| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1780127 | 36 (0.410) | 11 (0.150) | 9/210 | NT | 24.3% | intergenic (+44/+62) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| ? | NC_002947 | = 1780151 | 38 (0.510) | intergenic (+68/+38) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase | |||||
CTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCA > NC_002947/1780006‑1780298 | gcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAc > 1:2126808‑M1/104‑150 (MQ=255) ggtggGGGATGAGGTGGGTCTTCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGATCCTATCCAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGTTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacct > 1:1285393‑M2/1‑144 (MQ=255) gtggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctg < 1:1888139‑M2/150‑8 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgt > 1:28208‑M2/1‑142 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgt > 2:1861738‑M2/1‑142 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgg < 1:1003633‑M2/150‑11 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgg > 2:1888139‑M2/1‑140 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgg < 1:1906428‑M2/150‑11 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgg > 2:2048375‑M2/1‑140 (MQ=255) gcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg > 2:763358‑M1/98‑150 (MQ=255) ggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtggga > 1:626648‑M2/1‑138 (MQ=255) gcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 1:468709‑M1/53‑1 (MQ=255) gcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg > 2:468709‑M1/96‑148 (MQ=255) ggCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc > 1:1721869/1‑150 (MQ=255) gCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgcg > 2:246619/1‑150 (MQ=255) gTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgg > 2:2036621/1‑150 (MQ=255) aCTGGGTGGGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTGAGTGAAGTAGCCACTAGCGAGGCTCTTCGCGGGACCGCCCTCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgggg < 1:1687333/150‑1 (MQ=37) tGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGtt < 1:246619/150‑1 (MQ=255) cgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCCCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTa < 1:1430867‑M1/46‑1 (MQ=255) cgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCCCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTa > 2:1430867‑M1/71‑116 (MQ=255) tGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCgg > 1:691482/1‑150 (MQ=255) gctatGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCCAGGCCCTTCGCGGGCTCGCCCGCTACCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGtt < 2:980680/148‑1 (MQ=255) atGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTg < 2:1906428/150‑1 (MQ=255) gagtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa > 2:1600986/1‑128 (MQ=255) gagtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa < 1:1600986/128‑1 (MQ=255) ggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGc < 2:467473‑M1/61‑1 (MQ=255) ggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGc > 1:467473‑M1/53‑113 (MQ=255) gCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCCCAGGCACTCAGCTGTCCTCCAAATCAGCGTTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgc < 1:2036621/150‑1 (MQ=37) gCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgggagcgggcac < 2:430940‑M2/112‑21 (MQ=255) gCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgggagcgggcac > 1:430940‑M2/1‑92 (MQ=255) cTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGGTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGAt < 2:1689269/124‑1 (MQ=255) cTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGAt > 1:1689269/1‑124 (MQ=255) gcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTa < 2:2079353‑M1/46‑1 (MQ=255) gcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTa > 1:2079353‑M1/42‑87 (MQ=255) gcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCACACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt > 2:953409‑M1/42‑92 (MQ=255) gcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCACACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 1:953409‑M1/51‑1 (MQ=255) gTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgc > 1:341578/1‑140 (MQ=255) gTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgc < 2:341578/140‑1 (MQ=255) tcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt > 1:712634‑M1/36‑86 (MQ=255) tcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 2:712634‑M1/51‑1 (MQ=255) aGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAg > 1:1126078/1‑108 (MQ=255) aGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAg < 2:1126078/108‑1 (MQ=255) tCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgg > 1:2129603‑M2/1‑76 (MQ=255) tCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTccgcc > 1:1959183/1‑150 (MQ=255) 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ttCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCgg > 1:1689543/1‑150 (MQ=255) gcgcCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAg < 2:1454684/150‑1 (MQ=255) CGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGCTGCATGCGGCCAGCGGTGCAACCAGt > 2:1959183‑M1/1‑150 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCACCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGACTGCGCTCCGCCGCTTCGCTGCCCTCGGCCCGCGGTGCACCcagtccc < 2:760514‑M1/150‑4 (MQ=255) GCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt > 2:687811‑M1/1‑120 (MQ=255) GCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt < 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tACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaagggccttgatagggtctacttgactgaacccaggttcgcctcactcatatccagctcacccagtacttgccgcaccacctcatcccccgccagg < 2:793048‑M2/150‑124 (MQ=255) tACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaagggccttgatagggtctacttgactgaacccaggttcgcctcactcatatccagctcacccagtacttgccgcaccacctcatcccccaccagg > 2:2312817‑M2/1‑27 (MQ=255) tACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaagggccttgatagggtctacttgactgaacccaggttcgcctcactcatatccagctcacccagtacttgccgcaccacctcatcccccaccagg < 1:2312817‑M2/150‑124 (MQ=255) aCTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTgtacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaagggccttgatagggtctacttgactgaacccaggttcgcctcactcatatccagctcacccagtacttgccgcaccacctcatcccccaccaggt < 1:1608989‑M2/150‑125 (MQ=255) ACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGccc < 1:1552725‑M1/150‑1 (MQ=255) 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gcTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCa > 2:2042494/1‑150 (MQ=255) | CTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCA > NC_002947/1780006‑1780298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |