| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2078275 = | 65 (0.740) | 8 (0.100) | 3/234 | NT | 10.3% | intergenic (+17/+98) | PP_1853/PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 2078372 = | 78 (0.940) | intergenic (+114/+1) | PP_1853/PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
TGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCTTCAACCCCGCTG > NC_002947/2078224‑2078518 | tGGCGGGCTTGTGCGATGCTCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGCAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGtt < 2:1333559/150‑1 (MQ=255) ttCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATCACAGGACCCTGAAGACAGTGGGGTCGTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCCCGCAGAGACAGGTTCTGAC‑AACATc > 1:736009/1‑150 (MQ=255) gATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGAc > 2:894074/1‑150 (MQ=255) gATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGAAATCACCGCCCTGAAGACAGTGGGGTACTTGTGGGCGCCGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGGTCAGGC‑AACCTCGAc > 1:583533/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGaa < 1:2106242/150‑1 (MQ=255) ggCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGcc‑a < 2:2146511/131‑1 (MQ=255) ggCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGac‑a > 1:2146511/1‑131 (MQ=255) tcccTTTAGAGAATGGTTGCGTGTGTCGGCTTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATAc < 1:1865761/149‑1 (MQ=255) gCCTTTTAGAGAAGTTTTGCCTGTGCCGGCTGTTGCGCGGGCCCGCCGCCCCCCCCGGGGATATCACCGCCCTGAAGATAGTGGGGTTCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATAc < 1:1673858/150‑1 (MQ=255) tttAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCtgt < 1:915029/150‑1 (MQ=255) agaATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGGCCTGAAGACAGCGGGGTCCTTGTGGGAGCAGGCGGGCCCGCGAAGCGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGCCAATGAACGATACCTGTgccgc > 2:156369/1‑147 (MQ=255) ttattGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCCCCCCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCCATTCAGAC‑CGCAACGACAACGGTCGAATCCTGGGCGTCCatt > 2:1668631/1‑148 (MQ=255) ttGCCTGTGCCGGCCTGGTGGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGAGATCACAGCCCTGAAGACGGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACTATGAACTATACCTGTGCGCCCAGGTGc < 1:53062/150‑1 (MQ=255) tgtgCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTc > 2:1264124/1‑150 (MQ=255) tgtgCCGGCCTTTGCGCGGGCCCGACCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTc < 2:647045/150‑1 (MQ=255) gtgCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCg < 1:894074/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTc < 2:736009/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCGGAAGACAGGGGGGGCCCTGTGGGAGCGGGCCGGCCCGCGCAGAGGCCGGTTCAGAC‑ACCCTGGACCATGGACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTc > 2:854964/1‑150 (MQ=255) 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gcccgctcccacaaggaccccactgtcttcagggctgtgatatccctgtgggtgcgggcgggcccgcgaagaggccggTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGt < 2:1883126‑M2/42‑1 (MQ=255) gcccgctcccacaaggaccccactgtcttcagggctgtgatatccctgtgggtgcgggcgggcccgcgaagaggccggTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCAcc > 1:2314968‑M2/79‑125 (MQ=255) gcccgctcccacaaggaccccactgtcttcagggctgtgatatccctgtgggtgcgggcgggcccgcgaagaggccggTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCAcc < 2:2314968‑M2/47‑1 (MQ=255) cccgcACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGCTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCcagcag > 2:240532/1‑150 (MQ=255) ccgctcccacaaggaccccactgtcttcagggctgtgatatccctgtgggtgcgggcgggcccgcgaaaaggccggTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTTTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGt > 2:1640106‑M2/77‑150 (MQ=255) ccgctcccacaaggaccccactgtcttcagggctgtgatatccctgtgggtgcgggcgggcccgcgaaaaggccggCACAGGC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGt > 2:1883927‑M2/77‑150 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ccACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCcagca > 1:1126422/1‑142 (MQ=255) ccACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCcagca < 2:1126422/142‑1 (MQ=255) ccACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTtgctg‑c > 1:255416/1‑150 (MQ=255) cacaGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGcc > 2:2040476/1‑136 (MQ=255) cacaGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGcc < 1:2040476/136‑1 (MQ=255) acaGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAAc > 2:1632463/1‑91 (MQ=255) 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gcgggcCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTc < 1:554761/73‑1 (MQ=255) gcgggcCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGc < 2:342350/150‑1 (MQ=255) gcgggcCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGc > 1:342350/1‑150 (MQ=255) cccGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATc < 1:130766/150‑1 (MQ=255) cccGCGAAAAGGCCGGTTCAGAC‑ACCATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCAACCGCATACCCAGCAGTTGCCGACCCCAGACGTGCTGGCATTG‑AATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATc < 1:988514/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCt > 2:525984/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCt > 2:1828449/1‑150 (MQ=255) gcgAAGAGGCCGGTTCAGCC‑AACAACGACAATCAACGCTACCGGTGCGCCCAGGTACAACTCGACATCCAACCGCTTGCCCAGTATTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCTTc > 2:265870/1‑150 (MQ=255) gcgAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCTTc > 1:446787/1‑150 (MQ=255) gAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCTTCaa < 2:676039/150‑1 (MQ=255) ccctggTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCTTCAACCCCg > 1:1834728‑M2/7‑150 (MQ=255) cggTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCTTCAACCCCGCTg > 1:299884‑M2/4‑150 (MQ=255) | TGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGAC‑AACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTG‑CCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACCGTCACCAGCCCGTCACCCTCGCCAATCTTCAACCCCGCTG > NC_002947/2078224‑2078518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |