| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | = 5506637 | 31 (0.610) | 15 (0.380) | 12/208 | 2.5 | 39.9% | intergenic (+48/‑151) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
| ? | NC_002947 | = 5506650 | 21 (0.530) | intergenic (+61/‑138) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease | |||||
GTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAGCC > NC_002947/5506488‑5506786 | gtgctggGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC > 1:710091‑M1/1‑150 (MQ=255) gcggggggTGATGTGCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGa < 1:1111282/147‑1 (MQ=255) ctggGGGTGGTGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑g < 1:641791/150‑1 (MQ=255) ctggGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑g < 1:956166/150‑1 (MQ=255) ctggGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑g < 2:710091/150‑1 (MQ=255) ctggGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGCGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑g > 1:959275/1‑150 (MQ=255) ggggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcg > 1:487981‑M1/1‑144 (MQ=255) gggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGAc > 1:8321/1‑150 (MQ=255) gggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGAc < 2:286472/150‑1 (MQ=255) ggtgtTGCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGGGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTCGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccc < 2:194445‑M1/148‑12 (MQ=255) aTGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccct > 2:541173‑M1/1‑138 (MQ=255) tGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGtt < 2:8321/150‑1 (MQ=255) tGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGtt < 2:811252/150‑1 (MQ=255) gTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcg > 2:645646‑M1/1‑136 (MQ=255) gTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTg > 2:932062‑M2/1‑149 (MQ=255) ttCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGTCCGCGTTgt > 2:78817‑M2/1‑148 (MQ=255) gcgggtggggggggtgTCGGTGGTGGTGGTGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGGTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtag > 2:468649‑M2/6‑146 (MQ=255) cccGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtag < 1:838374‑M1/150‑18 (MQ=255) 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ggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgg > 1:26967‑M2/1‑140 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 2:57144‑M1/150‑24 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTCGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgt > 2:868206‑M2/1‑140 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGGGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgg > 1:250791‑M2/1‑140 (MQ=255) ggggggggtgtCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGAATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 2:114824‑M1/147‑24 (MQ=255) gtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcggg > 2:811548‑M2/1‑139 (MQ=255) ggggggtGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggt < 1:541173‑M1/149‑26 (MQ=255) tCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCC‑C‑TCgtaggagcgggtttacccgc > 1:436060‑M2/1‑130 (MQ=255) tggtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagagg < 2:681126‑M2/150‑28 (MQ=255) tggtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagagg > 1:681126‑M2/1‑123 (MQ=255) ggtgAGGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 2:85195‑M2/1‑122 (MQ=255) tgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGCTGAGGCGTCGCCGTTTCTTGGCCAGCGCGCGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCATACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCg < 1:334693/150‑1 (MQ=37) gATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttac > 1:246504‑M1/1‑106 (MQ=255) gATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttac < 2:246504‑M1/135‑30 (MQ=255) ggggTTGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTGGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGc < 2:26410/150‑1 (MQ=255) gggTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACcg > 2:3740/1‑107 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tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggag > 1:7039‑M2/1‑48 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAcgcgc < 1:562769/142‑1 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAcgcgc > 2:562769/1‑142 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtagcctagcc > 2:826365/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacctcacc > 2:85195‑M1/1‑28 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcgg > 2:154178‑M1/1‑28 (MQ=255) 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ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacc < 2:880552‑M2/150‑128 (MQ=255) ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgc > 2:1126667‑M2/1‑23 (MQ=255) ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgc < 1:1126667‑M2/99‑77 (MQ=255) acgCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccgaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacc > 2:868206‑M1/2‑10 (MQ=255) cGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccc < 2:487981‑M2/150‑129 (MQ=255) cTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcaca < 2:7039‑M1/55‑49 (MQ=255) cTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcaca > 1:7039‑M1/1‑7 (MQ=255) tCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcg > 2:959275‑M1/1‑6 (MQ=255) ccTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgg < 1:462632‑M1/150‑146 (MQ=255) cTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccaccacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacaccaccaccaccgacaccccccccacccgc > 2:468649‑M1/1‑4 (MQ=255) cTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcggg < 1:838374‑M2/150‑134 (MQ=255) tACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTGACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAg > 2:159319/1‑150 (MQ=255) aCaacgcggaccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgggaa > 2:78817‑M1/1‑2 (MQ=255) caacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgggaac > 2:932062‑M1/1‑1 (MQ=255) cGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgggaac > 2:645646‑M2/1‑14 (MQ=255) | GTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAGCC > NC_002947/5506488‑5506786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |