New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_002947 | 4957693 = | 83 (1.070) | intergenic (‑131/+32) | fliH/fliG | flagellar assembly protein FliH/flagellar motor switch protein |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CGGTTCGGGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGG‑CACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCG > NC_002947/4957455‑4957752 | ccggtacgggtcagcgacgtggaaaccgcgcagaaagaaatcctcaccattgcccggcgcatggccgaggccggcgagatcgtgctcggcggcaagggcgccgaggaaatgatctaaggtattcgcgatcccatagccgacgccgccttt < 2:2242102‑M1/1‑1 (MQ=255) gTTCGGGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGG‑CACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGt < 1:2020464/150‑1 (MQ=255) ttaaggCTCCAGTTGCAGCTCGAATCGTGTCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGAGGGTGACTG‑GCAGTTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTa < 1:513613/146‑1 (MQ=255) 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aaCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑Ag < 1:1964915/118‑1 (MQ=255) aaCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑Ag > 2:1964915/1‑118 (MQ=255) aaCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTa < 1:606794/150‑1 (MQ=255) ccATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 1:2311712/1‑110 (MQ=255) ccATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 2:2311712/110‑1 (MQ=255) cATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGAt > 1:1477762/1‑150 (MQ=255) tGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCa > 1:1950641/1‑150 (MQ=255) ttCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAAA‑AACAGAGGACGT‑GCCGATGACAGCGCTAATACCTGAGATCAtt > 2:842372/1‑150 (MQ=255) tCGGCCGACCCGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCAttt < 2:18177/150‑1 (MQ=255) gCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCt > 1:867525/1‑150 (MQ=255) acacGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGgc < 1:842372/150‑1 (MQ=255) cacGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCT‑CAACATCA‑TCGTCGCGGCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGgcg > 2:1814271/1‑150 (MQ=255) acGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCt > 2:96182/1‑131 (MQ=255) acGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCt < 1:96182/131‑1 (MQ=255) cGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGcc < 1:1688456/150‑1 (MQ=255) ggTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTAt < 1:1508772/113‑1 (MQ=255) ggTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGa > 1:1908021/1‑133 (MQ=255) ccTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:1983594/86‑1 (MQ=255) ccTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:1983594/1‑86 (MQ=255) ccTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑Ag < 1:115498/95‑1 (MQ=255) TTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGt > 1:43101‑M1/1‑100 (MQ=255) TTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTgccg < 2:2227221‑M1/150‑1 (MQ=255) | CGGTTCGGGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGG‑CACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑AA‑AGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCG > NC_002947/4957455‑4957752 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |