149‑1 (MQ=255) gC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAg > 2:382262/1‑150 (MQ=255) gCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTg > 2:649150/1‑142 (MQ=255) gCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTg < 1:649150/142‑1 (MQ=255) gCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGc < 1:646966/150‑1 (MQ=255) cTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTg > 2:339590/1‑100 (MQ=255) cTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTg < 1:339590/100‑1 (MQ=255) ccACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGt > 1:1274810/1‑150 (MQ=255) cacaGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGtt > 1:1399149/1‑150 (MQ=255) cacaGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGtt < 1:1225966/150‑1 (MQ=255) acaGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTc > 2:709562/1‑150 (MQ=255) gaggGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGAc < 2:123190/150‑1 (MQ=255) | GGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTG‑GCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGC‑CGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTCGGAC > NC_002947/1114751‑1115047 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |