| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,850,958 | T→A | M1K (ATG→AAG) † | relA → | ATP:GTP 3'‑pyrophosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,850,958 | 0 | T | A | 98.3% | 194.6 / NA | 58 | M1K (ATG→AAG) † | relA | ATP:GTP 3'‑pyrophosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (26/31); total (27/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCAGACGGCGCATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGATGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAGGTA > NC_002947/1850814‑1851097 | cTCAGACGGCGCATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTAc > 2:878408/1‑150 (MQ=255) cAGACGGCGCATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAg < 1:299108/150‑1 (MQ=255) gACGGCGCATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGt < 1:1098601/150‑1 (MQ=255) cgcATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGagag < 2:987797/150‑1 (MQ=255) gTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCAc < 1:58414/150‑1 (MQ=255) ggCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGcc > 1:862998/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCgg < 2:92944/150‑1 (MQ=255) aTGGGGTTAATCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCGCTTGGCGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGAATGGAAAGGTAAAACAAAGATGGTACAGGTGAGAGAGCACCCGCCggac > 2:385306/1‑148 (MQ=255) gTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAacac > 2:791110/1‑150 (MQ=255) aTTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGa < 1:791110/150‑1 (MQ=255) ttCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGAc > 1:132996/1‑150 (MQ=255) ttCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGAc < 1:328908/150‑1 (MQ=255) gggCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTAt < 2:1242964/150‑1 (MQ=255) aGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAAtc < 1:878408/150‑1 (MQ=255) tGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCg > 2:1056270/1‑150 (MQ=255) aCTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGaa < 1:448540/150‑1 (MQ=255) tGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGc > 1:309818/1‑150 (MQ=255) gCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGaa > 1:499793/1‑146 (MQ=255) gCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGaa < 2:499793/146‑1 (MQ=255) gCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCAt > 2:186221/1‑150 (MQ=255) ccACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGAc > 2:271043/1‑111 (MQ=255) ccACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGAc < 1:271043/111‑1 (MQ=255) cACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTaa > 1:945287/1‑150 (MQ=255) cACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTaa > 2:411936/1‑150 (MQ=255) cACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTaa < 1:186221/150‑1 (MQ=255) aCGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACgg < 2:679989/111‑1 (MQ=255) aCGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACgg > 1:679989/1‑111 (MQ=255) aCGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAg > 1:1143104/1‑150 (MQ=255) ggAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCg < 2:896062/150‑1 (MQ=255) gAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGt > 2:308289/1‑150 (MQ=255) gcggcCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGAtt > 2:823254/1‑150 (MQ=255) ccGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTgaga < 2:206894/73‑1 (MQ=255) ccGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTgaga > 1:206894/1‑73 (MQ=255) cGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCa < 1:308289/150‑1 (MQ=255) gCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCAc < 2:862998/150‑1 (MQ=255) ggTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGa < 1:1230208/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATcgc > 2:87106/1‑150 (MQ=255) gCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCa < 1:1056270/150‑1 (MQ=255) gCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCa < 2:132996/150‑1 (MQ=255) gCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGAATCGCGCa > 2:272145/1‑150 (MQ=255) ccAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAg > 2:692484/1‑150 (MQ=255) cAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAgc > 2:90403/1‑150 (MQ=255) acacTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATcgcg < 1:481092/142‑1 (MQ=255) acacTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATcgcg > 2:481092/1‑142 (MQ=255) acTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCAAAGCATGTGTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGaa > 2:356774/1‑150 (MQ=255) cTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGaaa < 1:823254/150‑1 (MQ=255) aTGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCATCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGc < 2:309818/150‑1 (MQ=255) gtgCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGt > 2:611225/1‑103 (MQ=255) gtgCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGt < 1:611225/103‑1 (MQ=255) cATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGGGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTg < 1:411936/150‑1 (MQ=255) aaGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCa > 1:625122/1‑119 (MQ=255) aaGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCa < 2:625122/119‑1 (MQ=255) aGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGGCCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGa < 1:128068/150‑1 (MQ=255) ttaaaaaaAGAAGGTAAAGGTGAGAGTGCACGAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTACCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGACCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAGGt < 1:385306/148‑1 (MQ=255) aaaCAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAGGTa < 2:1173559/149‑1 (MQ=255) aaaCAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAGGTa > 1:1173559/1‑149 (MQ=255) aaCAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCAtg > 1:1259912/1‑80 (MQ=255) aaCAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCAtg < 2:1259912/80‑1 (MQ=255) aagaagGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGt < 1:307806/80‑1 (MQ=255) aagaagGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGt > 2:307806/1‑80 (MQ=255) | CTCAGACGGCGCATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTATGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGATGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAGGTA > NC_002947/1850814‑1851097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |