| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,788,444:1 | +A | 7.8% | coding (724/1563 nt) | ahpF → | alkyl hydroperoxide reductase subunit F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,788,444 | 1 | . | A | 7.8% | 390.9 / 28.9 | 103 | coding (724/1563 nt) | ahpF | alkyl hydroperoxide reductase subunit F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (45/50); new base A (4/4); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTCGACATCATGAACCTGCAGCGCGGT > NC_002947/2788295‑2788587 | gCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGccgccg > 2:622458/1‑150 (MQ=255) aaGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑Ag > 1:844789/1‑150 (MQ=255) aaGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTGGCCGCCG‑aa > 1:2057214/1‑149 (MQ=255) acCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTcggc < 1:996154/150‑1 (MQ=255) acCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTcggc < 1:622458/150‑1 (MQ=255) acCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTcggc > 1:374379/1‑150 (MQ=255) cAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCGAAGCGC‑Tcggcgg < 2:1671603/150‑1 (MQ=255) cAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCGAAGCGC‑Tcggcgg > 1:1671603/1‑150 (MQ=255) cAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTcggcgg > 1:1692687/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCggcggc < 1:1376767/150‑1 (MQ=255) aCGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGcc > 1:1621882/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGCCCGCCAGGGCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCGGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCAGCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAg < 1:1019592/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAg < 2:1519805/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAgg < 1:107050/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCGAAGCGC‑Tcggcgg > 1:772885/1‑144 (MQ=255) tGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCGAAGCGC‑Tcggcgg < 2:772885/144‑1 (MQ=255) tGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGt < 2:1273296/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTGGCCGCCGAAGCGC‑TCggcggcaacac < 2:2057214/150‑6 (MQ=255) tGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCAGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGt < 1:377887/150‑1 (MQ=255) cgcccgccAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCt < 1:1972742/150‑1 (MQ=255) gccAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGaca < 2:1121670/150‑1 (MQ=255) gCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTg > 2:1025559/1‑150 (MQ=255) gCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTg < 2:1931901/150‑1 (MQ=255) gagaAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGcc < 2:764052/150‑1 (MQ=255) gaagaTCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCAt > 2:1657297/1‑150 (MQ=255) gaagaTCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCAt < 2:1715910/150‑1 (MQ=255) aagaTCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATc < 2:365601/150‑1 (MQ=255) gagcAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCga > 1:82210/4‑150 (MQ=255) gaTCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGAATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCga < 2:414485/150‑1 (MQ=255) gaTCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGAATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCga > 1:414485/1‑150 (MQ=255) gaTCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGCGCATCCGCACCTGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCga < 2:498884/150‑1 (MQ=255) aTCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCgag < 2:1692687/150‑1 (MQ=255) cAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGaa < 1:86245/150‑1 (MQ=255) 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aTCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAaga > 1:28763/1‑140 (MQ=255) aTCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTaaa < 2:1724864/150‑1 (MQ=255) aTCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTaaa > 1:1073494/1‑150 (MQ=255) tACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTgg < 1:1760883/121‑1 (MQ=255) tACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTgg > 2:1760883/1‑121 (MQ=255) gCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTac > 2:2198261/1‑150 (MQ=255) ccGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAAACGAAGGGCCGAAGCTGGCCAAGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTacgacgg > 2:244978/1‑149 (MQ=255) ccGCAAGGGCATACGCACCGGAGTTTCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGt > 2:1959495/1‑150 (MQ=255) gCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGGGTCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTCg > 1:840901/1‑150 (MQ=255) gCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTc < 1:1658527/149‑1 (MQ=255) gCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTc > 2:1658527/1‑149 (MQ=255) gCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTCg > 1:1586960/1‑150 (MQ=255) gCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGAAGAGAGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGCAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTCg > 1:1590502/1‑150 (MQ=255) aaGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGc > 2:583097/1‑85 (MQ=255) aCCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGacac > 2:1163529/1‑44 (MQ=255) aCCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGacac < 1:1163529/44‑1 (MQ=255) cGGTGTTCCCGCCG‑ACCCCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACCCGCGGGCCATCGAGAACTGCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTCGACATCATGAACCTGCa < 2:763278/150‑1 (MQ=255) tgtTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTCGACATCATGAACCTGCAgcg > 1:1893601/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTacga > 2:1999757/1‑124 (MQ=255) ttGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTacga < 1:1999757/124‑1 (MQ=255) gccgccGAAGCGC‑TCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTCGACATCATGAACCTGCAGCGCGGt > 2:1185909/1‑150 (MQ=255) | GCAAGATCGACACCAACGCTGGCGCCCGCCAGGCCGAGAAGATCAACGCCAAGGAAGCCTTTGACGTGCTGGTCGTCGGCGGTGGCCCCGCTGGCGCCGCTGCTGCCATCTACGCTGCCCGCAAGGGCATCCGCACCGGTGTTGCCGCCG‑AGCGCTTCGGCGGCCAGGTGCTGGACACTCTGGCCATCGAGAACTTCATCTCGGTGCAGGAAACCGAAGGGCCGAAGCTGGCCACGGCGCTGGAAGAGCACGTTAAACAGTACGACGTCGACATCATGAACCTGCAGCGCGGT > NC_002947/2788295‑2788587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |